经过两个多月的身心疗养，善耆被任命为崇文门税务衙门监督。崇文门税务衙门是个日进斗金的政府机构。谁担任税务衙门的监督，谁就能一夜暴富。这个肥差是许多王公大臣梦寐以求的官职。善耆的前任奕劻和他的后任那桐都在崇文门税务衙门任上发了横财。
这份美差，是慈禧对善耆坚贞不渝、忠于朝廷的“族臣心”的表彰，奖赏他随扈有功，让他发一笔令人垂涎的大财，当然也包含着收买善耆的意思。
而善耆真的是“故里归来魂甫定，翩然又动昔年思”，他带着心中的阵阵酸痛开始为朝廷办差，忘我地为保住祖宗的基业效力，根本不把钱财那些身外之物放在眼里。
崇文门税务衙门是负责对进入北京的商品征税的机构，当时对酒、烟、茶、油、布匹以及宝石等奢侈品都要课税。崇文门税务衙门，就是北京税务总局，下设23个地方税务分局，卢沟桥、长辛店、南口都设有税务衙门。
税务衙门的官吏，不拿朝廷俸禄，朝廷允许每年由税银中提12万两归税务官员留用。税务官吏还可以为业主代办报关手续收取佣金，从逃税商品中捞取贿赂那是平常事，不接受贿赂才不正常。
朝廷也不断嚷嚷着叫官员们自律，可官员们不自律也没有人追究，实际上是纵容腐败。贪腐是大清朝廷及各级官吏罹患的、不可救药的绝症。
善耆不识“好歹”，不领慈禧这份儿情，没有陷入贪污腐败的泥淖，却把取得这一差事用作革故鼎新的机遇。善耆实在是辜负了太后老佛爷的一片真情！善耆走马上任后，提倡廉洁奉公，制定了一系列反腐倡廉的法规条令，明令禁止下属官吏仗势欺人，强行加税，禁止索贿及私吞税款，并将知法犯法、有法不依、执法不严、玩忽职守、故意犯禁的官吏拿办，一切照章办理，决不姑息养奸。
善耆采取的变革措施，一扫种种腐败弊端，得到了京城内外大小守法业主们的赞扬，一些正直人士反映，大清的官吏都能像善耆那样干干净净地办差，大清朝廷定会中兴崛起。
善耆手下一些吃惯了贿赂的官员，却抱怨这位年轻的王爷不食人间烟火、小气、不通人情。他们甚至预言，像善耆这种干法，肯定“兔子尾巴，长不了”，不被参掉才是怪事。
那些偷税漏税、行贿受贿、走私贩毒的不法分子，被善耆严厉整治京城税务的举措，吓得胆战心惊，同时加紧活动，设法把善耆拉下马。世上所有的猴子身上都长毛，突然冒出一个身上没有毛的猴子，它的命运注定是被众猴子掐死。
善耆的廉政之举引起了贪官污吏们的不满和朝廷部分重臣的妒嫉，他们说善耆“轻佻、喜功”。有位王爷说，善耆想爬上正一品，位居一人之下万人之上，是野心家，对他要多加提防。
有个来自权势集团的大烟贩子，请人给善耆送信：只要善耆让他的属下，睁只眼闭只眼，愿意出大价钱孝敬他，包括给善耆修王府，给老肃王修陵寝。同时也劝告善耆，大家互相给个方便，对谁都有好处。如果善耆不给面子，也未必就做不成生意，但善耆也许会吃点亏。
这件事儿提醒善耆，税务衙门要把缉毒、禁烟摆在自己工作的重要位置上。经过深入查访，善耆终于找到了烟贩子的蛛丝马迹，他的属下丁士源确认，大太监李莲英在暗中组织贩运烟土。
善耆本想把这个大案奏报朝廷，但是他不愿意给老佛爷添乱，讨个没趣。因为这时候(1901年2月)，慈禧正在根据列强的要求降旨惩办参加反洋教的王公大臣：赐载勋自尽;载漪、载澜发配新疆，永远监禁;毓贤即行正法;刚毅革职;董福祥革职降调;英年革职，斩监候;徐桐、李秉衡革职，撤销恤典。
看到几位曾经和自己一起随扈西行的人，竟落到如此田地，下场如此悲惨，善耆的心一时也好像落入冰冷的冰窖里。朝廷的事情让善耆愤慨，但是他挽救大清江山于腐烂的决心依然。
善耆很快从孤寂、愤慨的阴影中走出，下令对于大案和要案一定一查到底，不管查到谁，哪怕是天王老子也要查。善耆腰杆子就是硬，因为他无私，他能身体力行，滴水不沾。他常常以没有干一件对不起祖宗的事情而自豪，他是朝廷内外公认的清官。
有善耆撑腰，好较真儿的丁士源，表现出他和腐败势不两立的气派，勇敢地捅了马蜂窝，把李莲英的大烟没收了。此案当年曾经震慑京城内外。有人说，各行各业都出个肃亲王，国家自然就得救了。有人说，等着瞧吧，善耆早晚要倒霉，李莲英一定下毒手整治他，太后老佛爷不会护着肃王。预言家说：“不出一年，肃王准保被拉下马。”
1901年9月7日，清政府与十一国代表在北京签订《辛丑条约》，帝国主义从政治上、经济上、军事上控制了清政府，中国彻底坠入半殖民地半封建社会的深渊。
10月2日，慈禧再次下达懿旨，表示“变法自强”的决心，在袁世凯、张之洞、刘坤一等封疆大吏推动下，晚清“新政”开始启动。
10月6日，慈禧一行由西安启程返回北京。在返京途中，在开封发布懿旨：撤去溥儁大阿哥封号，令其立即出宫。
1902年1月8日，慈禧回到北京。慈禧以女元首的身份会见各国驻华使节，她第一次撤掉挂在面前的帘子，露出了她那饱经风霜的老脸，热情地接见各国外交使节。
慈禧为表彰善耆的扈从有功，赏戴三眼花翎，但是却免去了善耆的崇文门税务衙门监督的职务，补正白旗侍卫内大臣。
善耆离开崇文门税务衙门后，朝中有人要拿办丁士源。善耆闻讯立即送丁士源到英国留学，使丁士源躲过了一劫。从此，丁士源成了肃亲王的亲信，得到肃亲王亲属的待遇，后来宪东兄弟们都尊称丁士源为丁大哥。
被调离崇文门税务衙门，是善耆意料中的事情。中兴大清的渴望依然在善耆胸中燃烧，而且越烧越旺，他没有感到失落。善耆怀抱着更大的期待，相信报效朝廷的新机遇一定会出现。