拉姆斯菲尔德曾告诉参议院军事委员会：“这些事情发生在我的权责范围之下，身为国防部长，我对它们有责任，我必须负起全部责任。”
人权观察协会坚持认为，“基于‘指挥官责任’的理由，拉姆斯菲尔德部长应为美军在阿富汗、伊拉克和关塔那摩等地所犯的战争及刑求罪行接受调查。拉姆斯菲尔德部长由钻取漏洞、藐视日内瓦公约而创造出犯下战争罪和刑求罪的条件。”他的做法是批准使用违反日内瓦公约及反刑求公约的讯问技术，他也允许隐藏被拘留者以便使国际红十字委员会无法接触到他们。人权观察协会继续指出：
从阿富汗战争的最初期开始，拉姆斯菲尔德部长就漠视各项简报、国际红十字委员会报告、人权报告及新闻报道中指出美军犯下包括刑求在内之战争罪的事实。没有证据显示他曾运用其权威警告必须停止虐待囚犯之行为。要是他当时这么做，或许可避免许多军人犯罪。
拉姆斯菲尔德部长许可关塔那摩监狱使用非法讯问技术，一项调查将可判定在他撤销不经他允许下使用这些技术的批准之前，这些非法讯问技术是否使该地被拘留者受至到非人待遇。这项调查行动也可查出是否正如新闻记者西莫·赫什宣称，拉姆斯菲尔德部长曾核准一项秘密计划，鼓励对伊拉克囚犯施加身体压制及性的羞辱。如果两项指控中有一项为真，那么拉姆斯菲尔德部长除了必须负起指挥官责任之外，他还必须为身为虐囚犯行的教唆者而负起责任。
拉姆斯菲尔德授权对关塔那摩监狱囚犯运用违反日内瓦公约及反刑求公约的各种讯问手段，这些方法后来又被引进位于阿富汗和伊拉克的军事监狱。他曾针对被拘留者接受讯问前之预备工作做过多项指示，其中包括：压迫性姿势(如站姿)，最多为四小时，隔离状态下使用，最长三十天。运送或讯问过程中可使用头罩覆盖住被拘留者头部。剥夺光线及声音。除去所有提供舒适之物品(包括宗教性物品)。强制修面(剔除面部毛发之类)。除去衣物。利用拘留者个人的恐惧(例如怕狗)来造成压力。在标准作业程序中还鼓励让被拘留者暴露于高温、极冷、强光或尖锐巨大的声音中。
在2003年的5月和7月(阿布格莱布虐囚事件被公开揭露前)，以及2004年的2月，国防部一再接获来自国际红十字委员会关于被拘留者受虐及刑求事件的警告。“国际红十字委员会的报告指出数百件来自许多军事基地的虐囚指控，并再三要求立即采取行动。这些关切都被置之不理，虐囚情形变本加厉，国际红十字委员会的视察也被取消。在国际红十字委员会2004年2月呈送给联军长官的机密报告中，提出多项违反联军拘留原则之“保护人的自由不受到剥夺”的事实指控：
·逮捕过程及拘留初期的残酷待遇，经常造成死亡或重伤；
．讯问过程中为取得情报而强加身心压制；
·长时间隔离监禁于毫无光线的牢房中；
·以过度或不符合比例原则方式运用武力导致拘留期间之伤亡。
加州大学柏克莱分校的新闻学教授马克·丹纳(Mark Danner)在他《刑求与真相：美国、阿布格莱布与反恐战争》(Torture and Truth：America，Abu Graib and the War On Terror)一书中回顾了所有相关记录，并根据他详细的调查结果做出一个结论，“当你阅读这些档案时会发现，国防部长拉姆斯菲尔德几乎是亲自许可了那些超出军法容许范围的作业程序，而就其所许可的囚犯待遇来说，作业程序也超出民法的容许范围。”