支付系统是指管理支付数据，调用第三方支付平台接口，记录支付信息（对应订单号、支付金额等），支付对账，提供支付服务和资金清算的系统。由于大部分电商企业没有支付牌照，自建支付产品的可能性较小，所以此处的讨论范围仅限于接入支付服务的范畴。
支付中心会记录下交易记录，其与订单记录不同，主要包含支付信息。
主要包含的信息有交易流水号（一般由第三方平台生成）、创建时间、完成时间、关联的订单编号、订单标题、支付场景、费用信息（订单总金额、优惠金额、实际费用）、订单描述。此外，支付信息还包含以下内容。
（1）交易渠道信息：记录所使用的交易渠道（支付宝、微信），渠道账户，渠道执行支付的时间、渠道侧返回的订单号等。如果有错误发生，还需要记录从渠道接收到的错误信息和错误码。
（2）支付用户信息：包括用户类型、用户账号、渠道账号信息。
（3）支付状态：包括未支付、已支付、已退款、部分退款、已取消等。
如果有特殊的支付方式，如分期、货到付款，还会更加复杂。
【对账】
对电商系统来说，对账就是保证每一笔交易在电商平台、支付平台都要能对上。在发现有差异的记录之后，通过人工或者自动的方式，解决这些差异以平账。交易中会存在支付、退款、部分退款存在，所以在对账时需要非常仔细。
为方便快速查账，不同渠道都支持商户通过接口获取商户离线账单下载。电商平台通过向第三方平台请求日订单或月订单，下载账单与平台系统中的交易明细进行对比完成对账。因为可能存在同一订单2次支付成功的问题，所以需要多字段匹配，比如订单号、时间、金额等，完全一致才认为是同一条。
异常情况主要出现在正向支付和逆向退款上。
（1）支付时会出现：电商平台显示已支付，在支付平台未成功支付；电商平台显示未支付，在支付平台已成功支付；电商平台与支付平台支付金额不一致。
（2）退款时会出现：电商平台显示已退款，在支付平台未成功退款；电商平台显示未退款成功，在支付平台已退款；电商平台与支付平台退款金额不一致。
对账要求的是准确，难点在于对异常情况的处理。
对中小电商平台来说，支付系统用来记录支付详情、提供支付方式，主要与第三方渠道进行对接，很少出现联合支付、分期付款等复杂的交易形式，总体上并不复杂。如果是跨境电商平台，就需要对接国际支付平台（如国际支付宝平台），不过由于跨境支付手续费较高，遇到纯国内订单时，仍调用国内支付渠道。