因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。

在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。

李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质”相关联。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没出对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。

君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重在他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种会小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是以公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽在这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似。

李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。

李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。

这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相埒。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李贽又和漕运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的烟亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，赀财富有。他特意为李贽修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋辈之中，惟有焦竑家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。

李贽本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。

十分显然，李贽没有创造出一种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者根容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。

但是这种前后不一并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精神。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。

如果把李贽的优越感和矫饰剔除不计，那么，他的思想面貌还不是难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”、道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不是背弃道德。

在一种社会形态之中，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中付诸实践，则需要与不同的时代、环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立一个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社会带来开放的机能，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。

这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的雄旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”，

如果李贽在某种程度上表现了言行的一致，那么唯一合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，一直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。

对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为张居正所器重，1578年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的试探和先声。两年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这一重大措施很可能获得成功。

张居正少年时代的课业，曾经得到当地一位官员的赏识。此人名李元阳，字中溪。他的一生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿态出现。据记载，他和李蛰曾经见过面。

由于李元阳的影响，张居正早就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。