耿南仲，开封人。与余深同年考中进士，历任提举两浙常平，徙官河北西路，改任转运判官、提点广东南路及夔州路刑狱、荆湖江西两路转运副使，入京任户部员外郎、辟雍司业，因事被罢贬为知衢州。政和二年(1112)，以礼部员外郎身份任太子右庶子，改任定王、嘉王侍读，不久试任太子詹事、徽猷阁直学士，改任宝文阁直学士。在太子宫中任职十年。
钦宗辞谢徽宗禅位，生病，出宫住在福宁殿，宰相及百官列班等候，日夜不敢退。李邦彦说：“皇太子一向亲近耿南仲，可召他入宫。”南仲与吴敏到殿中侍候。第二天，钦宗即位，授任南仲为资政殿大学士、签书枢密院事。不久，免去签书一职。钦宗因为南仲是东宫旧臣，对他非常敬重，赐给他住宅一幢，升任他为尚书左丞、门下侍郎。
金人再次出兵攻向京城，请求割给三镇讲和，朝中大臣多数主张战守，只有南仲与吴千干坚持割地。康王到军队前线，请求南仲同行。钦宗认为他年老，命令他的儿子中书舍人耿延禧代行。金兵驻扎洛阳，不再要求割去三镇，直接请求划黄河为界。于是朝廷商议派遣大臣前往，南仲以年老不愿去，聂昌以亲戚不愿去。钦宗大怒，立即下令南仲前往河东，聂昌前往河北，商议割地。
当初，南仲自认为在东宫奉事过钦宗，应当掌握大权，而吴敏、李纲超次升职，官位在自己的上面，心中不平。于是每次处理政事提出不同意见，排挤不附和自己的人。李纲等人认为不能和议，而南仲竭力阻止，单独主张和议，所以战守军备都被停止。康王在相州，南仲陪同金使王..前往卫州。乡兵打算杀死王..，王..单独逃走，南仲单身到卫州，卫州人不收纳他。逃到相州，把皇上圣旨告诉康王，调河北兵去保卫京城，于是联名签署募兵榜张贴，人心才安息。二帝被金兵掳走，南仲与文武官吏劝康王就帝位。
高宗即位后，看不起南仲的为人，趁他请求罢贬他为观文殿大学士、提举杭州洞霄宫。延禧以龙图阁直学士知宣州。不久有人上言指责他误国的罪行，诏令降去他的学士职务，延禧也被免职。不久责令南仲在临江军居住。御史中丞张贗又上言：“南仲迫使李纲前去救河东，以致军队溃败，实是不恤国事，用来报私仇。”高宗说：“南仲耽误国家大事，天下共知，我曾想亲手用剑杀了他。”下令把他降贬为别驾，安置在南雄，走到吉州死去。建炎四年(1130)，追复为观文殿大学士。