6月6日，天色阴沉，下着小雨。两名美国联邦调查局的特工来到钱学森的办公室。钱学森现在占据了冯·卡门以前位于古根海姆大楼第二层的办公室。房间很大，办公桌上摆满中文杂志。桌子后面是一块写满了数学公式的黑板。一扇大窗正对着庭院。两名特工的来意很简单：钱学森是不是，或是有没有加入过共产党？
联邦调查局宣称，20世纪30年代，钱学森在加州理工学院过从甚密的好几个人都是共产党员。在威因鲍姆家中举行的社交聚会，实际上是美国共产党帕萨迪纳支部122教授小组的集会。钱学森的名字出现在一份1938年的党员名单上，并与一个化名“约翰·德克尔”（John Decker）有关。联邦调查局特工向钱学森调查了他与美国共产党和威因鲍姆的关系。
钱学森否认所有“指控”。他不承认自己曾经加入过共产党。至于他的名字为什么会出现在共产党的花名册上，钱学森说，他对此毫不知情。他从来没有听说过约翰·德克尔这个名字。
此外，钱学森对联邦调查局特工表示，他相信威因鲍姆是忠于美国政府的。与钱学森其他的朋友一样，威因鲍姆或许偶尔会表现出一些左翼倾向，但钱学森并无法确定他们就是共产党。联邦调查局的报告称：“钱学森说，作为一名科学家，他衡量一个人是否忠诚的唯一标准是事实，但对于一个人的忠诚或政治信仰这种无形的东西，事实的标准又不能适用。因此，他拒绝怀疑他的那些朋友。”
但是，美国政府已经对钱学森的忠诚产生了怀疑。钱学森的保密许可证被收回。就在联邦调查局找钱学森谈话的那一天，加州理工学院校方收到了一封来自驻扎在旧金山的美国陆军第六军总部的信件。信上说，钱学森不再被允许参与机密军事项目。对于钱学森来说，这可不是一件小事。按照计划，他本来要为喷气推进实验室和美国航空喷气发动机公司担任顾问，而且经手加州理工学院的保密国防合同。现在那些都变得不可能了。鉴于喷气推进实验室研究项目的90%都属于保密范畴内，保密许可证几乎是在这里工作的必要条件。然而，钱学森知道，政府的行动并不会妨碍他的理论研究，这并不需要保密许可证。
加州理工学院的教职员工听到这条新闻时都感到不敢相信。钱学森，一个共产党员？在有些人眼里，钱学森可能是他们认识的人中贵族气最重的了。而且他不是娶了蒋介石军事顾问的女儿吗？不可能。在加州理工学院的教授里，钱学森可能是最不像共产党的人了。
当联邦调查局的特工离开他的办公室时，钱学森的直接反应是什么？没有人知道。但可以想象，他该是多么的震惊。多年以后，他的朋友们记得，在这段时间里，钱学森对成为这样一条“指控”的对象大惑不解，而且感到被深深地伤害了。这种伤害的程度是如此之深，以至于两个星期后，钱学森发表了一个令人震惊的声明：他将从加州理工学院辞职，返回中国。
当联邦调查局通过加州理工学院的一位情报员获知此事时，他们又找上了钱学森。这一次，是电话问讯。钱学森说，他觉得“除此以外，他已别无选择”。但他同意与联邦调查局的人再次见面。
6月19日，钱学森向联邦调查局递交了一份事先写好的声明文件。他说，在过去的10年里，在美国，他一直是一个受欢迎的客人，而他也生活得很好。他相信，这是一种互惠的关系，因为在“二战”期间，他为美国的科学进步贡献良多。既然现在这种受欢迎的地位已经不复存在，而怀疑的阴影也在他的头上盘旋，那么，最绅士的办法就是离开。钱学森对联邦调查局的人说，这份报告他也提交给了加州理工学院的工程系负责人弗雷德·林德瓦尔（Fred Lindvall）和校长欧内斯特·沃森（Ernest Watson）。
没人知道为什么钱学森决定在这时候离开。关于他的动机的种种猜测在加州理工学院流传多年，而他后来的行动也令这个故事更加扑朔迷离。令事情更加复杂的是，在钱学森返回中国后，在许多事情的叙述上，他都改口了。回过头来看，在当时，这种突然决定离开的做法，只有证实了联邦调查局最初对钱学森的猜疑：他就是一个共产党，或许还是一个间谍。但是，根据钱学森朋友所回忆的当时情形来推测，这只不过是钱学森在骄傲、愤怒、迷惑和恐惧种种情绪交织下，作出的本能反应。
必须考虑到，钱学森从一开始就是一个极其骄傲的人，而一连串的成功又助长了他的傲慢，使得他有些时候甚至表现得令人无法忍受。他把剥夺了保密许可证这件事当成一种巨大的侮辱，觉得自己“丢了脸”。冯·卡门在回忆录中这样描写当时的情况：“（钱学森）不认为他应当向有关当局证明他不是一个共产党。我想，如果有人因为我当年在匈牙利贝拉·库恩政府短暂工作过的经历就‘指控’我是一名共产党员，我也会作出和钱学森一样的反应。”
在钱学森突然决定离开的背后，也隐藏着另一个更重要的原因。1949年10月新中国成立后不久，钱学森就开始收到父亲钱家治的来信，一封比一封口气更急迫。钱学森的父亲催促他尽快回国，因为自己将接受一个胃部手术。很显然，他也希望能够与从未谋面的孙子孙女共享天伦之乐。
在保密许可证被撤销前，钱学森和朋友们谈起过这些来信，表现得深为内疚。“他不知道该怎么做，”他的朋友马丁·萨默菲尔德回忆道。“看上去，他深为忠孝不能两全而苦恼，我认为，他想要留在美国，他想入籍成为美国公民，但是他必须找到安慰父亲的办法。”
撤销保密许可证这件事改变了钱学森的看法。他对美国的忠诚开始动摇，并且开始怀疑，专注于工作是否令他忽略了身为人子的责任。或许现在正是一个返回中国并待上一段时间的良机也未可知。钱学森也考虑到了将他的父亲接出大陆、送至香港的可能性。但是他对朋友承认，这个方案成功的机会甚微。作为替代方案，他决定在中国找一份暂时的教职，等到他的父亲驾鹤西归再作考虑。
或许在那个时候，钱学森最需要的是来自他所信任的导师冯·卡门的抚慰和建议。然而，出任美国政府科学顾问的冯·卡门当时正好在巴黎出差。
不过在几个星期之内，促使钱学森更加坚定信心离开美国的几件事情接连发生。6月16日，威因鲍姆在家中遭到逮捕。美国政府以伪证罪向威因鲍姆提出指控，控诉他在1949年9月对一名美军军官说谎，否认自己曾是一名共产党员。届时，威因鲍姆正在为了申请喷气推进实验室材料分部的一个数学家职位而接受安全审查。钱学森正是威因鲍姆的推荐人。冯·卡门在自传中写道，钱学森被要求出庭指证自己的老朋友，但他却加以拒绝，这使得联邦调查局后来将注意力转移到了他的身上。
另一个可能的促成因素是6月朝鲜战争的爆发。美国与亚洲社会主义国家的矛盾进一步激化。因为妻子和孩子都仍留在大陆，钱学森的朋友罗沛霖打算马上回国。鉴于中美之间日益恶化的关系，罗沛霖担心，如果他再多加逗留，可能就再也回不去了。罗沛霖回忆道，当时钱学森也怀有同样的担心。
钱家的第二个孩子、女儿钱永真出生后不久，钱学森就开始公开地为离开作准备。他写信给美国国务院，甚至亲自造访华盛顿，以获取官方的离境许可。他试着预定返回中国的船票，但却被告知，预订无法被确认。7月初，在加州理工学院其他一些中国学者的建议下，钱学森写信给国际商业联合会，由这个组织出面帮助钱学森订好了飞往中国的加拿大航班。钱学森计划从温哥华离境，乘飞机直抵香港。
钱学森的朋友对他真的决定要离开都深感震惊。当钱学森在古根海姆大楼的楼梯间对汉斯·利普曼教授漫不经心地提起他将回到中国时，利普曼认为他“疯了”。钱学森的老朋友威廉·西尔斯曾经问他，为什么一定要接触到那些机密材料。钱学森回答道：“不这样的话，我就无法完成我作为古根海姆教授的职责了。”西尔斯觉得钱学森有点过于夸张，但也理解，“撤销保密许可证这件事伤害到了他的自尊”。
一点儿都不令人意外，加州理工学院开始出面干预了。他们可不想失去这位最年轻的学术新星。校方请求钱学森重新考虑。李·杜布里奇暗地里非常积极地替钱学森争取恢复保密许可证，希望这样就可以让整件事就此了结。7月份，杜布里奇写信给冯·卡门，希望他运用自己在空军的关系，为钱学森进言。他还动用了自己在华盛顿的关系，向海军情报部门打探钱学森的案情进展。传回来的消息表明，整个事情不过是捕风捉影罢了。在所有这些信件中，杜布里奇都反复强调，钱学森是一位被错误地“指控”为共产党员的伟大科学家，如果让钱学森回到中国，美国政府将面临着双重损失。“让一个全美最优秀的火箭和喷气推进专家无法在自己选择的领域从事工作，通过这种方法迫使他回到中国，让他的天赋为共产党政权所用，这实在是荒谬。”杜布里奇写道。不止一位加州理工学院教授表示，他们担心钱学森将成为“苏联人的左膀右臂”。
在这个时候，杜布里奇也在为钱学森安排一个在华盛顿特区举行的由陆军工业就业评审委员会主持的听证会。这可以迫使政府解释清楚，为什么钱学森的保密许可证会被撤销。那时候，钱学森已经失去了接触空军、海军、陆军和陆军军械部机密材料的权利。事实上，早在一年前，陆军军械部便撤销了钱学森的保密许可证。
“加州理工学院方面非常希望我能够留下。”钱学森后来回忆道。他知道，校方相信，只要能替钱学森把保密许可证争取回来，他便有可能留在美国。看到加州理工学院如此急于搞定这件大事，钱学森不情愿地推迟了启程时间。他告诉校方，希望听证会能够尽早举行，因为他打算在8月底离开美国。
到这时为止，钱学森几乎是同时在为华盛顿的听证会和动身回国这两件事作准备。7月将尽的时候，钱学森雇用了一家搬家公司，将他的家当都装在板条箱里，用船运回中国。这些东西预计在他乘飞机动身一天后搭载威尔逊总统号从洛杉矶前往中国。送货地址是在香港，最终它们将被转运到钱学森的父亲位于上海的家中。钱学森的妻子和子女随后与他在中国会合。
8月中旬，时间迅速流逝。华盛顿的听证会预计于8月23日举行，钱学森则要在8月28日动身。他的家里乱成一团，搬家公司的人进进出出，帮助钱学森打包。这家公司还收到钱学森的指令，将他的书籍和论文装在用防水纸隔好的箱子里。看起来，钱学森急于赶时间，当打包工人到的时候，他要求他们将这些材料放在箱子里，带到库房，在那里完成包装。
种种迹象显示，钱学森很可能会一去不回。这家搬家公司的所有者哈罗德·塞克斯史密斯（Harold Sexsmith）说：“准备运走的东西一看就是想要长久过日子用的。其中包括一架钢琴、家具、盘碟、床上用品、书籍、办公桌、收音机，甚至还包括一个洗碗机。这些都是安顿一个家所必需的。”鉴于钱学森打包带走了几乎所有的家产，看起来他是不打算再回来了。
8月21日，钱学森飞往华盛顿。他的第一站是丹·金博尔（Dan Kimball）的办公室。杜布里奇强烈建议钱学森先去与他见上一面。金博尔是个光头高个子男人，目光凌厉。他此前曾经担任美国航空喷气发动机公司的执行副总裁和总经理。因为在杜鲁门的选举中帮了忙，他被推选为海军副部长。“二战”期间，金博尔对钱学森所做的工作了如指掌，而且称赞他为全美国最好的火箭专家。
在金博尔的办公室中，钱学森开始倾诉发生在他身上的一切：联邦调查局特工的拜访，撤销机密许可证所带来的羞辱。钱学森是如此的愤懑不平，以至于在讲述中忍不住流下了眼泪。看到钱学森所表现出的焦虑情绪之后，金博尔提醒他说，加州理工学院已经提议让钱学森出任数学教授，这样就不再需要机密许可证了。当然，金博尔也希望看到钱学森可以再度拿到机密许可证，他向钱学森推荐了一名华盛顿律师保罗·波特（Paul Porter）。钱学森后来回忆道：“他有点不知所措，我怀疑他根本就没有仔细听。他只是把我推出办公室，然后说：‘你去见波特先生吧，一切都会好起来的。’”
这个下午，钱学森与波特律师见了面。在听完他的故事后，这位律师表示，要在听证会上有好的结果，他需要一些时间去作点调查。钱学森开始怀疑，这个听证会是否有必要。不管怎样，他都打算离开美国了。波特对此表示赞同，他说听证会看上去可能的确没什么意义，并建议推迟。钱学森于是又回过头来找金博尔。金博尔无限期地推迟了听证会。
8月23日，钱学森与金博尔再度见面。这一次，钱学森比之前更强调了他打算离开美国的决心。他觉得金博尔根本都没有把他第一次见面时说的话当真。据说，金博尔对钱学森说：“你不能离开，你太有价值了。”他还指出，如果一切可以由他决定，他是绝对不会放钱学森走的。作为国民党的支持者，金博尔警告钱学森说，最好对这件事严肃地加以三思。钱学森说，他会回到加利福尼亚好好考虑一下。这个下午，钱学森坐上了飞往洛杉矶的飞机。
就在钱学森刚刚离开金博尔的办公室时，金博尔就立刻给司法部打电话。他警告他们，钱学森知道得太多，绝对不能被允许离境。金博尔相信，中国政府急需钱学森的技术专长，希望钱学森返回中国。当钱学森当天晚上抵达洛杉矶机场时，一名联邦调查局特工走上前来，递给他一张纸，那是由美国政府签署的禁止钱学森离境的法令。可以想象，钱学森当时是多么的愤怒。
计划无法实行，钱学森取消了预定的机票，请求搬家公司将发出的包装箱追回来。在与妻子蒋英商量过之后，钱学森考虑将家小先送回中国，而他只身留在美国。为此，他还从银行里取出了一部分积蓄。
但是，钱学森并不知道，此时，海关已经将他的行李加以检查和扣押。8月19日，就在钱学森前往华盛顿之前，放在他办公室中的书籍和文件被运到了包装公司的打包间，第二天早晨开始卸车。一位打包工人领班向他的老板哈罗德·塞克斯史密斯汇报，一些文件上标有“机密”或“绝密”的字样。塞克斯史密斯立刻与海关官员罗伊·戈林（Roy Gorin）联系。后者让塞克斯史密斯停止打包。戈林还要求塞克斯史密斯不要与任何人谈起有关钱学森行李的事情，直到海关确定应当采取何种必要措施时为止。
从这时起，形势急转直下。8月21日和22日这两天，海关官员、联邦调查局特工、海军情报部、空军情报部、陆军军械部和美国国务院的人都光顾了帕萨迪纳贝金斯仓库。美国国务院的官员建议，将这些文件没收，将钱学森收监，但洛杉矶地方检察院却认为，只要对钱学森加以监视就足够了。海关官员申请了对钱学森的8箱文件加以扣留的民事搜查许可证，认为钱学森违反了出口管理法案、中立法案和间谍法案。申请被一名联邦法官通过了。8月25日，移民局发出了对钱学森的逮捕令。
很明显，钱学森对暗中进行的所有这一切一无所知。第二天早晨，当从报纸上见到相关新闻时，大惊失色的蒋英打电话给搬家公司老板塞克斯史密斯，要求解释。塞克斯史密斯说，他被下了禁口令，在海关官员发布消息之前，不得告诉任何人有关钱学森行李的事情。“我对钱夫人说，对于行李扣押这件事她居然一点风声都没听到，我对此也深感惊奇。钱夫人回答说，直到看到报纸上的新闻，他们才第一次知道发生了什么事情。”塞克斯史密斯回忆道。
很明显，钱学森并没有意识到，要把一些特定领域的技术数据带出国外，必须申请特殊的许可证。在接下来的几天中，他忙于回答媒体记者关于行李问题的提问。“那是我的个人物品，”钱学森说，“我本来打算返回中国，但现在回不去了。移民局的人告诉我不得离开。我不知道为什么他们会对我的行李加以检查。我对整件事都没有任何头绪。”他告诉媒体，他打算回中国处理一些家事，最终还是要返回美国的。钱学森宣称，他仔细看过他的私人文件，将那些涉密的文件封存在办公室的一个上锁的柜子里，并把钥匙交给了另外一名航空学教授克拉克·密利根。
“没有什么密码本，没有什么密令手册，也没有什么设计图纸，”钱学森在一篇准备交给媒体发表的声明中写道，“不过是一些草图和可能被一些人误认为密码本的对数表。我希望带走自己的私人笔记，其中许多只不过是教学笔记，而另外的一些材料则是我离开时要做的工作。我非常肯定，我从未试图带走任何涉密文件，或是以合法方式以外的途径离开这个国家。”
按照金博尔的本意，他只不过想静悄悄地阻止钱学森离开。但预想之外的新闻发布会却让这件事情一下子在公众中引起轰动，从此超出金博尔的控制范围。洛杉矶的当地报纸纷纷以“运往中国的机密文件被查扣”为标题报道了这条新闻，美联社和合众社进一步将消息散播到全美各地的报纸上。只不过几个月之前，这些媒体还将钱学森捧为预言家，现在，他们给他贴上了间谍的标签。