之前提到过，生物学干预在治疗物质滥用和依赖中起着重要作用。它们可以单独使用，也可作为心理或社区干预的辅助疗法。
戒断症状可能很严重，有时甚至是致命的。戒毒（detoxification）也就是医学指导下的药物戒断，是治疗物质依赖的必要方法，但这还是第一步。药物治疗可以减轻戒断症状，减少副作用。例如，服用苯二氮类药物可以减少嗜酒者患上DTs的可能。
激动剂替代疗法（agonist substitution）是指用某种化学成分类似的安全药物替代被滥用的药物。化学成分安全意味着，首先，这种替代物结合于与目标药物相同的受体，因此可阻止目标药物的任何药理效果（“兴奋”）。尽管替代物与相应药物具有一些相似性，但它们也有一些关键的区别。替代物一般起效更缓慢，有更少急性药理效果，没有强烈的兴奋以及之后崩溃的感受。虽然也可能产生物质依赖，但相对于目标药物来说，远没有那么强烈。服用替代激动剂依然需长期服用药物，但相对于目标药物对社交、工作以及身体的损害更小。最常用的激动剂替代药物是美沙酮（methadone），常被用于对海洛因的替代。在“美沙酮诊所”有控制地发放美沙酮，可以大大降低获得和注射海洛因的风险。一些人一直在使用美沙酮治疗，但大量证据表明，美沙酮与心理咨询、心理治疗以及行为列联契约配合使用可以提高治疗效果（O’Brien et al.，1995）。
1.尼古丁替代疗法
美沙酮替代疗法是用一种药品替代另一种，但还有一些替代疗法只是改变药物在体内的传输方式。尼古丁替代疗法（nicotine replacement therapy,NRT）安全、有效，可作为综合戒烟方案的一部分。尼古丁替代物可以是口香糖、戒烟贴片，也可以采用喷剂、吸入物或者舌下含片这些处方药。NRT代替了香烟中的尼古丁，减少了戒断症状，帮助患者克服吸烟的冲动。不论有没有心理咨询的辅助，这种疗法都可以将戒烟成功率提高1.5～2倍（Silagy et al.，2004）。
尼古丁贴片可以控制尼古丁摄入量并帮助戒烟。2.颉颃剂治疗
药物的正强化作用似乎是使用药物的一个主要原因，那么，如果这些积极感觉被一种颉颃（作用相反）的药物阻断，是否就能戒毒呢？一些研究检查了阿片类药物颉颃剂环丙甲羟二羟吗啡酮和盐酸纳美芬治疗酒精滥用的有效性。与安慰剂相比，环丙甲羟二羟吗啡酮可以降低酗酒复发风险和饮酒频率，但无助于加强戒酒（Garbutt et al.，1999）。最新研究发现，半年的长效环丙甲羟二羟吗啡酮针剂可以减少酒精依赖者的酗酒行为（Garbutt et al.，2005）。虽然颉颃剂不能出众地戒毒，但却是一种值得进一步研究的有价值药物工具。
3.厌恶治疗
与厌恶疗法类似，厌恶药理干预与产生恶心生理反应的药物注射结对。最广为人知的药物就是戒酒硫。这种药阻止酒精中的乙醛分解，体内戒酒硫增多会导致恶心（antabuse）。饮酒时若注射戒酒硫会让人恶心、呕吐、心跳和呼吸加快。关于戒酒硫的对照研究结果并不一致。饮酒的频率虽然降低了，但表明戒酒的成功率上升的证据很少（Garbutt et al.，1999）。人们不用戒酒硫是因为人们希望喝酒时没有恶心等症状。
证据检验 可控饮酒
·事实 许多概念模型（如，疾病模型）和治疗方法（如，AA、治疗性团体）都认为只有完全戒酒才算治好了酒精依赖。在过去的50年里，研究人员开始质疑这种“全或无”的疗法。
·证据 Mark和Linda Sobell开展了现在被称为“可控饮酒”的著名研究（Sobell＆Sobell，1973）。研究显示，那些接受结合了学习控制饮酒技能和行为治疗的酗酒者，在两年的随访里感觉良好的天数明显多于那些接受以戒酒为目的的治疗方案的酗酒者（Sobell＆Sobell，1973；So-bell＆Sobell，1978）。酗酒者能学会控制饮酒吗？
·检验证据 尽管这项研究被高度认可，但也有来自《纽约时报》和电视新闻《60分钟秀》这些地方的质疑和强烈批评（Pendery et al.，1982），认为这项研究有缺陷，还有可能是骗人的。然而一个关于Sobell研究的独立调查显示，这项研究考虑得很全面。Alan Marlatt是研究酒精使用的领军人物，他认为媒体过于关注对研究的批评，但很少注意证明其完整性和有效性的证据（Marlatt et al.，1993）。关于可控饮酒的争议仍在继续，但是在科学领域，针对该问题进行的研究却比预计的少（Coldwell＆Heather，2006）。
·针对这项争议的其他解释 尽管有些学者质疑该疗法不适合严重酒精依赖者的共识（Heather 1995），但该研究最明确的发现可能是，可控饮酒疗法尤其适合较不严重的酗酒者（Sobell＆Sobell，1995）。现在，可控饮酒的理念没变，但这个词几乎被忘了。现在使用得最多的提法是“伤害减小”（Marlatt et al.，1993）。尽管伤害减小与可控饮酒的很多目标是相同的，但是前者遭到的质疑更少而且其初步证据是鼓舞人心的（Witkiewitz＆Marlatt，2006）。此外，如动机访谈疗法（Miller，1983）将患者的爱好和目标作为中心，并允许患者选择可控饮酒来作为治疗策略。值得注意的是，即便动机访谈疗法也倾向于以完全戒酒为目标（Coldwell＆Heather，2006）。
·结论 尽管没有人质疑戒酒不好，但传统控制饮酒的研究者希望提供其他选择，即不用完全戒酒也能维持正常、健康的生活。
4.疫苗
以疫苗对抗药物使用的免疫药物治疗是一种全新的治疗。通过注射疫苗使个体产生抗体，这种抗体在药物作用于大脑之前与目标药物结合，从而阻断其积极强化效果。使药物与血液中的蛋白质结合引发免疫反应，身体会产生抗体以抵御药物。早在1974年，人们就发现，对海洛因成瘾的恒河猴注射疫苗后，其按压杠杆获取海洛因的次数会明显减少，这表明疫苗阻断了海洛因造成的兴奋（Bonese et al.，1974）。此后，又逐渐发展了对可卡因、尼古丁、致幻剂以及甲基苯丙胺的免疫疗法的动物模型，这意味着这种治疗手段也可能对人类有效。目前，针对可卡因和尼古丁的疫苗研究已进入了人体临床试验阶段（Meijler et al.，2004）。如果有效，这种疗法将引发有趣的社会分歧。如同让孩子注射小儿麻痹症、麻疹、腮腺炎疫苗那样，父母们也会让孩子注射尼古丁、酒精、大麻以其他药物的疫苗吗？烟草公司会因为这些疫苗扰乱了自由市场而进行抵制吗？犯药物相关罪的罪犯会被强行注射疫苗吗？如果免疫药物疗法有效，将会引发许多重要的伦理和社会问题。