秦始皇的生父到底是谁？不同的人有不同的看法，这使得秦始皇的身世更加扑朔迷离。
著名的史书--《史记》和《战国策》，都记载了秦王政当上皇帝之后，吕不韦和其亲生母亲赵太后私通。如果他们没有关系的话，面对如此光明的前途，吕不韦怎么会不珍惜，而且赵太后又怎么会找一个“老头子”呢？如果纯粹是为了“娱乐”，那他们都有更多更好的选择余地，怎么会冒着风险去私通，这又作何解释呢？只有两者之间有所关系并且有所依仗（包括吕不韦认为秦王政就是自己儿子），或者两人早有私通，这才有可能冒险。
《史记》是最早记载吕不韦是秦始皇生父的，而后班固的《汉书》、东汉高诱的《吕氏春秋注》，也持相同的观点。唐代司马贞的《史记索隐》也做出了类似的解释：“吕政者，始皇名政，是吕不韦幸姬有娠，献庄襄王而生始皇，故云吕政。”从两汉到宋元时期，人们基本上都相信秦始皇私生子之说，没有多少人怀疑。
在明代，汤聘尹以为，那些说秦始皇是吕不韦之子的人，是“战国好事者为之”。清代学者梁玉绳直接说《史记》记载的只是传闻，没有考证。明朝的王世贞则认为是吕不韦为使自己长保富贵，从而故意编造自己是秦始皇生父的，况且当时人们对秦始皇的暴政普遍不满，六国遗民也对其耿耿于怀，于是在极端的愤恨中散播了对秦始皇身世进行质疑的言论，说道：“秦始皇是吕不韦的私生子。秦宗室的香火到这里就熄灭了。六国虽亡，但秦国也同样灭亡。”
另外，还有人对《史记》中“姬自匿有身，至大期时生子政”中的“大期”解释提出疑问。期，是一年的意思；大期，就是指的12个足月之后分娩（一说十个足月）。按照常情，女子一般在孕后一两个月，才会发现自己有身孕。既然吕不韦在“献其姬”之前就已经知道其怀孕了。而按照正常的十月怀胎的生育规律，赵姬何以在与子楚同床共枕10个多月后才生下嬴政呢？超期两个月以上能生出正常孩子的概率几乎为零，这也未免太过于异常了，确实值得怀疑。
转眼间，2000多年过去了，秦始皇扑朔迷离的身世，加上其雄才大略，大受导演和观众的青睐，这才使得一部一部的电影、电视剧都披上了“戏说”的迷纱。在学术界，关于秦始皇身世的谜团，至今未有一致的看法。