曾有一位哲人问他的学生：假设你不得不面临这样两种处境：一是医生认为你身患严重疾病，只有将右腿截掉才能挽救你的生命，在取得同意后准备对你实施截肢手术；二是你在航海途中遭海盗的劫持，海盗要求你交出属于别人的珍宝，在遭到拒绝后准备砍下你右手的中指。如有可能，你愿意选择哪一种？为什么？学生沉思片刻，回答说：最好是哪一种也别让我选择，因为右腿和右手的中指我都不愿失去。哲人分析说：你的回答很机智，但回避了问题。实际上，选择第一种情况意味着你失去一条腿，但你受到了医生的善待：他珍视你的生命，也尊重你的自由意愿，截肢行为的最终目的是为了让你避免更大的不幸；而如果选择第二种情况，你遭受的是小一些的损失——一根手指，但是海盗根本不把你当回事，既不尊重你的自由意志，也不顾及你的利益，砍手指行为的最终目的是获得财物，并为此不惜牺牲你应得的权利。学生恍然大悟：如此说来，第一种是可以接受的。
上述对话听起来近乎天方夜谭，但却以一种独特的方式说明了这样一个问题：在自己的权益面临威胁时，人们不仅关注自己利益被剥夺的实际结果，而且也重视自己被对待的方式：在不幸的结果确属不可避免的情况下，人们可能更加注意自己是否受到了公正、人道的对待。这一问题归结起来，也就是过程与结果、程序与实体的关系问题。
在法律制度中，程序是指按照一定的步骤、顺序和方式形成某一法律决定的过程，国家通过立法对这种过程的规范和调整即形成专门的程序法。在这里，与程序相对应的是各种法律决定——如立法机构制定和通过的法律、行政机构作出的行政处罚决定、法院作出的司法判决或裁定，甚至还包括通过选举产生的领导人或民意代表等。在这些法律决定中，可能对公民的权益造成最大威胁的是刑事法律决定，即宣布一个人为罪犯，对其科处刑罚，从而使其财产、自由、名誉甚至生命受到剥夺。为了防止这种定罪、科刑权力的滥用，国家制定实施了刑法，使官员们对公民的定罪必须符合法定的构成要件，量刑也要符合法定的刑罚种类和幅度，即所谓“法无明文规定不为罪，法无明文规定不处罚”。罪刑法定原则所体现的是一种典型的法治思想：对于官员而言，凡是法律没有授权的都是禁止的；而对于普通公民而言，凡是法律不禁止的都是允许的。这样，刑法就构成了对官员司法活动的实体性限制。但是，对于限制官员们的权力而言，仅仅有刑法是远远不够的。这不仅是因为刑法毕竟是规定罪与罚的法律，为公民的行为确立了一种外部的界限，而且更主要的是它规范的主要是官员司法活动的结果，而不是司法活动的过程。为了防止官员们在司法活动过程中不至于滥用权力，国家制定了一种程序法——刑事诉讼法。
什么是刑事诉讼？传统的观点认为，这是一种以惩罚犯罪、揭露犯罪、证明犯罪为目的的国家活动。换言之，刑事诉讼实际是国家发动的一场旨在控制、镇压犯罪的战争，战争的主导者是作为国家司法机构的公安、检察、法院，战争的打击对象是所有犯罪者。但是，既然将刑事诉讼视为一种军事战争，那么为什么不按照军事战争的要求设置其过程，而要遵从“诉讼”的要求呢？任何诉讼都要求有控诉、辩护、审判三方构成的结构，其间控诉与审判必须有主体角色上的分离，而不能集中由同一机构担当；辩护也必须强大到足以与控诉相抗衡，并制约审判的程度。这种结构设置是背离战争科学上的军事力量高度集中的规律的。事实上，如果从军事战争的角度来理解刑事诉讼，公检法的权力完全没有必要进行分工，而可以由同一机构集中行使打击权力；刑事诉讼法也完全没有必要制定，因为任何旨在确立诸如管辖分工、回避、辩护、逮捕条件、羁押期限、上诉制度的规范，无一例外地都会“捆住”公检法的手脚，使其无法随心所欲地打击犯罪，并降低刑罚本应具有的威慑力和恐吓力。
在笔者看来，对刑事诉讼可以从两个不同的角度进行认识。从刑法的角度来看，国家专门机构一旦发现犯罪发生，就要进行刑事诉讼活动，以使犯罪受到准确、及时的惩处，从而实现国家的刑罚权。在这里，先有犯罪行为，然后才有刑事诉讼活动。刑事诉讼不过是为实现国家惩治犯罪的目标而服务的，它只具有工具或手段的价值。而从刑事诉讼法的角度来看，前面所说的“犯罪”不过是一种经验上或社会层面上的犯罪，而法律意义上的犯罪本应是国家对公民实施的某一行为的权威性法律评价。因此，先有刑事诉讼活动，然后才会有犯罪的认定。未经法定的刑事诉讼程序，未经法院作出生效的司法裁判，任何人也不得被认定为罪犯。在这一意义上，刑事诉讼就对裁判结论具有独立自主的决定权，从而具有完全独立于刑法的内在价值。长期以来，中国的主流诉讼理论所坚持的就是第一种刑事诉讼观念。这种观念否定了刑事诉讼为国家法律实施活动这一根本特征，将刑事诉讼理解为经验意义上的打击犯罪和惩治犯罪活动，使得刑事诉讼带有明显的行政性治罪活动，而不具有“诉讼”的性质。笔者主张，刑事诉讼要真正走向科学化、文明化和人道化，就必须将其纳入法律的轨道，使其受到一系列的法律限制。刑法确定的诸如罪刑法定、罪刑相适应、犯罪构成、刑罚幅度、追诉时效等一系列的原则和制度，其实是在静态上对国家权力的限制。而刑事诉讼的最大功能，就是从动态的角度为国家剥夺公民的基本权益施加一系列程序方面的限制。
如此看来，将国家追究犯罪的活动纳入“诉讼”的轨道，似乎应是理解刑事诉讼的关键。如同那种以解决个人与个人之间利益争端为目的的民事诉讼，以及个人与政府机构之间利益争端的行政诉讼一样，刑事诉讼也是一种为解决利益争端而进行的国家活动，只不过这里的争讼一方为国家，另一方为个人；争讼的目的在于确定特定的个人应否承担刑事责任。国家制定刑事诉讼法的主要目的在于为个人与代表国家进行追诉的机构进行理性的对抗提供平等的机会和基本的保障。由于强大的国家与弱小的个人之间处于天然不平等状态，现代刑事诉讼法中的许多原则、规则和制度都旨在对这种不平等加以平衡，使国家追诉机构负有一些特殊的义务，如证明有罪的责任、向辩护方展示本方掌握的证据材料等；同时使处于被追诉地位的被告人享有一系列诉讼特权，如不承担证明责任、享有律师帮助的权利、上诉不加刑等。这些程序设计旨在保证被告人与国家追诉机构一起，成为诉讼的主体，而不是消极等待国家处理、被动承受国家追究的诉讼客体；同时保证追诉官员与被告人真正进行理性的对话、说服和辩论，他们除诉讼角色不同以外，没有身份上的高低贵贱之分。这样，刑事诉讼才能具有理性抗辩的性质，而不是赤裸裸的国家对个人的报复、镇压。
按照李斯特的说法，“刑法是犯罪人权利的大宪章”。但相对于刑法而言，刑事诉讼法实属“被告人权利的大宪章”，具有“小宪法”或“宪法适用法”的特征。
刑事诉讼法不仅为个人与国家进行理性对抗提供了条件，而且更是对参与诉讼的官员们的权力施加了各种限制。如果将刑法与刑事诉讼法作一对比，我们不妨将刑法视为主要是对个人进行限制的法律，要求百姓遵守刑法的目的是为了维护基本的社会秩序，防止因犯罪得不到控制而出现的无政府状态。为了保证刑法的实施，国家建立了一系列实体性制裁措施，如定罪、科处刑罚等。与此同时，刑事诉讼法尽管也规定了诉讼参与人所应承担的义务，但它更主要的是对官员权力进行限制的法律。要求警察、检察官、法官遵守刑事诉讼法的目的在于防止他们任意或随机地剥夺个人的自由、追究个人的刑事责任，从而将他们的行为纳入到法律的轨道，防止因为官员带头违法而造成的破坏法治、践踏国家法律秩序的局面。为保证刑事诉讼法的实施，国家也建立一系列程序性制裁措施，如违法取得的证据无效、违法法律程序作出的裁判无效等。因此，刑事诉讼法又具有“官员权力控制法”的性质，防止官员打着惩治犯罪的旗号迫害老百姓。
看来，要实行那种以“法律的统治”为内容的真法治，而不是“运用法律治民”的伪法治，就必须破除“为达目的而不择手段”的刑事诉讼观念，防止刑事诉讼成为国家对个人、多数人对少数人的赤裸裸的报复；必须将刑事诉讼活动纳入到国家与个人进行平等的理性对抗中来，使国家追究个人的任何行为和决定都具有正当、合理的基础。