十月初三日（丁酉），浦霖奏言：川兵赴闽，自湖北荆州顺流前进，应由湖南巴陵县经过，臣先经饬令地方官将一切官兵食用薪蔬等物，宽为预备，随到随即应付，不令兵丁一人上岸，以免耽延，并可无虞滋事。并饬委署岳州府李之栻、署岳州城守营参将伊灵阿督率文武各员，分驻沿江，往来照料。兹于九月十七日全数出境。成都将军鄂辉亦于是日督押末起兵船，昼夜前进，并无停留，兵丁等亦极为安静。奏入，报闻。
初四日（戊戌），福康安奏言：自入闽省以来，沿途不见柴大纪文报，知诸罗受困更为危急。及阅看恒瑞奏稿，所带赴援之兵，于二十五日行至盐水港，不能前进，尚未与柴大纪会合。而常青株守府城营盘，南路贼匪仍行四出攻扰。臣沿途细加探访，虽传闻之辞不一，大约南北两路官兵，仅可支持防守，至今尚未得手。臣于十七日驰抵厦门，晤见李侍尧询以贼匪情形，亦言近日屡接台湾各官禀报，贼势似更猖獗，将各禀与臣阅看。内臬司李永祺禀称：府城周围十里之村庄，尽被胁从，不惟诸罗受困，即郡城亦在围中。郡城兵丁，除拨往诸罗七千名外，其余呈报病故者，殆无虚日；现在卧病者，尚有一千数百名，兵势日益馁怯。南潭贼匪，距城甚近，其地附近大穆降、茑松、冈山等庄，皆系贼匪聚处，此时郡城甚为可虑。又永福等禀称：诸罗城西十里，地名汤元店，贼匪众多，历次赴援之兵，皆于此处被截。今蔡攀龙等救援诸罗，会同游击杨起麟等前进，行至该处亦被贼人阻截，惟蔡攀龙、孙全谋、邱能成带兵七百名到县，其余多有损失。副将贵林、游击杨起麟等，闻已被害。附近盐水港之树林头、鹿仔草、新店等处，于二十六、二十八、二十九等日，已被贼匪抢占，盐水港庄民，大半从贼各等语。臣查各员所禀鹿仔草等处被贼占据及将弁兵丁损失各情节，俱系巡检邵宗尧禀报之词，或系该员等张大其词，亦未可定，必须亲至该处目击情形，方可相机筹办。窃思台湾贼匪，原系乌合之众，易聚易散，但该将军等调度失宜，官兵多有损失，贼势固结蔓延，日肆猖獗。而该将军等节次奏报之折，仅以支持堵御情节，敷衍塞责，而于贼匪出没屯聚实在情形，及官兵打仗损失之数，并未详悉陈明，一味支吾掩饰，以致久未蒇功。现在台湾地方，据臣所闻，自凤山以至彰化要隘处所，多被贼匪占据，道路梗塞；近山一带，如布袋尾、双口坑、大穆降、九芎林、头湖、二湖、三湖，皆系贼巢。是以南北两路贼匪，处处相通，而官兵各守一方，相距辽远，声势转不能联络。且进兵道路窄狭，数人不能并行，贼匪潜伏道旁、庄内，俟我兵经过，行至半途，即突出从中抄截。领兵将弁不知探明路径，设法防备，以至累中贼匪狡计 。即奋勇如蔡攀龙，救援诸罗亦不能全师直抵县城，是其明验。看来，贼匪不过鬼蜮伎俩，惯以中途邀截，若我兵探视贼踪所至，沿途搜捕，连得数次胜仗，其技立穷。无如自用兵以来，办理不合机宜，益长贼人之智，全郡官弁兵丁，俱不免心怀惶惧。现在鹿仔港一带，蓝元枚已经病故，贼人闻知，必致乘虚窥伺。该处止有普吉保、李化龙在彼，臣若遥揣情形，指示一切，又恐与该处形势不尽符合，惟有速渡鹿仔港，立定主见，以镇人心，而壮军威。臣前于途次，已飞檄各营严切晓谕，申明军纪，尽改委靡之习。一到鹿仔港，即选择勇往弁兵，激励出力义民，相度地势，整兵奋勇前进，务将贼匪屯聚相联之处，并力截断，痛加剿杀，使其首尾不能相顾。官兵所过之地，不致旋通旋塞。即当酌量情形，或带兵直抵诸罗，或进逼大里杙贼巢，则诸罗之围不攻自解。要领既得，乘胜直前，虽贼匪众多，无难克期歼灭。至臣前赴鹿仔港，本应由蚶江配渡，闻李侍尧所备船只、马匹、帐房等项，先已齐集厦门，若复调往蚶江，转稽时日，厦门至鹿仔港，海道本属相通，自应即由厦门前往，以期迅速。惟现在飓风频作，连日不止，兹已于十九日拜折后登舟，即在大担门候风。一俟风信稍顺，即刻放洋径渡。此时仍声言由鹿耳门前进，临时再谕知船户，令其前赴鹿仔港，使贼匪猝不及防，亦声东击西之一法。贼巢，则诸罗之围不攻自解。要领既得，乘胜直前，虽贼匪众多，无难克期歼灭。至臣前赴鹿仔港，本应由蚶江配渡，闻李侍尧所备船只、马匹、帐房等项，先已齐集厦门，若复调往蚶江，转稽时日，厦门至鹿仔港，海道本属相通，自应即由厦门前往，以期迅速。惟现在飓风频作，连日不止，兹已于十九日拜折后登舟，即在大担门候风。一俟风信稍顺，即刻放洋径渡。此时仍声言由鹿耳门前进，临时再谕知船户，令其前赴鹿仔港，使贼匪猝不及防，亦声东击西之一法。贼巢，则诸罗之围不攻自解。要领既得，乘胜直前，虽贼匪众多，无难克期歼灭。至臣前赴鹿仔港，本应由蚶江配渡，闻李侍尧所备船只、马匹、帐房等项，先已齐集厦门，若复调往蚶江，转稽时日，厦门至鹿仔港，海道本属相通，自应即由厦门前往，以期迅速。惟现在飓风频作，连日不止，兹已于十九日拜折后登舟，即在大担门候风。一俟风信稍顺，即刻放洋径渡。此时仍声言由鹿耳门前进，临时再谕知船户，令其前赴鹿仔港，使贼匪猝不及防，亦声东击西之一法。
同日，李侍尧奏言：闽省办理军需，除节次解往台湾南北各路军营一百五十余万两外，其内地办理兵差夫船各价，及一切制备军装、借给官兵俸饷等项，支用亦多；宁可宽为备办，恳再拨银二、三百万两，以备接济。至本省岁需官兵俸饷等项一百四十万余两，藩库亦属不敷，据布政使觉罗伍拉纳详请于盐道库内拨银四十万两，以供支放，似亦应照详动拨。再鹿仔港所运粮饷、铅药等项，本俱充足，今更当源源运送，务期宽裕。惟是该处粮饷，向来祗系同知等官办理，今将军、参赞等全向此路，将来续调之川、黔兵到来，亦俱由此进剿，则粮饷不可无大员经理，臣拟即檄臬司李永祺，由海道前赴鹿仔港。但据福康安告称，此时尚声言由鹿耳门前进，臣俟福康安开洋后，再饬知该臬司前往，仍须慎密，不可稍露端倪。其府城，有永福、杨廷理等料理，亦可不致有误。惟官兵屡次赴援诸罗之后，该处存兵又稍觉单薄。查臣所派赴援盐水港之兵三千名，已先有一半放洋，其续到之一千五百名，现在总兵郑国卿带领，尚在厦门守风。臣与福康安面商，将此一千五百兵，仍赴常青处协助，则南路兵力亦益厚集，足资剿杀。均奏入。
上命军机大臣传谕福康安、常青、恒瑞、柴大纪、李侍尧、孙士毅曰：福康安所奏台湾府城，贼匪现在窥伺一节，俱系地方官禀报之语。但，前此蔡攀龙带兵援应诸罗时，先据地方官禀报，已将道路打通，直抵诸罗，复自城内杀出；而续据恒瑞、李侍尧奏报，则蔡攀龙抵诸罗后，仍被贼梗阻道路，并未能出城剿杀，可见该处地方官禀报之词，好否皆未必尽系确实。惟常青处兵力虽厚，但先后派拨魏大斌、蔡攀龙等援应诸罗，已不免分势，而恒瑞又带兵三千赴盐水港，常青处现存之兵，以分而见单，所存无几，贼人乘间侵扰，亦属事之所有。常青前经具奏，亲带官兵往南潭、中洲等处搜剿贼匪，如府城附近贼势稍增，想常青自揣兵力有限，不得直前搜捕，亦断不能轻离该处。
府城，从前未添兵以前，尚能守护无虞，又有常青在彼，自当更无他虑。总须俟常青等奏到，方得的实。看来常青、柴大纪两处局面，尚能支持防守，所虑官兵或因屡有挫失，不免气馁，于剿捕未能得力。今福康安即由厦门配渡前赴鹿仔港，仍声言由鹿耳门前进，使贼匪猝不及防，所办甚好。其所称常青等调度失宜，官兵多有损失，及南北两路贼匪，处处相通，而我兵相距辽远，声势不能联络各情节，实为切中肯綮。福康安于抵鹿仔港，振作士气，镇定人心，探视贼踪所至，沿途搜剿，实为此时要着。至贼人狡猾伎俩，往往于官兵过后，阻截道路，今福康安拟将贼匪屯聚相联之处，并力截断，使其首尾不能相顾，是即因贼人之巧计，用以攻贼，俾官兵所过之地，不致旋通旋塞，深合机要。此事初起时，若早派福康安前往督办，自早已蒇功。乃黄仕简、任承恩贻误于前，而常青等又茫无把握，以致旷日持久，尚未办理完结，朕悔之无及。今福康安到彼，声威壮盛，又有巴图鲁侍卫章京等百余人，带领已到蓄锐之兵进剿。且续调之屯练二千、黔兵二千，广西兵三千、约计十月底俱可到齐。此项兵丁内，川、黔两省兵最为趫捷，临山陟崄，骁健可用。虽广西之兵稍逊于此二省之兵，亦于南方潮溽之地，水土相宜，尚可期得力。又李侍尧赴盐水港兵三千名，今据奏已先有一半放洋，其一千五百名，现经总兵郑国卿带领候风过渡。合之常青、恒瑞、柴大纪、普吉保等所带之兵，统计不下五、六万，是先后派调之兵为数已多，加以府城及鹿仔港招集义民，自足敷剿捕之用。况我朝定鼎之后，止用满洲劲旅，所向克捷，无不以少击众，戡定海内，奄有万方。谅此等么■〈麻上骨下〉草窃，即云为数稍多，祗不过一时乌合，以现在如许多兵统领进剿，岂尚有不敷；即云遍地皆贼，断无须一兵抵一贼之理。福康安惟当督率将弁，奋勇前进，勉图奏绩。前经降旨令李侍尧、孙士毅于福建漳、泉及广东潮州等处，添募官兵，以备调遣，该督等竟当广为招募。粤东与福建境壤毗连，设遇有拨调，可就近派往。而附近游手无籍之民甚多，令其食粮充伍，既可安戢地方，又可豫备调拨。福康安察看情形，若剿捕贼匪实有必须再行添调之处 ，闽省、粤东之兵，不妨一面奏闻，一面即就近拨调，以期应手。福康安计出万全，上天必垂嘉佑。惟福康安折内所称沿途搜剿一节，贼匪到处屯聚，所过村庄，民人多被迫胁。今福康安统兵进剿，其经过地方，固应乘势扫除，不使于官兵过后潜出滋扰，但所过村庄，若悉行歼戮，恐一处被官兵剿洗，而他处闻风畏惧，转为贼拒敌，是驱使从贼，转坚其助逆之心。若不留心防范，而于所过村庄听其聚处，又恐奸猾之徒，于官兵过后，生心梗阻，致为肘腋之患。福康安务须随时体访，加意密防，使良善得安其心，而奸宄无由逞其伎俩，此为最要。再如鹿仔草等处，本系杨起麟、邱能成在彼驻守，嗣因调往援应诸罗，致该处兵单，为贼所据。福康安统兵前进，所过之处，其原派驻守官兵，不可轻易撤调。即鹿仔港，亦应遵照昨降谕旨，于普吉保、李化龙二人内，酌留一人驻守，以免疏虞。至京营劲旅，朕非靳于调拨，推念自京至闽，道里遥远。即如川黔等调派之兵，到彼尚须时日，若调动京兵，更属缓不济急，兼恐有骇听闻。且各省官兵到台湾后，尚因彼处气候、水土不能服习多有染患疾病者，若京兵到彼，更不相宜。即派往，亦恐用非所长，不能得力，是以不复调遣。福康安意以为何如？至贵林、杨起麟二人，是否实系阵亡？着即行查明速奏。。至京营劲旅，朕非靳于调拨，推念自京至闽，道里遥远。即如川黔等调派之兵，到彼尚须时日，若调动京兵，更属缓不济急，兼恐有骇听闻。且各省官兵到台湾后，尚因彼处气候、水土不能服习多有染患疾病者，若京兵到彼，更不相宜。即派往，亦恐用非所长，不能得力，是以不复调遣。福康安意以为何如？至贵林、杨起麟二人，是否实系阵亡？着即行查明速奏。。至京营劲旅，朕非靳于调拨，推念自京至闽，道里遥远。即如川黔等调派之兵，到彼尚须时日，若调动京兵，更属缓不济急，兼恐有骇听闻。且各省官兵到台湾后，尚因彼处气候、水土不能服习多有染患疾病者，若京兵到彼，更不相宜。即派往，亦恐用非所长，不能得力，是以不复调遣。福康安意以为何如？至贵林、杨起麟二人，是否实系阵亡？着即行查明速奏。
上命军机大臣传谕李侍尧曰：前因贼首林爽文纠众谋逆，罪大恶极，该犯系漳州人，其祖坟自必近在漳州一带。早经降旨令李侍尧密委妥员，将林爽文祖坟先行刨挖，剉骨扬灰，以损贼势。今月余尚未据该督覆奏。着传谕李侍尧，将于何日查明林爽文祖坟处所及如何办理之处，迅速覆奏。
上又谕内阁曰：成都将军鄂辉，现在带领四川屯练兵丁赴台湾剿捕贼匪。鄂辉久历行阵，于军旅较为谙习，亦着授为参赞，协同福康安悉心筹办进剿，以期迅奏肤功。
上又谕内阁曰：现在台湾剿捕逆匪尚未竣事，所有军需等项动用较多，着该部于邻近福建各省分酌拨银三百万两，令该督抚派委妥员，迅速解往闽省备用。
同日，何裕城奏言：川省屯练降番兵二千名，先经副将那苏图带领头起兵五百名，于九月十八日抵江西九江府境，当即起程前进。兹松潘镇臣穆克登阿带领二起五百名，于二十一日抵九江境，即于次早起程前进；成都将军鄂辉带领三起五百名，于二十四日抵境，亦于次早起程；副将张芝元带领四起五百名及额外多带降番三十一名，于二十六日抵境，亦即于次早起程，并由南康、南昌、饶州、广信等府前进。经臣每起于例给口粮、盐菜之外，量给食物钱文，分别犒劳。该屯番等赶紧行程，甚属踊跃，亦极安静。臣仍飞饬臬司额勒春，于南昌省城上船处督率照料，并饬藩司李承邺，于铅山县过岭出境处，亲为妥协经理。再湖北省协济闽米十万石，分作四起，由江西五福地方起岸转运。其头、二起米五万石，先已入境换船前进。今三、四起米五万石，亦于九月十五、十九等日，先后抵江西九江府境。臣派员协同各地方官，护送趱催，行抵鄱阳湖口，一俟风顺，立即渡湖换船前进，不致少有迟误。奏入。
上命军机大臣传谕孙士毅、孙永清、李庆棻曰：广西、贵州兵丁，前据孙永清、李庆棻奏，已于九月初九、十六等日，全数出境，谅日内自可陆续趱发。已节经降旨，催令遄行。现在福康安已抵厦门配渡，亟须官兵接济，合力攻剿，着沿途各督抚于前项官兵抵境，务须妥为照料，趱程前进，愈速愈妙。
初七日（辛丑），福康安、海兰察同奏言：登舟数日，风信靡常，现在大担门守候。日内若得旁面稍顺之风，可以折戗行走，即令开驾放洋。再，台湾各处义民随营打仗，接济诸罗粮食，最为急公出力。兹赏给义民头目官职，并将乾隆五十三年应征钱粮，通行蠲免。现已发给厦门道厅等，刊刻誊黄，送至舟中，一经登岸，即于南北两路普行张挂。并一面出示剀切晓谕，被胁民人亦必闻风投出。现在调派漳州兵丁二千名，与贼匪同乡，多言其不可深信。然此时祗可分派各营、各队严加约束，仍不可稍露端倪。至义民人数众多，难保无贼人混入其中，亦当责成义民头目，实力查察。奏入。
上命军机大臣传谕福康安、常青、海兰察、李侍尧曰：海面九月内风色不正，此原不可过于焦急、轻易冒险，但十月向系平顺易渡。福康安于九月十九日在厦门登舟，候风过渡，计此时早交十月，想已得有顺风，久经放洋，前抵鹿仔港矣。台湾剿捕贼匪，前后派调官兵不为不多，而常青等运筹调度不能得有把握，以致东派西拨，兵力见单，贼势尚在各路滋扰。幸而朕先事豫筹，早经降旨将四川屯练及贵州、广西兵，豫为调度。此时台湾各路之兵，未免因日久稍疲，而新调川、黔、广西之兵，皆系生力，待其接续前到，正资剿捕之用。此刻，虽因守风稍为稽待，然自此兵威壮盛，机宜凑合，未始非成功先兆。福康安于此时，转不必过于焦急，轻易涉险也。李侍尧派令郑国卿带往本省兵三千名，亦在大担候风，自即与福康安一同渡洋。此内一千五百名，前据李侍尧奏，拟拨常青处。此时福康安到鹿仔港后，即日相机进剿，其郑国卿所带兵三千名，竟可全数俱赴鹿仔港，不必拨往南路，更为壮盛。再七月间曾据常青奏，游击黄鸣凤带领弁兵、义民，在鹿耳门洋面巡缉，了见贼船八只，随率兵民追捕，杀贼二十二人，余匪逃窜，贼船、贼寮尽被焚烧等语，曾谕令常青等，于各隘口分派员弁实力巡查，严密防范。何以前此贼匪潜出滋扰时，当被巡缉官兵即时追补剿杀，而近日鹿仔草一带近海口岸，转被贼匪肆出骚扰，焚抢屯占，并不能随时剿捕？着福康安到彼后，严饬沿海各隘口官弁、兵丁等，务须梭织巡逻，认真查缉，毋使贼匪得以乘间滋扰，劫夺船只。至普吉保前奏俟李化龙抵鹿仔港后，即亲带官兵进击西螺、斗六门，正欲观其后效，乃距今已阅两旬，其如何进兵攻击，及西螺一带曾否打通道路接应诸罗之处，并未据有续奏。或又系因风阻，亦未可定。普吉保在彼带兵，是否实能奋勇出力？着福康安秉公查明，据实覆奏。人才难得，福康安亦不必因有前旨，豫存成见。
同日，阿桂奏言：福康安进攻大里杙，不特廓清道路、攻围贼巢须用多兵，即留防后路，以及沿途护送粮饷、火药等项，在在咸资兵力。且福康安与海兰察等久历戎行，声威素着，非常青等可比，必得一临其地，每战必克，所向披靡，方足以寒贼胆而整军威。若急于前进，设未能长驱直入，途次稍有濡迟，不副众望，所关匪细。台湾节次调往之兵虽已不少，但分路剿捕及派拨防堵，势已见单。且其中亦少可用之兵，而鹿仔港原驻兵力，又不及府城。至义民、熟番等，各护其身家，大约以之守御则可，资其力以之攻剿，则但能助势。即如剿贼以来，义民、乡勇到处打仗，伤亡俱较兵丁甚少，于此可见。徐鼎士带兵不过二千余名，即由大甲溪进剿，恐亦难深恃。计福康安到厦门蚶江一带，当在九月二十左右，台湾每年九月、向多飓风，难于配渡。若福康安略需等候放洋，则现调之屯练降番与黔省兵丁随后可到，福康安亲带前往，声势较壮。若福康安到厦门蚶江一带，即扬帆径渡，似宜就该处现有兵力，先于诸罗、盐水港等处剿杀匪党，廓清后路，俟屯练降番与黔兵到齐，兵力稍充，整顿前进时，再饬知徐鼎士由大甲溪克期夹攻，庶捣穴擒渠，可以得手。就臣愚见，台湾现在剿贼，必得可用之兵二万，专为捣穴擒渠之用，办理方有把握。福康安到彼，如原有及现调各兵足敷攻剿，自不肯再请添调。傥兵力尚不敷用，仍需奏请添调湖广兵丁，或竟于原备楚兵之外，尚需续添黔兵数千，仰恳皇上俯从准其调用，并饬遄进。缘台湾炎热雨湿，官兵速到，总得于春令完事，则办理不致棘手。奏入，报闻。