入仕后的年羹尧，仕途之路可谓顺风顺水。在此，我们大致罗列一下他的升迁路径。康熙三十九年，二十一岁的年羹尧考中进士，当年五月，他被选为翰林院庶吉士，进入翰林院学习。三年后，即康熙四十二年（1703）四月，年羹尧顺利通过翰林院的散馆考试，“博士后出站”，成功“留馆”，任职翰林院检讨，是从七品官。实际上，那一科的散馆考试合格率很低，四十多名庶吉士中只有十人考试合格，其余或降归普通进士班中候选，或仍然在庶吉士班中延期学习，可见年羹尧在其中亦属佼佼者。两年后的康熙四十四年（1705）五月，年羹尧以翰林院检讨的身份，作为钦差，担任四川乡试主考官。当时的四川由于受到明清之际战争的破坏，人口萎缩、经济凋敝、文气不振，在全国范围的科举考试中重要性不强。即便如此，年羹尧能在二十六七岁的年纪就主持一省乡试，成为众举人的“座师”，也是得意之事。回京后，年羹尧很快在翰林院内进行职务升转，先后担任了正六品的侍读与从四品的侍讲学士。康熙四十七年（1708），又以侍讲学士身份担任广东乡试正考官。一年后，升任正三品的内阁学士，并加礼部侍郎衔，可谓“春风得意”。
年羹尧的宦途顺遂，体现了清代翰林在仕宦上的突出优越性。清人朱克敬在其《翰林仪品记》中写道：
国朝仕路，以科目为正，科目尤重翰林。卜相非翰林不予，大臣饰终必以翰林乃得谥“文”。他官叙资，亦必先翰林。翰林入值两书房，上书房侍王子读，南书房职拟御纂笔札。及为讲官，迁詹事府，人尤贵之。其次主考、督学。迁詹事府必由左右春坊，谓之开坊，则不外用。其考御史及清秘堂办事者，年满则授知府。翰林贱之，谓之钻狗洞。
意思是说，清朝当代的仕途，科举中进士最是正路，中进士后又以选入翰林院最有前途。只有起家翰林，才有可能最终成为内阁大学士；只有翰林起家的大臣，死后的谥号才能冠以“文”字（其实也不绝对是这样）。翰林可以入值上书房、南书房，担任主考、督学，在詹事府开坊后就越发清贵。如果起家翰林，后来改任御史，甚至外放知府，那就太糟糕了，被称为“钻狗洞”。
翰林院编制少、级别高，升转很快；直接和皇帝打交道，有被破格提拔的机会；工作清闲务虚，没有什么错误可犯。除了清贫一些、少有灰色收入外，是最好的仕途起点。明清时期向来有“非翰林不入内阁”的说法。也就是说，如果一个读书人能够以翰林起家，就有了当到一二品高官，甚至首辅大臣的指望。
除了庶吉士留馆这样的高起点外，年羹尧在入仕之初的十年内，还经历了数次超擢，即破格提拔——毕竟与他资历完全相同、政治资源还更好一些的张廷玉直到康熙五十五年（1716）才当上内阁学士，而年羹尧提前七年就达到了这个高度。只是年羹尧当时品级较低，破格原因未能见诸史书而已。总而言之，不到三十岁的年羹尧，是康熙皇帝心目中名副其实的“社稷臣”培养对象。
康熙四十八年，是一个对年羹尧而言特别重要的年份。年初，他任职内阁学士、礼部侍郎。三月，康熙帝复立太子后，年羹尧又作为副使，赴属国朝鲜向其国王及臣民宣示此事。朝鲜官方史料对于明清时期敕使入朝的记载向来系统全面，年羹尧有机会出使朝鲜，算是瞎猫碰见死耗子，为自己留下了很多活泼生动的历史八卦记载。比如他人还没到朝鲜，负责接待工作的朝鲜官员就向国王飞马快报，说来的这位年副使“不食四足之肉，所食不过鹅鸭海参等物”，要马上吩咐开成府、黄海道准备接待食材，等等。
从朝鲜回京后，年羹尧又在当年九月结束了京官生涯，出任四川巡抚。前文已经提到，由于战争原因，四川在康熙年间是个百废待兴之地，很适合年轻气盛者大展拳脚，干出一番事业。
在清代，巡抚的主要职责是处理一省民政，但年羹尧这个新巡抚一到四川，就产生了锻炼军事才能的追求。一方面，四川地接汉藏，多民族杂居，既是清军控御青海和硕特蒙古、西藏达赖喇嘛两大势力的桥头堡，又时常要对付省内和邻省各部落土司的小规模武装侵扰，对敌斗争形势严峻。
另一方面，明清之际，四川战乱频仍，人口损失极其严重。康熙年间，清政府在四川省出台税收优惠政策，大量招徕外来移民开垦荒芜土地。所谓“湖广填四川”，描述的就是这一时期的大规模移民活动。前来四川开荒的移民中，大多是较贫困的青壮年单身男子，是以省内性别比例严重失衡，一时土匪横行，社会治安压力极大。为了解决四川的这个问题，清廷一度将从贵州买卖少数民族妇女到四川的活动合法化，可见其严重程度。
康熙中期，对四川军事活动负有最高责任的是川陕总督，其官署所在地是陕西西安，而非四川境内，特别是距离经常出问题的四川西部较远，交通又十分不便。除川陕总督外，驻扎成都的四川提督负责统领本省绿营兵，是重要武官。但年羹尧上任之初，川省身经百战、功勋卓著的老提督岳升龙（岳飞后裔、年羹尧后来的主要助手和继任者岳钟琪之父）就双目失明，并且因为经济问题戴罪在家，继任的提督才德不及，难以胜任川省军务。
在这种情况下，年轻气盛的年羹尧上任巡抚伊始，就跃跃欲试，并上书与康熙皇帝讨论四川的山川形势、民族问题以及兵备事务，甚至直接插手军事活动。如康熙五十五年，位于今天凉山地区的四川建昌镇“番蛮”在交通要道上抢掠客商，甚至伤及官兵。年羹尧以主管当地军务的建昌镇总兵年老、“营务废弛，平时既不能弹压，临事又漫无成算”为由，亲自带兵进入深山密林之中，清剿镇压。年羹尧这类年轻气盛的举动，使他与自己的顶头上司、川陕总督殷泰的关系搞得很僵，要不是康熙皇帝始终对他偏爱维护，恐怕早就官帽不保了。
到康熙五十六年（1717），清王朝的战略形势发生很大变化，这一变化给年羹尧带来由文转武的发展契机。那一年，清廷的老对手——蒙古准噶尔部首领策妄阿拉布坦率军入侵西藏，攻占拉萨，试图控制达赖喇嘛，进而影响整个蒙藏地区，这一举动严重触犯了康熙皇帝的底线。次年春天，清廷出动大军，欲与准部一战，夺回西藏的控制权。康熙五十七年（1718）闰八月，康熙皇帝任命皇十四子胤禵为抚远大将军，率军西进，调兵遣将，一场抗准援藏的大规模战争爆发在即。
鉴于四川提督康泰出师不利，身为巡抚的年羹尧向康熙皇帝请缨，带领本省绿营兵赴由川入藏的前沿重镇松潘料理军务，又主动向藏区派出谍报人员，打探蒙藏地区各方消息。更重要的是，他积极肩负起在四川全省筹备粮饷的重任，全力支援大军。康熙五十九年（1720）初，清军由青海、川滇两路向西藏进军，一路报捷。同年底，清除西藏的准部势力，成功护送六世达赖至拉萨完成坐床仪式。在这一过程中，康熙帝对年羹尧的表现极为满意，信任程度与日俱增。
趁着这个机会，年羹尧上书康熙，说：“窃惟川省营伍之弊，久在圣明洞见……无如积习难移。督臣远在西安，鞭长莫及，臣与各镇原无节制之责，而将、备各官惟视提镇之意指以为从违，必欲悉除痼疾，将镇、协各营整顿一新，非假臣以虚衔不能也。伏乞圣主暂加臣以总督虚衔，并求赐以孔雀翎子，令臣节制各镇，一年以后，营伍必当改观。俟兵马事竣，臣即奏缴虚衔，不敢久于忝窃。”大概意思是说：四川绿营如今腐败透顶，皇上您是很了解的。然而总督远在西安，难以管理，臣作为巡抚，与绿营各部没有统辖关系，我一肚子的整顿之策，却没有机会施展。皇上您要是想让川省军务焕然一新，除了给我一个总督的头衔，赐给我象征军功荣誉的孔雀翎，就再也没有第二个办法啦！当然了，我问您要这个虚衔是很过分的要求，等仗打完了，您再把这个头衔拿回去，我也不敢恋栈。
面对年羹尧这样明目张胆地跑官要官，康熙皇帝立刻拍板，晋升年羹尧为四川总督，主持四川全省兵民二政！当然，康熙六十年（1721）入藏战争胜利后，康熙不但没将年羹尧四川总督的任命收回，还令年仅四十二岁的他兼辖川、陕两省，成为川陕总督，并担任大将军胤禵的后勤部长和重要军事助手。
除了军事活动外，在西部经营十余年的年羹尧对当地的吏治民生也多有作为。如抚川之初，即上奏《川省应行事宜七条折》，提出有司宜劝惩、积贮宜预备、钱法宜流通、复设铺司以便递送公文、复设州县以期有济民生、改卫所为州县以化边徼风俗、银矿开采宜奏明等改革意见。康熙六十年，年羹尧又向康熙皇帝提出“耗羡归公”的建议，即在事实上认定州县官在正税之外加派给百姓的“火耗”为合法，但限定其比例，以免基层官员横征暴敛，无限度坑害百姓。再将这笔收入上解省城，充作公用，弥补战争造成的府库亏空。年羹尧的这个建议，没有被老年康熙接受，却与雍正即位以后的做法不谋而合。
总而言之，到康熙末年，年羹尧已经成为朝中最年轻、最重要、最受皇帝信任的封疆大吏。这更多的是他凭借个人出众的政治、军事能力取得的成就，而与他和雍亲王胤禛的主属、郎舅关系无关。换言之，雍正帝即位之后，年羹尧年纪虽轻，但其身份更倾向于先帝老臣，而非新朝新贵。更何况，除了雍亲王外，年羹尧靠着岳祖父明珠这条线，还与多位皇子有所交往，这委实不能不让本来孤立的胤禛带醋含酸。