法国数学家和哲学家勒内·笛卡尔受到机械科学的方法和启蒙运动的极大影响，自己发展出了笛卡尔几何，这是一种演示三维空间中物体之间数学关系的方法。1628年，英国医生威廉·哈维（William Harvey，1578年—1657年）解释了血液通过身体的运动，这意味着甚至连身体也是一种机器。笛卡尔抓住了这一点。但是灵魂或心灵又是什么呢？
笛卡尔的结论是，身体是一个物质客体，由机械定律控制；而精神则是非物质的。他尽可能多地给身体分配精神活动。因此，他用感觉器官和神经来解释所有的感知、记忆、想象和常识活动，剩下的就是人类所特有的自我意识和语言，这些都属于精神的功能。
这是一个人，而且是同一个人，他能意识到自己的理解和感觉。但人没有身体就没有感觉，所以身体必须是人的一部分。
托马斯·阿奎纳，《神学大全》（Summa Theologiae，1265年—1274年）
我思故我在
笛卡尔试图把自己的哲学思考建立在某些可以相信的确定性事物的基础上。他发现，自己唯一能肯定的一件事就是自己的存在，这引出了他的名言“我思故我在”（“我想，故我在”）。他的这个观点基于自己看到或经历的一切可能并不比一个梦境更真实的认识。但事实上，他怀疑这些事物的真实性，并思考这个问题，证明了自己的存在。这使我们想到了大约600年前伊本·辛纳的“浮人思想实验”。
正如后来的评论家所指出的，笛卡尔并没有真正证明自己的存在，而是证明了思考正在进行，但并不是因为他正在思考，或者他的存在是因为他正在思考。但他的工作对于我们的目标来说已经完成得非常好了，因为他的论点确立了肉体和精神/心智的区别。
认为思维可以在没有任何感官输入的情况下发生，这表明了心灵（或灵魂）与身体之间某种程度的分离。英国哲学家吉尔伯特·莱尔将笛卡尔建立的身体/灵魂的二元论模型称为“机器中的幽灵”。然而，精神必须存在某处，笛卡尔认为它存在于大脑深处的松果体中。如果它是无关紧要的，为什么到处都有它？它对物质的躯体是怎样产生影响的？它是怎么受到物质躯体的影响的？笛卡尔清楚地知道，精神在两方面都有影响：身体的伤害（或身体状况良好）会对心智有影响，心智中的情绪通过身体表现出来。这种身体表现可能发生在非常极端的情况下，精神痛苦的身体表现看起来就像患有某些身体疾病，如胃或头的颤抖、恶心和疼痛。笛卡尔考虑的身体和精神之间的双向影响是与众不同的，但他不能对非物质的精神和物质如何互动这一问题做出充分的回答。事实上，这是一个悬而未决的问题。
在处理心智/灵魂与身体互动这一问题时，戈特弗里德·莱布尼茨（Gottfried Leibniz，1646年—1716年）的观点认为两者都是不被需要的。它们都遵循相互独立的确定路径，但这些路径是并行运行的。上帝把两者放在同一条路上，就像两个时钟一起开始运转并完美地显示时间一样，它们总是同步的。因此，精神状态和行为总是与身体感觉和行为一致。
人们对全球的探索是由一些发现带来的，而这些发现颠覆了许多古代哲学家所信赖的观念，导致一些新的观念不可避免地兴起了。”
托马索·康帕内拉（Tommaso Campanella，1568年—1639年），意大利修士和哲学家
启蒙运动
启蒙运动是一场始于17世纪欧洲（尤其是在英国和法国）的文化运动。它提倡理性思维和经验科学，谴责迷信思想，试图挑战传统观念。如果这些观念经不起严格的审查，就拒绝接受它们。启蒙运动中的关键人物包括科学家弗朗西斯·培根（Francis Bacon，1561年—1626年）和艾萨克·牛顿（Isaac Newton，1643年—1727年），以及哲学家勒内·笛卡尔、巴鲁赫·斯宾诺莎（Baruch Spinoza，1632年—1677年）和大卫·休谟。我们不久将会再次叙述后面三位。这场运动与科技革命紧密相联，标志着现代时期的开始。