刘秀即帝位后，派侍中傅俊到新野迎接发妻阴丽华。新婚一别，己经三年，当年的刘将军，如今己经成为主宰天下的皇帝;而当年的阴新娘，饱经战乱流离，如今则变得更加沉稳了。两人相见，悲喜交加，刘秀情不自禁地吟诵“自我不见，于今三年”(见《诗经》)，以示对独自苦等的发妻的思念和抚慰。然而，与三年前不同的是，他们之间又多了个郭圣通。刘秀虽按常例将阴、郭二人同封为贵人，但立谁为皇后，仍然两难。一个是曾经梦寐以求，终于如愿以偿的结发妻子;一个是曾经战乱相随，与其建立帝业有血肉联系的结盟夫人。经再三斟酌，刘秀认为娶阴丽华在先，且其雅性宽仁，应立为皇后。当刘秀郑重其事告诉阴丽华要立她为皇后时，却被阴丽华坚决拒绝了。理由是，郭氏己育一子，而自己尚未生育。并通情达理地说：“困厄之情不可忘，况郭贵人己生子。”由于阴丽华态度坚决，刘秀只得于次年，即建武二年(公元26年)立郭圣通为皇后，立郭氏之子刘疆为太子。
刘秀虽然立郭圣通为皇后，但他对阴丽华谦让的美德却更加敬重，也与阴丽华更加亲近。建武四年(公元28年)四月，阴丽华随侍刘秀征讨彭宠时，于元氏(今属河北)生下一子，就是后来的汉明帝刘庄。
除了阴丽华自己谦恭宽仁的美德外，阴氏的谦谨家风也让刘秀感动。建武二年，阴识(阴丽华兄)一因随军征战有功，二为以示对阴丽华的补偿，刘秀拟破格封赏他，但被阴识谢绝。他说：“天下初定，将帅有功者多，臣托属外戚，不可示天下以不公。”阴丽华的另一兄弟阴兴，当时为黄门侍郎，指挥武骑，随军征伐，算是刘秀的贴身侍卫长，鞍前马后，精心护卫，可以说万无一失。建武九年(公元33年)，刘秀迁升他为侍中，赐爵关内侯。印绶都己准备妥当，阴兴却坚决辞让。他对刘秀说：“臣未有先登临陷之功，而一家数人并蒙封赏，转令天下失望，诚所不愿。”事后，阴丽华私下问阴兴为何如此？阴兴说：“亢龙有悔，盛极则衰，外戚家怕就怕不知谦和退让。”阴氏家族的谦逊美德，让刘秀铭记于心。
建武九年，盗贼劫杀了阴母邓氏及弟弟阴。阴丽华闻讯痛哭不己，刘秀也甚为伤心。并下诏给大司空说：“朕微贱之时，娶阴氏为妻，因率军征战，新婚即别，侥幸脱得兵燹虎口，全家安全。阴贵人有母仪天下之美德，宜立为皇后，而其坚决辞让，甘愿列于媵妾之位。为了嘉奖其谦让之举，朕许诺封赏其诸弟。谁知未及封土赐爵，母子便遭逢横祸，朕十分悲痛。现追封阴贵人之父阴陆为宣恩哀侯，其弟阴为宣义恭侯，弟阴就继承哀侯爵土。灵柩在堂，派太中大夫以在国列侯之礼拜授印绶。魂而有灵，受此荣宠定当欣慰。”这道诏书，无疑更提高了阴丽华及其家族的政治地位，也可以看成是阴、郭易位的前奏。
刘秀称帝，扫灭群雄，一统天下。遂勤政爱民，求是务实，恩威并济，休养吏民，终使国泰民安，天下归心。这期间，刘秀对阴丽华一直宠爱有加，阴丽华也陆续生养了五个子女，而刘秀对阴丽华所生第一个儿子刘庄格外喜爱。建武十五年(公元39年)，刘秀下诏天下州郡检核垦田户口，并如实将数据汇报中央。在查阅各地的汇总材料时，刘秀发现陈留吏牍夹着一简，简曰：“颍川弘农可问，河南南阳不可问。”刘秀反复推敲，不解其意。刘庄站在父皇身后看见，便上前解释说：“河南帝城，则多近臣;南阳帝乡，则多近亲。田宅逾制，不便细问。”刘秀大悟，即派使者巡行河南南阳，纠察长吏，重新核实田亩。这一年，刘庄才十二岁。
刘秀对阴丽华母子的宠爱，让郭圣通难免心生怨怼。因此，阴丽华和郭圣通在后宫的地位发生逆转。建武十七年(公元41年)十月十九日，光武帝刘秀下诏废郭皇后，而立阴贵人。诏曰：“皇后心怀怨怼，数违教令，不能爱抚其他皇子，亦不训导友爱其他宫室，后宫之内，见之若见鹰鸷;全无谦和恭让之美德，却有吕后、霍后之遗风;如此，怎可托抚幼孤，恭承帝统。今派大司徒戴涉、宗正刘吉持节收回皇后玺绶。阴贵人出身乡里良家，朕微贱时与她结为夫妻，她的品性，适宜祀奉宗庙，并可母仪天下。主典官依从废立旧典，按时办好册封伙式。此为异常之事，不是国家之福，不得上表庆贺。”
阴丽华当皇后时，己经三十八岁。虽然地位变了，但品行却没变，她仍然恭俭仁厚，谦让自抑，不喜笑谑，谨慎柔顺，矜惜慈爱。在当时，她就被人们称为贤后。
郭圣通被废后，刘秀徙封郭氏第二子、右翊公刘辅为中山王，郭氏则改称中山王太后。建武二十年(公元44年)，刘辅改封为沛王，郭氏又改称为沛太后。
为了安慰郭圣通和郭氏家族，阴丽华向刘秀提出一些建议。由是，封赏郭氏家旅的诏令一道道发出。郭圣通的兄弟郭况、侄子郭璜、堂兄郭竟、堂弟郭匡、叔父郭梁(早亡无子)的女婿陈茂都得到了封赏，提前得到了“皇太后家族”的待遇和爵位。郭府的盛况仍不减当年，洛阳人都称郭府为“金穴”。郭圣通由是成为中国历史上唯一一位不入冷宫反得尊崇的废后，郭氏家族也成为有史以来唯一一个非但没有遭殃丢命，反而全家升官发财的废后家族。
太子刘疆，对母亲的被废，感到伤心;对母家的封赏，仍不放心;对自己居太子位，也不安心。为求自保，他向父皇上书，表示要退出太子位，让给异母弟刘庄。起初，刘秀并不同意，刘疆就托大臣和诸弟，再三向皇帝表达其意。两年后，即建武十九年(公元43年)六月二十六日，刘秀宣布，改封皇太子刘疆为东海王;立原东海王刘庄为皇太子。终于，在彬彬有礼的氛围中，帝国的重大政治变动就这样不动声色地完成了。
阴丽华对自己儿子取代太子的地位，总感心中不安。于是，按她的请求，刘秀将刘疆的封地再次扩大，使刘疆实际成为拥有两个封国的亲王，以此弥补刘疆未能登基的遗憾。
永平七年(公元64年)，阴丽华去世，享年六十岁，在位二十四年，谥为光烈皇后。同年，与刘秀合莽于原陵。
阴丽华，先以美貌现于世，后以贤德佐于国，使光武帝刘秀的后院安定，能心无旁骛地成就中兴汉室的大业。也正是阴皇后谦恭仁厚的品德，让光武帝刘秀能始终对她情有独钟，共同牵手走过漫漫几十年的人生之路。也正因为如此，刘秀当年“娶妻当得阴丽华”的爱情宣言，方可流传逾千年而不衰。而阴丽华则被后世誉为一代贤后。