根据这样的绝对伦理观，斯坦福监狱实验绝对违反伦理，因为参与实验的人都受到极大痛苦。他们承受的远超过当初的合理预期，当时他们不过是志愿参与一项关于“监狱生活”的学术研究，而且研究是在一所极有名望的大学中进行。更有甚者，他们的痛苦与日俱增，并造成极大的压力和情绪骚动，以至于我们必须提前释放五位在身心健全情况下进入实验的受试者。
隐藏在角色的面具以及让他们得到匿名性保护的太阳镜下，狱卒们做了许多原本不该做的事，当他们了解到自己的作为之后也同样感到痛苦。承受暴行的学生完完全全是无辜的，狱卒们亲身见证了自己加诸于同侪的痛苦与羞辱，他们对囚犯们的虐行完全无可抵赖，了解到这点后，他们经历到的伤痛远大于米尔格伦的经典研究“盲目服从威权”中的参与者；关于这个研究我们将在下一章中有更深入的探讨。一直以来，米尔格伦的这个研究饱受违反伦理的批判，因为实验参与者可能会想象自己是对另一个房间中扮演“受害者”(学习者)的人施加电击。但是当实验一结束，他们会立刻知道所谓的“受害者”其实是和实验工作人员共谋的演员。于是他们的痛苦来自于，尽管意识到没有人受到伤害，但他们施加电击的举动却是如假包换。相对地，在斯坦福监狱实验中，狱卒的痛苦来自意识到自己对囚犯的“打击”全是真实、直接且持续不断的。
斯坦福监狱实验一个遭受违反伦理的批评来自：事前并未向告知被指派为囚犯的学生和家长将在星期日早上被逮捕，并于警察总部进行正式登记。于是，当实验于周日上午骤然侵入他们的生活时，他们完全猝不及防。之后，我们还试图操弄家长的想法，在访客之夜通过各种欺骗和伎俩让他们相信自己儿子的处境并不那么糟。对此我们也深感罪恶。我们这么做的原因不只是为了维持监狱情境的完整，也因为“欺骗”是监狱模拟实验的基本要素，在许多处在监督委员会调查下的系统里，这类欺骗根本是家常便饭。于是我们做足了表面工夫，好让系统管理者可以—一反驳对囚犯恶劣处境的抱怨和关切。
另—个违反伦理的理由是我们没有更早中止研究。回顾当时的种种，确实有许多理由允许我这么做。我应该在第三天、当第二名囚犯承受剧烈压力时就决定中止。当时应该有足够的证据证明道格8612前一天的崩溃不是假装，而我们应该在更多人、在下一个或下下一个囚犯出现极端不适反应时就喊停。
没有在实验开始失控时更早结束研究，我认为主要理由是，我的调查研究负责人和监狱监督者的双重身份形成了冲突，前者的我是研究伦理的守护者，后者的我却不计代价急于维持监狱的健全和稳定。我倾向相信，如果有其他人扮演监督者角色，我可能会有更明智的判断，并因此提前结束实验。当初进行实验时，应该有个威权高于我的人扮演监督者角色才对。
然而，在“监禁心理学”背景下创造出许可虐待行为的制度，我的确认为自己有责任。这个实验成功复制出真实监狱中最糟的面向，但代价却是造成人类的痛苦。我至今仍深感遗憾，并对我所造成的无情残酷由衷致歉。