大明王朝到了1644年，也即崇祯十七年走到了尽头。这个曾经是汉人骄傲的王朝在京城陷落后，已经名存实亡，外有满清，内有大顺，流民四起，国已不国。三月十九日，崇祯皇帝见大势已去，逼迫周皇后自杀，又亲自动手将妃、嫔、公主们杀掉后后，一仰脖，在万岁山（今景山）的一棵老板树上吊死。临死前发出：“……勿伤朕百姓一人”，令人感动。而明朝就此灭亡。有骨气的皇帝自然是令人敬重的，虽然他也有不足，人们总是怀着美好的愿望去猜测皇帝的子女们哪儿去了？
金庸小说《鹿鼎记》中描绘的“白衣侠女纤尘不染，神功盖世浪迹江湖”的尼姑。据说她乃是大明崇祯皇帝的公主长平，但这毕竟是小说故事。据《明史》记载：崇祯皇帝在皇宫中砍伤十六岁的长平公主后，长平公主晕死在血泊中，后来被人发现，抬到周皇后的父亲周奎家中，五天后苏醒过来时，北京城已经改姓了。周奎把她交给了李自成，长公主居然死而复苏，李自成感到很意外，将她交给刘宗敏救治。“大顺”只在北京城里呆了两个月，李自成没有来得及带上长平公主，就在清军的追击下败逃远去。
清顺治二年，长平公主向顺治帝及摄政王多尔衮上书要求出家为尼，但顺治帝下诏：让她与崇祯为她选定的驸马周显完婚，并且同时赐予府邸、金银、车马、田地。几个月后，十八岁的长平公主病逝，赐葬广宁门外。《明史·诸王传》中记载崇祯帝有7个儿子。李自成攻陷北京之时，皇太子朱慈烺16岁，皇三子定王朱慈炯14岁，皇四子慈炤十岁。除了这三个儿子外，崇祯帝的其他的儿子都是早夭。崇祯帝为给大明保留一丝血脉。他让儿子们都换上平民的衣服，由太监护送逃出北京城。临死，他还写下遗诏，要求各地的官员协力辅佐太子，重振大明。那么，崇祯帝的这些儿子们逃到哪里去了呢？
《国寿录·崇祯太子》、《甲申传信录》中认为是被清廷捕获杀害。李自成战败，太子趁机逃脱，被吴三桂部下捕获，后来太子又逃到外舅周奎家，周奎担心私藏太子会惹来祸端，就将太子献给了清摄政王多尔衮，经过一番辨认，最终被害。
《明史纪事本末》中认为被吴三桂杀害。太子慈娘与定王慈炯、永王慈招一起被起义军所掳获。李自成不敌，与吴三桂议和，吴三桂提出用归还太子与二王并离开北京城为条件，换取停战。李自成同意，就将太子等人交给了吴三桂。
《明史纪事本末》、《明季遗闻》跟随李自成败退，不知所终。崇祯三儿子等在北京陷落后，均未逃脱，一并为李自成军俘获。李自成封明太子为宋王，永王和定王也改封他爵。后来，吴三桂在山海关反叛，李自成率军亲征时，身边还带着明太子及兄弟，招降吴三桂。但没有效果。李自成受挫，决定离京西撤时，将他们三兄弟一起带走。从此太子便杳无音信，不知死活。
跟随李自成败退，后逃出做了和尚。李自成军队败退，刘宗敏受重伤，放松了对他的看管，他就找了个机会和他以前的老师李士淳从闯王的军中逃了出来，后来到了李士淳的老家广东嘉应州阴那山出家当了和尚。他们在人迹罕至的深山里建了一座寺庙叫做“圣寿寺”，大殿就取名叫“紫极殿”，处处都显示了寺中和尚的神秘出身。据说太子死后，庙里就开始供奉一尊“太子菩萨”的神位。这尊神位始终保留着，直到辛亥革命后，清王朝覆灭了，人们才知道原来供奉的这尊塑像就是明朝的逃亡太子。李士淳的后人也声称他们的先祖确实在乱军之中救了太子，并把太子带回自己的家乡，两人还一同出家做了和尚。种种说法，不一而足，清康熙时期有人借崇祯太子之名举行反清起义，牵连并死了很多人，结果也被证实是假的。崇祯的三个儿子到底下落何处，到今天仍是解不开的谜团。