《永乐大典》由于卷帙浩繁，参加纂修人员众多，因此前后体例不一，前后错互舛误之处，亦在所难免，但这并不影响它的巨大价值。《永乐大典》的最大贡献在于保存了我国明初以前各种学科的大量文献资料。在这方面，清代一些学者对《永乐大典》所作辑佚工作是有一定成绩的。乾隆年间开《四库全书》馆时，安徽学政朱筠奏请“校《永乐大典》，择其中人不常见之书辑之”，得到清高宗的批准，于乾隆三十八年(1773)设立了《四库全书》馆“校勘《永乐大典》散篇办事处”，先后参加者共三十九人，其中有著名学者戴震、邵晋涵、周永年等。到乾隆四十六年(1781)，共辑出书籍：经部六十六种，史部四十一种，子部一百零三种，集部一百七十五种，总计三百八十五种，四千九百四十六卷。其中重要的文献如西晋杜预的《春秋释例》、唐林宝的《元和姓纂》、北宋薛居正的《旧五代史》、南宋李心传的《建炎以来系年要录》;宋代医学名著《苏沈良方》、《博济方》、《伤寒微旨》等都是亡佚已久的秘籍，全赖《永乐大典》才得保存下来。
中国古代浩瀚的文化典籍流传到今天的只有百分之一、二，其他因为自然或人为的破坏，最终在历史长河中湮灭了。古代典籍是承载古代文明和文化的“郑和宝船”，它的形态、语言和内容是一个时代历史的真实写照，能激起人们探秘寻宝的强烈冲动。
《永乐大典》就是这样的一个“宝船”，它曾经如此庞大和华丽，把中国14世纪以前的文化统统装入它的仓中。道教在元朝经历一次毁灭性的打击，元朝的统治者几乎烧毁了所有关于道教的书。到了明代，流传于世的道家经典不足宋元时候的三分之一。而《永乐大典》则最大限度的记载了明朝以前所有的道家经典。可如今，人们只能通过露在水面上的一小段桅杆来猜测这艘沉没宝船的一切了。历史上的《永乐大典》带给人们太多的惊奇和赞叹，它的毁灭也带来了同样强烈的悲伤和遗憾，留给后世许多有待探寻的谜。当代许多人不知道《永乐大典》是一部什么书，还有许多对《永乐大典》耳熟能详的人恐怕一生也无缘见到《永乐大典》的原貌。
《永乐大典》所载之书以宋元时期的著作为多，到明代编辑《文渊阁书目》时，这些著述已经是十不存三、四了。到了清代，只有十之一、二还在流传。加上《永乐大典》收录的典籍除比较正规的儒家典籍、史传百家、历代文集等，还收录了大量的方舆志乘、小说戏曲、医学方技、道佛典籍等，所以历代学者都把《永乐大典》看作辑佚之渊薮，他们在其中爬梳整理，把分散在各卷中的典籍汇总起来，使许多佚书得以重现人世。
清代学者辑录宋、元文人的诗歌文集和宋、元两朝的史料最为丰富。近现代以来，戏曲、地方志、科技书籍和医学著作开始被人们重视和辑录。大典中的佛教、道教资料也逐渐为人们所认识。下面就让我们了解一下历代辑佚的过程和成果。