由于面对着公侯将相的权势和有些新权贵的不法行为，特别是战友和旧将的背叛，使朱元璋放心不下，猜疑他们会抢夺皇位。所以朱元璋上台后就大杀功臣，当初和他一起打天下的老朋友，几乎被他斩尽杀绝，胡惟庸、宋濂、徐达、蓝玉、李善长、傅友德、冯胜……，都没有逃出他恶毒的手掌心。
胡惟庸（？——1380），早年随朱元璋起兵，颇受宠信。后封为丞相，位居百官之首。随着权势的不断增大，胡惟庸日益骄横跋扈，擅自决定官员人等的生杀升降。胡惟庸还千方百计地拉拢因犯法受朱元璋谴责的吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚，令其在外收集军马，以图谋反。1380年正月，涂节和中书省吏上书告胡惟庸谋反。朱元璋遂以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，将胡惟庸和涂节、陈宁等处死。为肃清“逆党”，株连杀戮者达三万余人。胡惟庸一案，使朱元璋对身边的功臣宿将，猜忌之心大起，于是着手开始了一场血腥的屠杀。
宋濂（1310—1381），他家境贫寒，但自幼好学，1360年，与刘基、章溢、叶琛同受朱元璋礼聘，尊为“五经”师。洪武初主修《元史》，官至学士承旨知制诰。后因牵涉胡惟庸案，谪茂州，中途病死。
徐达（1332——1385），明朝开国元勋，一生刚毅武勇，持重有谋，纪律严明，屡统大军，转战南北，功高不矜，被朱元璋誉为“万里长城”，但是还是非常怕他将来威胁朝廷。1385年，徐达背上生瘤，连日不能上朝，朱元璋派太监前来赐蒸鹅，徐达知道自己的病不能吃蒸鹅，看到皇上赐他的东西，知道是要他的命，便含着泪吃下了，没过几天就不明不白的死了。朱元璋偏赐他烧鹅，徐达把烧鹅全数吃完而死。
李善长（1314——1390），明初大臣。投朱元璋幕下，被任为参谋，参预机画，主持馈饷，倍受信用。他善于调护诸将，因材用人，使之各得其所。1367年，被封为宣国公，后为左相国，居百官之首。1390年，李善长以胡党获罪，谓其元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望，心怀两端，大逆不道，连其妻、、女弟、侄家口七十余人一律处死。
蓝玉(？——1393)，开平王常遇春内弟。初隶常遇春帐下，有谋略，作战英勇，屡立战功。由管军镇抚积升至大都督府佥事。1881年封永昌侯。1387年拜为大将军，后封为凉国公。但蓝玉居功自傲，日益骄横跋扈。1393年，锦衣卫告发蓝玉谋反，朱元璋遂族诛蓝玉等，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约两万人。
傅友德(？——1394)，明朝开国功臣，著名将领，战功卓著。初被封为川侯，后晋封国公，加太子太师。1393年，因请田触怒太祖，召还，次年赐死.。
冯胜(？——1395)，明初大将。初名国胜，元末与其兄国用组织武装结寨自保。后归附朱元璋，为亲军都指挥。此后，从援安丰，决战鄱阳湖，下武昌降陈理，克平江俘张士诚，论功仅次常遇春，迁右都督。中原平定，封宋国公。后数率大军出塞征扩廓、纳哈出。洪武二十六年(1393年)，蓝玉案发，二年后，以蓝党被赐死。
朱元璋的亲侄子朱文正、外甥李文忠，都立有大功，都被他杀死或赐死。大批官僚被诛杀，一时间朝廷上下人人自危。当时的京官，每天早晨入朝前，总要与妻儿诀别，交代后事；到了晚上平安回来，便全家庆幸。连续数年的诛杀，功臣宿将相继而亡，余下的寥寥无几。
朱元璋大杀功臣的理由其实很简单，无论是先立的皇太子朱标，还是后来立的皇太孙朱允文，都为人仁厚，性格偏软，不像他一般阴险强硬。朱元璋当然不放心自己死后，还留下一帮战功赫赫的老臣，因此在自己交班之前，想方设法把那些旧臣杀掉，为子孙后代的江山永固铺平道路。有一次，太子朱标（1355年—1392年）进谏说：“陛下杀人太滥，恐伤和气。”朱元璋听了以后不说话，沉默很久。第二天，朱元璋把太子叫来，将一根荆棘扔在地上，命令太子去捡起来，面对长满刺的棘杖，太子觉得很为难。朱元璋说：“你怕刺，不敢拿，我替你把这些刺拔掉，然后再交给你，岂不更好！”一语道破了朱元璋大批诛杀功臣的目的。