人权观察基金会坚持，“身为受到严密控管之古巴关塔那摩监狱营地指挥官，杰弗里·米勒少将须为该地发生的战争罪及刑求罪罪行负起潜在责任并接受调查”。再者，“他明知或应知直属其指挥权责下的军队对关塔那摩监狱被拘留者犯下刑求罪及战争罪罪行”。此外，“杰弗里可能建议伊拉克方面采取某些讯问手段，而这些讯问手段是导致发生在阿布格莱布监狱之战争罪及刑求罪罪行的最直接原因。”
杰弗里·米勒少将自2002年11月起担任关塔那摩联合特遣部队指挥官，直至2004年4月成为伊拉克拘留任务副指挥将领，他担任这个职务直到2006年。他被派往关塔那摩是为了取代里克·巴克斯（Rick Baccus)将军，巴克斯将军坚持必须严格遵守日内瓦公约的指导原则，因此被上级认为他把囚犯们“宠坏了”。于是在杰弗里少将的—声令下，原本的“X光营”变成收容625名人犯、共]400名宪兵和军情人员驻扎的“三角洲营”。
米勒是个革新者，他一手建立了专门的讯问团队，这是首次结合军事情报人员和宪兵防卫部队的创举，也模糊了过去在美国陆军中牢不可破的界限。为了了解囚犯脑子里在想什么，米勒十分倚仗专家，“他带进了心理学家、精神科学家等行为科学专家(来自民间和军方)。他们找出人的心理弱点，研究如何操纵犯人心理使他们愿意合作，搜寻人的精神和文化等几处脆弱面”。
米勒的讯问者利用犯人的医疗记录，试图让被拘留者陷入忧郁、丧失判断力，直到崩溃为止。犯人如果反抗，就让他们挨饿，一开始至少有14个人自杀，而在接下来的几年内，试图自杀的人数更是高达数百人。光是最近就有3位关塔那摩监狱的被拘留者用牢房里的床单上吊，没有一个人在被拘留多年后受到正式起诉。一位政府发言人没有看出这些自杀行为想要传达的讯息是绝望，反而谴责他们的做法是为了博取注意力的公关式举动。一位海军少将就极力主张这些行为不是绝望之举，而是“向我们发动的不对称战争”。
拉姆斯菲尔德部长正式授权使用连美军都禁止运用的粗暴讯问技巧，米勒的讯问团队变得更具侵略性。阿布格莱布于是成了米勒的新实验室，测试的假设是需要用什么手段才能从反抗的囚犯口中获取“可采取行动之情报”。拉姆斯菲尔德带着他的助手斯蒂芬·坎伯内(Stephen Cambone)到关塔那摩和米勒会面，目的就是要确定他们都在玩同样的把戏。
我回想起卡尔平斯基说米勒告诉她：“你得把犯人当狗看，如果……他们认为自己跟狗有丝毫不同，那么你从一开始就丧失对讯问过程的主控权了……这办法有效，我们在关塔那摩湾就是这么做。”
记录显示卡尔平斯基将军也说过米勒“到那里跟我说他要把拘留作业给‘关塔那摩化’(在阿布格莱布进行)。”帕帕斯上校也曾表示米勒告诉他用狗可以有效创造出有利于取得犯人情报的气氛，而狗“戴或不戴嘴套”都可行。
为了确保他的命令被执行，米勒写了一份报告并确保他所留下的团队都收到一张光盘，其中详尽列出必须遵守的指令。接着桑切斯将军授权执行新的严酷规定，规定中详尽说明许多被运用于关塔那摩的讯问技术。陆军退役将领保罗·克思清楚指出将关塔那摩策略运用在阿布格莱布所造成的问题，“我认为这造成了困惑，我们在阿布格莱布的计算机里发现国防部长拉姆斯菲尔德的备忘录，但那是写给关塔那摩的，不是给阿布格莱布。这造成了一些困惑。”基于上述所有理由，杰弗里·米勒将军被我们加入审判被告名单中，他们的罪名是“违反人性”。
在必须为阿布格莱布虐刑负起系统性责任的指挥阶层当中，位居顶端的是美国副总统迪克·切尼，以及总统乔治·布什，然而人权观察协会的控诉却在追究到这里之前却步了。但我不会有所迟疑。等一下我将把这两位加入我们在本书中举行审判的被告清单中。他们设定重新定义刑求的议程、搁置国际法提供给犯人的保护，并鼓励中情局对犯人运用一系列非法，致命的讯问技巧，只为了他们对所谓反恐战争的执著迷恋。
不过我们必须先进一步探讨下列问题：1A院区发生的虐待行为是否只是少数害群之马所为的单独事件？或者他们的攻击行为实属于更大规模的虐行模式的一部分，这个模式受到高层默许并被许多军方和民间干部广为运用在包括暴动嫌犯的逮捕、拘留和讯问过程之中。我的论点是，这是个由上至下开始腐败的堕落环境。