“戊戌变法”失败以后，慈禧太后以光绪帝的名义发布谕旨，宣布光绪帝因为疾病不能理政，自己将再度“训政”。她的这次训政取消了之前“垂帘听政”的形式，直接与皇帝并坐，来面对群臣的上朝听证，可以说此时的她完全独揽了朝廷的大权。
在群臣奏对的时候，光绪帝不能说任何话，只有在慈禧示意皇帝可以作答的时候，光绪帝才能勉强点头应答几句，但也绝不敢提半点意见。从此以后，光绪帝成为了真正的傀儡皇帝，囚徒天子。每次退朝之后，光绪帝就会被带到瀛台，囚禁在这座“水牢”当中，在侍卫的贴身监视下过着万般无奈的囚徒生活。
慈禧在选择囚禁光绪帝的地点上，其实是很有顾虑的，因为清朝历史上还没有过专门为皇帝安排软禁的地方。虽然曾经有过“冷宫”，但那是专门关禁嫔妃和皇子的地方，而光绪帝是在位的一国皇帝，慈禧既要选择一个与他身份相符，又要能限制他人身自由的地方。于是，位于西苑南海中的瀛台便成为了这个理想之地。
瀛台全景瀛台又称为南台，始建于明朝。清朝顺治、康熙年间曾两次修建，是帝王、后妃的听政、避暑和居住地。因其四面临水，衬以亭台楼阁，像座海中仙岛，故名瀛台。从清朝顺治、康熙帝起，各朝清帝均喜居住于此。瀛台湖光山色，风景秀丽，亭台楼阁的琉璃瓦掩映在碧树浓荫之中，会让人有恍若置身于蓬莱仙境的感觉。每年皇帝祭社稷坛，礼成后都要到瀛台这里更衣;上元佳节皇族也会到瀛台来观赏烟火;康熙帝和乾隆帝也都先后在此听证，赐宴。
光绪帝被幽禁的岁月是凄凉，无聊的，在戊戌政变失败后，慈禧把曾经侍奉过光绪帝的贴身太监们全部处死或发落从军，让总管太监李莲英亲自挑选了20名太监来侍奉光绪帝，说是听从光绪帝的差遣，其实就在监视着光绪帝的一举一动，以便回报给慈禧太后。后来为了更加便于看管，慈禧还下令拆除了瀛台与岸上唯一连通的板桥，只有在每天清晨皇帝被拉去陪慈禧上朝的时候才会重新搭上。
据记载，某年的冬天，北京天气出奇的寒冷，南海水面结了冰，一天，光绪帝微服出行，可是没走多远，便被崔玉贵等太监发现，赶紧把皇帝扯拉回殿。慈禧太后知道后，命人把水面的冰凿开，以防光绪帝借水面结冰的机会逃走，并且将陪同光绪帝南海游行的六名太监立毙杖下。此后，为了防止光绪帝的逃跑，瀛台岸边每日都不厌其烦的凿着冰。
涵元殿的窗户纸破了，也没有人给补一补，光绪帝在寒风中冻的浑身发抖，他找来内务府的大臣，大臣见状赶紧谢罪，理科派人裱糊好了窗户。慈禧知道此事后，第二天召集内务府大臣进行赏赐，所有大臣都有荷包，那位办了事的大臣也高高兴兴的来领赏，可是慈禧却赏赐他一只小狗，这个被羞辱的大臣还得向小狗叩谢圣恩。
从此，内务府再没人敢关心皇帝的生活。可怜的光绪帝不仅被剥夺了政治权利，也完全失去了人身自由，他自己称自己连汉献帝都不如。
瀛台的生活是乏味的，每天散朝以后，光绪帝会回到瀛台的屋子里呆着，他每天只有吃饭、读书、睡觉。无聊的时候就拿纸画上乌龟，在乌龟的背上写上袁世凯的名字，然后把纸粘贴在涵元殿的墙上，当做射击的靶子，用竹签向其射击，不一会纸就被射成了筛子状，光绪在取下来撕成碎片，抛洒在空中。在此后十多年的囚禁日子里，光绪帝始终诅咒着因出卖维新党而获得重用的袁世凯。
在没有礼仪活动需要他充门面的时候，光绪帝就在涵元殿读书。在被幽禁的十年间他阅读了大量的书籍，来打发这漫长的时光。在光绪二十九年(1903年)，慈禧太后召清政府驻法、美等公使裕庚的女儿德龄入宫，德龄除了做慈禧身边的女官，还负责每天教光绪一个小时的英文，有时候德龄还会教光绪帝两人一起跳上一段西洋的舞蹈。
德龄公主德龄在宫中陪伴了慈禧两年，这期间，德龄和光绪帝亦师亦友的关系，也使光绪帝的幽禁生活增添了一些色彩和温暖，后来德龄还以她在清宫中的所见所闻用英文写成了《清宫二年记》、《瀛台泣血记》、《御香飘渺记》。