六月初八日（己亥），上谕内阁曰：知府杨廷理、总兵丁朝雄，俱得受海口出入船户陋规银两，经军机大臣等议覆，发往新疆及军台效力，固属罪所应得。第念杨廷理所得陋规，系同知任内之事，为数无多；且逆匪滋事之初，首先招集义民，守城打仗，保护无虞。大兵进剿时，复带领义民至军营随同打仗，始终出力。丁朝雄在省闻逆匪滋事，即赶回台湾督兵剿捕；复进攻南路，收复东港，以通运米来郡之路。节次打仗御贼，甚为勇往出力。杨廷理、丁朝雄，俱着加恩改为革职，从宽留任八年，无过方准开复。其所得陋规，仍着杨廷理照数二十倍罚出；丁朝雄照数十倍罚出，以示惩儆。至拟发新疆之游击李隆、守备曾绍龙、把总吴亮；拟发军台之守备王天植，或得受海口船户陋规，或得受兵丁包差开赌钱文，或馈送柴大纪夫价及生日节礼，俱有应得之罪。但李隆、曾绍龙、吴亮、守御府城外营盘，复往南路追剿贼匪，均属奋勉。王天植于逆匪攻扰府城时，悉力堵御，并令伊子王阳春招集义民剿捕，遇贼阵亡，情尤可悯。李隆、曾绍龙、吴亮、王天植，亦俱着加恩改为革职，从宽留任十年，无过方准开复。李隆、曾绍龙所得陋规银两，仍着查明，按数追赔。至总兵陆廷柱、参将宋鼎，俱属大员。陆廷柱虽在任未久，南澳又相距不远，而于柴大纪种种劣迹，并不据实揭参；宋鼎于所属千、把总，得受兵丁包差开赌钱文，毫无觉察；罪有应得。且未据福康安声明奏请，可见该二员在军营不过随众同行，并无奋勉出力之处。陆廷柱、宋鼎，俱着降级调用。朕于诸臣功罪办理，务期酌其平，固不能因其功而宥其罪，亦不忍因其罪而没其功；总期斟酌归于至当，从无畸轻畸重之见也。
十三日（甲辰），上谕内阁曰：愽斌等随福康安剿捕逆匪，俱能奋勇出力；或于北口堵截擒杀匪众，或于南路搜拿首逆，各着劳绩，甚属可嘉！愽斌、阿木勒塔、哲克、翁果尔海、德楞泰萨克、丹布塞凌额、西津泰、特尔敦彻，俱着加恩交该部查核伊等所得功牌，酌予世职。又官兵直抵琅峤时，乌什哈达带领水师兵丁，顺风连樯而至，四面合围，水陆并进，俾庄大田得以即时擒获，亦属勇往可嘉！且前在云南打仗时，甚为奋勉。乌什哈达亦着一并交部查照功牌，议给世职。
上又命军机大臣传谕福康安、李侍尧、徐嗣曾曰：前因台湾兵丁籍隶漳、泉者居多，今于分班轮换时，将漳、泉兵丁分驻防守，以便彼此互相纠察。而他府之兵与之错处，于抚绥防范，俱有裨益。嗣据福康安奏，已于挑补班兵时，通盘怖置，令漳、泉及他府兵丁易地驻守，并妥定章程，交普吉保照此密办。又据福康安等奏，新添戍兵一千二百名，于内地督提二标及福宁、汀州各镇标，酌量抽拨。将来台湾之兵籍隶漳、泉者，较前渐少，自更易于查察。但恐日久废弛，不能遵照妥办，着责成每年前往巡查之将军、督抚、提督等，实力稽查，勿任漳、泉之兵，仍在原籍各村庄一带防守聚处，弊混滋事。至福康安等所奏军营余剩铅药，派营分贮之处，所办均为妥协，即照所奏办理。其磺筋一项，既查明上杭县地方所产已敷各营军火之用，则台湾淡水磺山，自不必复行开采。现经福康安等严行封禁。但恐该处仍有私行偷采及官吏等庇纵透漏情事，并责成巡查之将军、督抚等，一体严查。如有似此情弊，即行参奏治罪。又，元克中、马腾蛟，俱着准其送部引见。着李侍尧即将闽省是否尚需该员等差遣之处，据实具奏，候朕临期酌降谕旨。
十六日（丁未），上命军机大臣传谕李世杰曰：从前川省■〈口固〉噜匪犯，经大加惩治，始行安静畏法。时查办■〈口固〉噜时，并未闻该处有「天地会」名目。然既有此供，且指出系朱姓、李姓所传，未可因年分久远，且无实在下落，遂置之不问；自宜一体严密查办，以绝根株。但川省自■〈口固〉噜畏法后，地方久经宁谧，着李世杰查办此案止宜不动声色，饬属密加查访。如有踪迹即行严拿，务获究办。但不可遍贴告示及派胥役人等到处搜访，俾胥役得借端需索，良民惊扰不安，以致别生事端；则是欲净根株，而又滋萌蘖也。李世杰系晓事之人，自能善体朕意，严密留心。
上又命军机大臣传谕李侍尧、孙士毅曰：前据福康安拿获严烟后，讯据供出张姓绰号破脸狗、并自粤至闽传会之赵明德等，一面具奏，一面飞咨闽、粤二省查拿。嗣据李侍尧将张破脸狗拿获，供有广东大埔县人赵明德、陈丕、陈栋三人。亦飞咨孙士毅严密查拿。计此时，孙士毅自早已接准福康安、李侍尧咨会，且屡经降旨饬拿，何以总未据奏及？且赵明德等三犯，经张破脸狗供出年、貌、住址，更无难按名缉捕。着孙士毅即将赵明德等三犯，现在曾否就获之处，迅速具奏。又严烟传习「天地会」，据该犯供称，实得自陈彪；并供陈彪四十八年尚在漳州行医；又万和尚俗名涂喜，在广东传教。虽严烟坚供不知该二犯住址下落，但所供必非无因，自必尚在闽、粤一带藏匿。并着李侍尧、孙士毅再行饬属妥密缉拿务获。奸民借端煽惑、聚众结盟，原应彻底究办。但地方各官、如果平日实力查办，何至邪教蔓延！外省恶习，往往无事之时，即因循玩误，姑息养奸；及一经查究，即又奉行不善，辄遍贴告示，多派胥役到处搜查，借端滋扰。台湾贼匪甫经平定，内地及邻省一带民情宁谧，若复因查拿会匪，或致滋扰生事，更属不成事体。李侍尧、孙士毅俱系晓事之人，俱不动声色，严密查拿。先将首先传会之人，如赵明德、陈丕、陈栋、陈彪、涂喜者，拿获审明，从重办理。其余有犯必惩，以期净绝根株，方为妥善。断不可过事苛求，迹涉张皇，令胥役借词扰累，别滋事端。
十七日（戊申），孙士毅奏言：接李侍尧咨，拿获「天地会」内严烟供出之张破脸狗，供有广东人赵明德、陈丕、陈栋三人，曾到该犯家内劝令入会。赵明德系潮州府大埔县人，在东门外下寮乡住，年约五十余岁。陈丕、陈栋亦系大埔人，俱约三、四十岁。当即派员前往大埔查拿，并无下寮乡村名，亦无赵姓烟户。惟保安甲有赵姓兄弟三人，出外十余年未归，名字既不相同，且与破脸狗四十六、八两年仍回广东之供，亦不相合。至陈丕、陈栋二犯，遍查通县城乡各处，亦实无其人。奏入。
上命军机大臣传谕李侍尧、图萨布曰：赵明德等三犯，前据张破脸狗在闽供出，曾到伊家劝令入会，俱系大埔县人；且将赵明德住址供出，自系实有其人，必非信口妄供者。何以孙士毅派员查拿，又属毫无综迹？非张破脸狗所供住址未确，即系该地方官搜查未到所致。着李侍尧即派委从前承审之员，将张破脸狗小心解赴广东。现在孙士毅已另有旨令前赴粤西查办安南内讧之事，着即将此案交与图萨布，令其将张破脸狗详悉跟究，务将赵明德、陈丕、陈栋等犯实在下落究出，严拿务获，毋致要犯得以漏网。如实无该犯等下落，亦即将张破脸狗从前因何供出赵明德等犯，及该犯等现在何地藏匿之处，详悉讯明，具奏。
上又命军机大臣传谕福康安曰：前因台湾总兵缺出，一时不得其人，普吉保在彼带兵剿贼尚为奋勉，是以福康安奏请就近调用，当经准行。今台湾剿捕事宜虽已完竣，而善后各事在在需人料理；且该处当柴大纪等贪黩营私之后，诸务废弛，尤资干员整顿。普吉保系白衣保之子，洊擢总兵，使之带兵打仗尚能得力；其于外省地方情形，本未谙习，恐于海疆要缺，人地不甚相宜。计福康安于五月二十五日由泉州起身，此时谅已过浙。着再行酌量，如普吉保竟能胜台湾总兵之任，自无庸更调；若普吉保不能胜任，即于此次带兵各总兵或素所深知之总兵内，择其才具堪以胜任者，酌选一员，据实奏闻，候朕降旨简调。又思衮州总兵柯藩，此人或可用。福康安于过衮州，留心看此人可用否？再，福建水陆两提督员缺，亦属紧要。陆路所辖，多系腹并地方，梁朝桂或尚能办理。其水师员缺所辖，皆系外洋地方，责任尤重。而现任提督蔡攀龙，询之由军营回京大臣侍卫等，佥称其人平庸。福康安前亦奏其未能胜任。若令其久任海疆，恐有贻误。朕意陕甘二提督哈当阿、苏灵，俱尚能事。近来甘省地方宁谧，蔡攀龙至彼，尚可将就胜任。并着福康安于哈当阿、苏灵二人内，量其才具，孰与福建水师员缺相宜者，即奏闻调补。或此外福康安尚有知其才具堪以调用之人，亦即据实具奏，候朕简调。庶于海疆重任，足资整理。
十八日（己酉），上谕内阁曰：台湾甫经平定，一切抚绥善后事宜，正资整饬。普吉保带兵打仗，虽尚为奋勉，恐于海疆要缺，究属人地未宜。因思奎林前在伊犁所处人犯，本系有罪之人；其获咎尚非贪脏玩法难于原宥者可比。且伊曾经委任久历戎行，人亦体面。台湾正当需人镇抚整饬之际，不妨弃瑕录用。所有台湾镇总兵员缺，着加恩将奎林补授；并着即驰驿前往。奎林当即倍加感激朕恩，力图报效。普吉保即着留于福建，遇有相当总兵缺出，再行补授。
上又命军机大臣传谕福康安曰：昨因台湾总兵员缺紧要，因思奎林人尚体面，且曾任都统将军，久历戎行，威名已着。台湾民风刁悍，又值柴大纪贪纵废弛之后，正借其体面风励，方能整顿。是现在简用台湾总兵，朕思无有过于奎林者。奎林系福康安之兄，想福康安亦必不敢将伊保奏。是以业经明降谕旨即将奎林补放，并令驰驿速赴新任。福康安现已起身前来热河复命，途次遇见奎林时，可将台湾地方情形及善后各事宜，详细向奎林告知，令其到彼实力妥办。至水师提督员缺，仍着福康安于哈当阿、苏灵及素所稔知之提督内，酌量一员，奏请对调。再据德成奏，梁朝桂才具亦属中平，打仗懦怯。其于闽省提督能否胜任，应否亦需简调何人之处？并着福康安一并据实覆奏。
二十日（辛亥），永庆奏言：派往台湾协剿之杭州乍浦驻防满兵，回至福建地方，内有瑚图灵阿等五名，欲雇轿乘坐，恐中途抬夫脱逃，不能行走，遂私自坐船。至青龙滩地方，遭风打坏船只，淹毙人口。奏入。
上谕内阁曰：满汉兵丁，遇有征调剿捕之事，于车辆可通处所，尚可准其更替合坐，以省足力。若遇山路崎岖，车辆不能前进，祗应将军装行李一切雇人抬送，本人即当步行，正可借此习劳。其或一水之便，船只可通，亦必须所调之兵，普律下船，方可准其乘坐。若中途私约数人，各自下船，已属非是；何得复思雇轿乘坐？如兵丁可以乘轿、坐兜，则所调之兵一千，即须预备抬夫二千名。况驻防兵丁出征，向俱带有跟役，设跟役等亦用轿、兜，所需抬夫又当再加一倍。且满兵既可用轿、兜，则绿营及屯练各兵，又安能禁其不一体乘用？兵贵习劳，以不能登涉之兵，尚望其冲险长驱破贼，有是理乎？此次台湾剿捕贼匪，檄调各省之兵不下五万，岂不竟需雇夫十万，以为应付过兵之用，有是理乎？从前西北两路以及大、小金川用兵时，从未闻有此事。此必该省地方官违例应付，以为将来开销地步；亦未必如数预备，不过以备有轿伕一项，事后即可借此多为冒销之计耳。永庆交部严加议处。并着李侍尧、琅玕，即将该兵丁等过境时，作何应付及因何备有兵丁等乘坐之轿，是否地方官借端开销之处，查明据实具奏。至内地用兵口粮盐菜以及运送粮饷火药等项，业定有军需则例。而兵丁等沿途行走，于水陆地方如何给与舟车，及舟车不通之处，除兵丁本身令其行走外，其抬运军装行李等项，每兵几名准给人夫几名，未经列入。此次闽省违例应付，未必不因例无明文，遂思从中浮冒。现在大功虽已告蒇，但兵可百年不用，不可一日无备，着户兵二部即详悉妥议具奏，添入行兵事例。
二十一日（壬午），上命军机大臣传谕李侍尧曰：昨据德成奏：『闽省械斗之风尤炽。虽内地到处皆有，不特台湾为然。而械斗之案，往往纠集匪众，先议出抵偿之人，许于事后，代为养赡家口，并设牌供献。以致贫民贪利，虽死不顾；而奸徒恃有人代抵，遂赴各村庄肆凶攒殴，伤毙多命。甚至放火抢劫，无所不为。及经到官，即有私相议抵之人出头承认。既非主谋，又非正凶，不过按数抵偿。而地方官因见人众，于斗殴之始，固不敢过问；迨至毙命，又以有人认偿，即将就完结，不加深究。致奸民罔知忌惮，日甚一日，应严加惩创、禁止』等语。械斗之风，虽由闽省民情慓悍，但究系地方官办理不善所致。若果地方官听讼公明，遇有鼠牙细故，即立予剖断，何致人民逞忿私相争斗？即或有桀骜之驯不辈，斗殴毙命，亦无难立究正凶，按律定拟，何得任其私相议抵。乃该省地方官向来因循玩愒，于百姓讼案，并不代为秉公速审，致小民无从诉其曲直，积忿私斗。而案情略大，该地方官又思回护处分，化大为小，遂至奸徒无所惩创，罔知法纪。亟应趁此兵威之后，遇案严办，庶械斗之风可期渐息。若复稍事姑息，则刁风日长，虽法令亦无从禁止，势必又生事端，尚复成何事体。闽省系海疆，内地与台湾均属紧要；着传谕李侍尧务宜不时查察，实力整顿。如再有械斗之案，务饬究出主谋正凶，并顶凶之犯，一并尽法处治。其地方官员，有仍前掩匿讳饰者，立即从严参究。并于奎林行抵泉州时，详细告知，令其到彼加意妥办，俾械斗之风永行断绝，方为妥善。
二十三日（甲寅），上谕内阁曰：前因台湾地方，经柴大纪等贪纵废弛之后，百弊丛生，特谕令福康安于剿捕完竣后，将善后各事宜详悉妥议具奏。嗣据福康安等议定，共十六条。立法固已周密，若该处文武员弁果能实力奉行，原可永远无弊。但有治法无治人，恐日久复视为具文；或竟阳奉阴违，则虽多立科条，仍属空言无益。在台湾之文武各员，务当敬谨遵循，力除积习，以饬营伍，而靖海疆。至闽省民风刁悍，盗劫频闻，是以降旨：凡遇该省海洋盗案，应俟两年后盗风稍戢，再照旧例分别声请。昨据德成奏，福建内地以及台湾械斗之风尤炽，已有旨令李侍尧当遇案严办。是此等愍不畏死之徒，恐非一、二年即能悛革，所有闽省海洋盗案并械斗之案，俱着照新例严办。俟三年之后如果人知畏法，该督抚等再行奏闻，照旧办理，以期辟以止辟。昨因台湾总兵员缺紧要，已将奎林补放。朕之所以简用奎林者，原令其前往实力整顿，俾该处营务、吏治，均有起色。奎林行抵泉州，李待尧可即将应办诸务，详悉转传，令其到彼后，恪遵妥办，毋负委任。至前降谕旨，令于督抚、将军内，每年轮派一员前往台湾巡查，亦恐该镇、道等扶同徇隐，故智复萌；有将军、督抚等前往，层层稽察，庶共知儆惕。若该处总兵皆如奎林之足资委用，原不必又令督抚等前往，多此一番跋涉。但奎林亦不能久在该处，设有升调等事，而接任者一时不能得人，难保其不至贻误；自应仍责成巡查之将军、督抚，方为周密。乃昨据德成奏，不如但令将军、提督前往，督抚似可不必等语。其意必以将军、提督与地方无统辖之责，前往台湾，尚不至有需索供应情事。若督抚前往，则各州县备办供顿应酬及家人胥役需索门包，所费又复不赀。即如从前富勒浑纵容家人殷士俊、李世荣沿途任意勒索，是其明证。无怪德成之有此奏。朕令该督抚等前往巡查，原为稽察奸弊起见，若该督抚等复纵令家人长随胥吏等，借端需索，是未受其益，而先受其害，更不成事体。着传谕该督抚等，嗣后于前往台湾巡查时，务宜严禁从役等毋得有受门包、沿途需索等事。如有明知故纵，及漫无觉察者，或经科道参奏，或经朕别有访闻，即将该督抚加倍治罪，决不宽贷。且不特台湾为然，即各省督抚于巡阅营伍、查办灾赈时，均当自行雇备夫马，毋得丝毫扰累地方。朕闻向来各省督抚内，惟李世杰、书麟于出巡时，轻骑减从，尚能不累地方。各该督抚俱受朕重恩，养廉优厚，何不以李世杰、书麟为则效，而必踵不肖督抚等之覆辙乎？况督抚之责在于察吏、安民，凡通省之利弊，属员之贤否，皆所应知。而其出巡时，所带家人长随尚不能查察，又安望其剔除弊窦、管辖如许之官吏耶？且不独督抚为然，即大臣官员等奉差出外，除应得廪给驿马之外，亦不应格外需索，扰累地方。嗣后凡属奉差出外及督抚出差者，俱应轻骑减从，并严加约束，毋任有违例骚扰之事。若有纵令勒索，毫无觉察者，一经访闻参奏，即一并从重治罪，断不为之宽贷。
七月二十一日（辛巳），上谕内阁曰：柴大纪任台湾总兵任内，任意废弛营伍，纵容兵丁等在外贸易，并婪索夫价及海口船只陋规、生日节礼，得银拔补外委等款，赃私累万盈千。迨贼匪窃发，并不即时带兵亲往扑灭，复托词回城调兵，迁延时日，以致酿成贼势。及收复嘉义县城时，又不并力追剿，与贼以暇，致贼人复得占据斗六门、大里杙等处，修筑抵御。种种遗误军机，经福康安等定拟斩决，解京办理。朕以柴大纪情罪重大，本应立正典刑。其在嘉义奏称，不忍以十数万生灵委之贼手，情愿固守之处，虽查系义兵不肯放出，皆属谎词，朕究念其尚有守城微劳，欲俟解到复讯后，加恩从宽末减，改为监候。兹据福建委员将柴大纪解到，令军机大臣会同大学士九卿覆讯。柴大纪复思狡展翻供抵赖，并供称『德成前在台湾连日审讯义民，诱令如将柴大纪赃罪指出，必有重赏，如不实说，即行治罪』等语。朕命将节次申谕福康安谕旨，令其阅看，并经朕亲行廷讯，始俯首无辞。而于认罪之下，仍思狡饰。柴大纪一案，朕专交福康安、徐嗣曾审办，德成不过系派往勘估该处城工，并无审事之责，与伊何涉？妄行攀指。柴大纪之意，不过因此事系德成前在浙省有所风闻，到京因朕询问据实奏明，始行查办。遂心怀忿恨，欲乘机将德成扳陷，伊或可希冀脱罪。奸巧之极，甚属可恶。柴大纪竟系天夺其魄，自行取死，岂可复从宽典！柴大纪着照所拟，即行处斩，以为辜恩昧良狡诈退缩者戒。
上又谕内阁曰：福建按察使员缺，着万钟杰补授。万钟杰现在台湾，该处甫经平定，一切善后事宜正须人料理，着仍留台湾道员之任，将地方诸务与奎林实力整顿。其按察使印务，着李侍尧等拣选妥协道员，奏明署理。俟二、三年后，万钟杰在彼办理诸务大有起色，该督等再行酌量请旨，候朕简放。台湾道有人，再令万钟杰赴臬司之任。
八月初十日（己亥），徐嗣曾奏言：逆犯大半系「罗汉脚」匪类，流寓在台。现按照籍贯密咨内地，查其财产、亲属，务期毋稍疏纵。又台湾吏治废弛，不能早行觉察，咎实难辞。请革职开缺。奏入。
上命军机大臣传谕李李侍尧、徐嗣曾曰：此等逆犯财产，其在台湾地方者，自应详晰查明，尽数入官，以备拨给戍兵之需；至各犯在内地所置田产，不必概行入官。所有此项内地叛产，着于各该犯族众均匀分赏，以示格外施恩，而杜争竞。并谕伊等，此系特旨加恩，嗣后倍当安分守法，勉为良善。并着李侍尧接奉此旨，先于漳、泉一带遍行晓谕，使知感激。前因台湾吏治废弛，徐嗣曾于属员收受陋规，不能及早察觉，又不自请处分，是以降旨饬询。但徐嗣曾于办理善后各事宜及清查叛产、查缉犯属等事，尚能周到。伊所请革职开缺之处，着加恩宽免。徐嗣曾益当倍加感激，诸事悉心经理、实力整顿，以期毋负朕矜全委任至意。
九月二十六日（甲申），徐嗣曾奏言：台湾内山各社生番番目等，于八月上旬陆续到郡；正值万寿庆节，即令众生番随班鞠跪。该番目等，无不以准令进京，为非常荣幸。臣就其所好，赏给布疋、盐、茶等，令其散播各社，将家属妥为安顿，赶紧制棉衣、行李等件，以资安渡远行。查台湾南、北、中三路，均有番社；此次到京者，北路则屋鳌等七社，中路则阿并山等九社、大武垅等六社，南路则傀儡山等八社。共计：生番头目四名、番目二十六名、通事四名、社丁八名。耑委在台办事之福州同知杨绍裘，带同熟悉番情之义民首张维光、叶培英、王松，沿途护送进京。义民首曾中立、黄奠邦等，同日起程，一体照料。均于八月二十八日自鹿耳门登舟，候风开驾。并将该生番等居宿饮食所宜及一切行走章程，咨会督臣饬知经过各地方，妥为预备，以利遄行。计算十二月十五日以前，总可赶赴抵京。奏入，报闻。