尽管军方和民间的行政指挥官都希望将伊拉克发生的虐待和刑求事件当作独立事件，是2003年秋天在阿布格莱布1A院区值夜班的少数不良军人的独立作为，然而新的陆军档案记录却揭穿这不实宣称。2006年5月2日，由美国公民自由联盟(American Civil Liberties Union)公布的陆军档案记录透露，在阿布格莱布丑闻爆发的两周前，政府高层官员已经得知这些极端的虐囚事件。一份题为《伊拉克及阿富汗虐囚指控案》(Allegations of Detainee Abuse of Iraq and Afghanistan)、日期注明为2004年4月2日的情报文件中，就详尽记载了正在调查中的62件美军虐待及杀害被拘留者案件。
这些案子包括伤害、用拳头捶、用脚踢、痛殴、模仿死刑行刑、性侵害女囚、威胁要杀害一名伊拉克儿童以便“让其他伊拉克人知道教训”、把被拘留者衣服脱光、痛打一顿、用爆炸物吓他们、向铐上手铐的伊拉克儿童丢掷石块、用他们的围巾绑成绳结让他们窒息、讯问时用枪口对准被拘留者等。至少有26件的案子中涉及被拘留者死亡。在这些案子当中，有些几乎已通过了军法诉讼程序，虐行的范围超出阿布格莱布监狱，而触及美军基地克罗帕营、布卡营及其他位于伊拉克摩苏尔(Mosul)、萨马拉(Samara)、巴格达、提克里特(Tikrit)等地的拘留中心，以及位于阿富汗的奥岗一E(Orgun-E)军事基地。
针对由陆军准将理查德，福尔米卡(Richard Formica)所领导的第十二项军方虐囚调查结果，一份五角大楼的报告指出在2004年初，美国特种部队持续运用严酷且未经授权的讯问手法对待被拘留者，为期长达四个月。这件事发生在2003年阿布格莱布虐囚案之后，而且这些讯问手法已经废止了。有些受到虐待的拘留者在长达十七天的时间里只得到饼干和水充饥，全身一丝不挂地被关在小到只容站立或躺倒的牢房里一个礼拜，饥寒交迫，得不到睡眠，承受着极端的精神负荷。尽管这些虐行被揭发，但没有一个军人受到处罚或至少受到申诫处分。福尔米卡认为这些虐待行为既不是出于“蓄意”，也不能怪罪于“个人失误”，而是“不当政策的失败”使然。在这个粉饰太平的看法之后，他根据自己的观察补充说，“没人因为这样的对待而看起来憔悴不堪。”他的发言真是太令人惊讶了！