顺治皇帝将此归罪于多尔衮，肯定有他的道理。从多尔衮的角度看，将他们母子隔开，固然有皇家制度的因素在，不过，他和孝庄之间的私情可能是更重要的原因。
顺治三年正月，已经牢牢控制住朝局和全国大部分地区的多尔衮，任命在小皇帝第二次登基时恢复了肃亲王爵位的豪格为新的靖远大将军，前往四川对付张献忠。当年十一月，在四川南充地区的凤凰山金山铺，张献忠主力被豪格击败，张献忠本人也被一箭射死。
从此，这两支号称具有几十万甚至上百万大军的农民军，大体星散。李自成、张献忠的一部分部下与明朝残余力量合流，试图共同抵抗咄咄逼人的清军。无奈，强弩之末，不能穿缟，他们再也没有能够形成足够的力量。而多尔衮则十分顺利地实现了各个击破的总体战略目标。中国，在他的手里大局已定。
在此期间，清朝迅速完善各种规章制度，除军事上以八旗制度为其根本之外，其余几乎全部沿袭了明朝的制度设计。多尔衮率大军入关时，一再宣称自己的天下是得自李自成，而不是夺明朝之天下。与此异曲同工的是，顺治三年，以顺治皇帝的名义作序，将朱元璋的《洪武宝训》颁行天下，直截了当地自认为是明朝的继承人，将与天下共同遵守大明祖训。这是中国历史上改朝换代时从未有过的景象，在很大程度上，起到了收拾人心的功效。
这种情形也直接影响到了小皇帝福临的日常生活。譬如，按照大明祖制，皇家子女出生后，不能由亲生母亲抚养，要交由宫中女官、乳母、宫女、太监和师傅们养育辅导。到北京后，孝庄皇太后住进了慈宁宫，七岁的福临大约是住在位育宫，他只能和母亲分开来自己单独住。
多年以后，早已把死后的多尔衮修理得体无完肤的顺治皇帝，仍然充满怨恨地谈到，多尔衮摄政时，自己和皇太后要分别居住在不同的宫室里，经常要几个月才能见上一面，以至于皇太后时时牵挂，特别难受。
顺治皇帝将此归罪于多尔衮，肯定有他的道理。从多尔衮的角度看，将他们母子隔开，固然有皇家制度的因素在，不过，他和孝庄之间的私情可能是更重要的原因。
今天，我们已经很难知道多尔衮与孝庄皇太后之间的情愫，究竟是怎样的情形。福临长大后，性情偏执强烈，形成严重的分裂型人格，和自己母亲孝庄皇太后的关系也恶化到几乎无法弥补的程度。从一般心理学规律判断，这种情形，必定和他童年与少年时期的成长经历密切相关。而多尔衮和孝庄皇太后的关系，可能使他受到过极大的刺激。这应该是他切齿痛恨多尔衮的最重要原因。
随着年龄越来越大，福临可能日益感受到了多尔衮庞大权势的威压。
福临在北京第二次登基后，便颁布诏书，认为多尔衮的功德与辅佐周成王的周公比较起来，有过之而无不及。因此，加封多尔衮为“叔父摄政王”，命令为他立碑以纪念这些功德。福临还封另一位辅政王济尔哈朗为信义辅政叔王，从此，济尔哈朗不但在实际上，而且在名位上也正式退居到了多尔衮之下许多。
第二年初，陕西道监察御史赵开心上疏，认为“称号必须正名”。叔父摄政王是皇帝的叔父，只有皇帝可以这样称呼，若大家都这样叫，就没有了上下尊卑之别。因此，应该在“叔父摄政王”前面加一个“皇”字，以便让天下臣民知道，此“叔父”非彼“叔父”也。于是，帝国政府机器又紧急开动，规定从今而后，一切形诸文字时，都必须称“皇叔父摄政王”，在一切仪注礼节上，皇叔父摄政王都只比皇帝略少一点点，而远高于其他王公大臣。
顺治三年五月，多尔衮将所有信符收到王府管理。这是调遣全国军队的唯一凭证，本来是唯有皇帝才有权力独握的军国至重之器。多尔衮的理由是，这玩意儿收藏在大内，一有调遣，太不方便。于是，将其拿到了自己手里。
多尔衮死后，这件事被当成他心怀不轨的证据之一。其实，恰恰是这件事，方才表明多尔衮真的没有谋夺皇位的心思。想想看，从拿到调动全国军队的兵符军权，到多尔衮死去，其间间隔了四年半时间。在这么长时间里，多尔衮要想夺位，恐怕是没有人能够拦得住他的。有人认为，是因为代善健在，他的号召力及其两红旗导致了多尔衮不敢轻举妄动。其实，这个理由大约同样很难成立。代善是在顺治五年十月死的。这一年，豪格已经死去，济尔哈朗的辅政王之位也在前一年被多铎取而代之。即便在这种政治、军事势力完全一边倒的情势下，在两年多时间里，仍然没有任何坚强的证据，能够证明多尔衮曾经有过谋取皇位的行动。
多尔衮死后，曾经深受他信任和重用的苏克萨哈出面控告他心怀不轨，其实是一种为人所不齿的投机行为，投合了福临对多尔衮的痛恨，从而，开始了对多尔衮的清算。
对此，倒是福临的曾孙子乾隆皇帝看得更清楚。作为皇帝，他很明白，多尔衮要是想谋取皇位，早就在握有军权时做这件事了，哪里要等到死后去阴间来做？于是，我们就有机会看到一个特别熟悉的字眼，乾隆皇帝为多尔衮全面平反昭雪，并在他那个睿亲王中间，还为他加上了一个“忠”字。实事求是地说，多尔衮还真是当得起这个字眼。九泉之下有知，多尔衮大约会把这个重侄孙子引以为知己。