清光绪34年10月21日，也就是公元1908年11月14日，清光绪皇帝死于北京中南海的瀛台涵元殿，时年仅38岁。 次日午后，慈禧太后在北京紫禁城仪鸾殿病逝，终年73岁。
光绪皇帝之死是清末最大的一桩历史疑案。多种文字资料记载认为，光绪是被人害死的，而且还是服用超量砒霜中毒致死;更多的人们议论认为，害死光绪皇帝的人就是慈禧太后。
据史料记载，光绪四岁进入宫中后，就受到慈禧太后的抚养与管教。慈禧太后的专制和威严，使光绪自小到大在精神和思想上一直处于紧张和压抑之中。当光绪长大成人当上皇帝亲政之时，又时时处处受到慈禧太后的辖制与掣肘，心情自然很少舒畅。
戊戌变法失败后，光绪被慈禧太后禁闭于瀛台，生活的不如意，加上珍妃的惨死，种种精神上的折磨和打击，更增添了思想上的愁闷。
光绪34年初，光绪皇帝患病几经调治不见效果，但种种的迹象表明，光绪皇帝的病情还不至于不治而亡。在光绪在去世的前一天，还曾经发布谕旨，令全国各地督抚遍寻名医灵方，从速推荐进京为其治病。由此说明了病中的光绪皇帝此时神智还非常清醒，对治好病依然很有信心。
慈禧葬礼光绪34年10月20日，也就是光绪皇帝去世的前一天，清廷还以光绪皇帝的名义发布了两道谕旨：其一，命醇亲王载沣之子溥仪，在宫内教养，并在上书房读书。其二，任命载沣为摄政王。
这两道谕旨字里行间的意思是很明确的。此时的溥仪虽然未被清廷确立为大阿哥，但事实上已成为未来的清室皇位继承人。
清廷的这两道谕旨很显然并不是光绪皇帝所发，甚至恐怕光绪本人也根本不知道有这两道谕旨下发。由于大清朝政完全掌握在慈禧太后一个人的手中，光绪皇帝不过是慈禧太后手中的一件玩偶而已。因而决定皇位继承人这等重大问题，慈禧是绝对不许光绪染指的，更不可能让他独自作主。很显然也很清楚了，这两道谕旨完全是按照慈禧太后的个人意志所颁布的。
此时此刻，慈禧太后的生命也已经到了最后的关头，她自己非常清醒地意识到了这一点。
在颁布谕旨之时，慈禧已经决定，她要看着光绪死去。如果光绪死在了慈禧太后的后面，那么，令溥仪进宫及载沣为摄政王的谕旨很可能就是一纸空文。因为在慈禧太后死后，光绪肯定要改变这个并非出于他本意，甚至在他完全不知道的情况下做出的政治安排。
对于此事，慈禧太后比任何人都清楚都明白。解决的办法也只有一个，那就是叫可能改变这个决定的人，死在做决定的人的前面。其实，老谋深算的慈禧太后早就打算这么做了。
“戊戌政变”之后，慈禧太后非常痛恨光绪曾要发兵围颐和园，甚至还要将她囚禁。但是光绪毕竟是大清皇帝，同一般的政敌不一样。政变后，光绪刚刚从政治舞台上消失，就立刻引起朝野内外，以至国际上的强烈反响。如果恰在此时皇帝又突然去世，势必要引发更大的社会动乱。此后慈禧又多次想方设法废掉光绪的帝位，但依然受到来自各方面阻力而未果。
眼下，慈禧太后年迈的身体已经病入膏肓，已经没有什么再可顾虑的了。这位实际统治具有四万万人口的中国近半个世纪的女人，临终前最不希望的，就是因自己生命的结束，而给了政敌光绪以胜利的机会，使他得以重掌朝政，改弦更张。如果是这样，慈禧太后将死不瞑目。
在颁布令溥仪进宫谕旨的第二天，光绪去世。溥仪受命继承大统，为宣统皇帝。其父摄政王载沣，出任监国。次日，已经奄奄一息的慈禧太后，终于做出了她一生中的最后一个决定：嗣后，一切军国政事，均由监国摄政王裁定。这也就是说，按照慈禧太后的的最终旨意，从今以后，大清国的皇帝都是任由摄政王摆布的傀儡，只有皇帝的名份，没有皇帝的权力，大清王朝的一切军国政事概由摄政王说了算。
慈禧太后临终前所做的这一政治安排，或许是出于清王朝江山社稷的名义和借口，但也直接地反映了她本人独裁专制的主观意志，更把她那自私、阴险、固执、刻薄等个性和作风表现的淋漓尽致。于是，在慈禧太后临终前所做的这一政治安排下，大清王朝这架风雨飘摇、支离破碎的马车再一次沿着老佛爷临终前所预定的轨道行驶，距离覆亡已经为期不远了。