朱元璋有26个儿子，但是成器的不多。他越到晚年越发愁，这么大的江山，我死之后，交给谁来坐？精心培养25年之后，朱标已经38岁，继承父亲大位的能力是有了，可是朱标的身体熬不住。1392年1月，朱标从陕西视察回来后，身上长了个大肉瘤，折磨得寝食难安，异常痛苦。朱标的长子朱雄英10年前已经死了，伺候父亲全靠次子朱允炆。朱允炆年仅14岁，日夜守在父亲身边。他是个偏脑袋，朱元璋给他起了个“半边月”的绰号。朱允炆从小生活在深宫之中，在知识分子中间长大，知识渊博。但他性格仁柔，心太软，脸不厚，心不黑。
朱标还是不幸早逝。对于勤恳的老皇帝来说，这是极为罕见的大事件，不是普通的丧子之痛——接班人没有了，整个帝国的命运怎么办？这件事折磨着老皇帝，居然28天没有上朝。朱元璋不得不重新选择继承人。周王、晋王、燕王等都有野心。秦王荒唐成性，是一摊扶不上墙的烂泥，还差点儿被废了王号。晋王外表残暴，违法乱纪，然而本质上是个胆小鬼。朱元璋对朱允炆抱着一种复杂的感情，对他仁柔的性格又喜又忧：他柔弱的肩膀，能担负得起治理国家的重任吗？做皇帝，必须有狮子、老虎的硬汉性格，否则必定会被政坛上的狮子、老虎吃掉。朱元璋就立储问题，曾经悄悄征询过大臣的意见。他问翰林学士刘三吾：“太子死了，皇长孙(朱允炆)年幼不懂事。治理国家必须选对人，我想让燕王接班怎么样？”
刘三吾是知识分子，你问他谁当储君，他当然只推荐自己的同类。他头摇得像拨浪鼓：“立燕王绝对不行！如果立燕王，那么秦王、晋王怎么办？皇长孙朱允炆四海归心，大家都拥护他，您可以安心睡大觉。”文官们拥护朱允炆，因为他是文人，是大孝子又是大好人，上台后能实行文明德化之治，而不是军事化的高压独裁。朱元璋的统治太过猛烈，官员暗地叫苦，长久下去没人吃得消，国家客观上需要一位阴柔、仁爱的皇帝。对于第四子朱棣，朱元璋确实非常欣赏，尤其欣赏他的“武”，这是朱允炆不具备的特殊优势。朱棣是闻着战争的硝烟味长大的，1360年出生于南京，正是陈友谅大举进攻南京的那一年。他11岁封燕王，17岁迎娶徐达的长女，20岁就藩北平。朱棣的才能不在朱元璋之下，智谋过人，知道怎么打胜仗。作为罕见的勇士和智慧人物，朱棣可谓一代“战神”。现在他33岁，正当青春年少。
燕王朱棣就藩北平，以他为众藩王之首，与宁王、晋王、肃王、秦王等沿长城一线封国，为天子守边，抵御北方蒙古人的侵犯，号称塞王。朱元璋允许他们拥有3000人的护卫，最多的可以达到1.9万人。燕王、晋王、秦王势力最强，多次奉诏攻打蒙古，即使傅友德、蓝玉这样的大将也要听塞王指挥。尤其是燕王朱棣，负有控制北部门户的重任，能够直接指挥的军队多达30万人，军中大小事自己裁决，只有天大的事才向朱元璋汇报。1390年，一场战斗使年仅30岁的朱棣威名远扬。那年元旦刚过，朱元璋命令燕王和晋王分兵合击，打垮元代丞相、平章乃儿不花。
朱棣围而不歼，派乃儿不花的好朋友、降将观童劝降。乃儿不花知道是鸡蛋碰石头，只好请降。朱棣摆酒设宴，酒喝得十分爽，令乃儿不花感动得眼泪哗哗的，主动要求劝降丞相。朱棣第一次大规模出征，兵不血刃就大获全胜，让朱元璋非常高兴，赏赐宝钞100万锭。而另一路晋王，一踏上当年成吉思汗征战的土地，就两腿发虚，走走停停，不敢深入腹地，连个兔子都打不到。朱棣和朱元璋是同类，雄才大略，各方面能力都比朱允炆杰出，更适合当皇帝。但是，血统却给他带来了大麻烦。他真的是龙子吗？
江山当然只能交给亲生骨肉坐，必须是纯种的龙种，就是说是马皇后所生。嫡长子继承制在中国延续几千年，朱元璋跳不出这个框框。朱棣可能不是马皇后生的，所以朱元璋不会选朱棣接班。朱棣可能是一个妃子生的，或许这个妃子还是少数民族。也有人称朱棣的妈妈是元顺帝的妃子，甚至可能是蒙古人。据管理宗庙祭祀、礼乐的官方机构太常寺的记载(现已丢失)，淑妃李某生了朱标、秦王和晋王，跟马皇后没什么事儿。而另外一个妃子生了朱棣，这个妃子就是石页妃。
朱棣称帝后纂改《太祖实录》，把能得到的资料全部纂改，拼命证明自己就是马皇后生的，还拿出很多证据证明他当皇帝是合法的，证明朱元璋有意传皇位给他。而朝鲜的一条史料足以戳穿朱棣的谎言。1389年，朝鲜使臣权近等人在北平拜谒燕王，回国后写了一本《奉使录》。里面说，他到北京燕府去见燕王，可是很不凑巧，那天是农历七月十五日，是燕王妈妈的忌日，燕王不见客人。马皇后是八月初十去世的，所以说朱棣不是马皇后亲生。只有嫡长子继承皇位，大家才拥护。朱棣不是马皇后的亲儿子，所以经过权衡，朱元璋作了一个异常艰难的决定：立16岁的朱允炆为皇太孙。
这让朱棣十分窝火，十分不服气。一次，他用手拍拍皇长孙朱允炆的背，讥讽地说：“没想到我侄儿还能有今天的荣耀啊！”这一情景，恰好被朱元璋看见，厉声责问朱棣：怎敢对皇长孙如此无礼？立皇太孙的第二年，朱元璋还是担心朱允炆太文弱，压不住阵脚，管不住军队，于是开始大杀功臣，蓝玉、胡惟庸集团先后被清洗。用历史的眼光来看，朱元璋当初的选择是个错误。如果选朱棣当皇帝，就不会出现后来历时4年的内战。但历史不相信道德，也不相信眼泪，它只相信实力。朱棣发动战争，将朱允炆赶下台取而代之。为抹杀篡权的形象，防止天下人心不稳，朱棣拼命说谎，证明自己就是马皇后的亲儿子。