袁世凯死后，最让人垢病的是卖国一事，说他与日本签订了二十一条的辱国条约。其实没多少根据，真实的历史不是那样的。要知道袁世凯是最痛恨日本人了，虽然他任清内阁总理、民国总统时聘用了不少日本人，但并不信任。他驻卫朝鲜时奋勇有力地挫败了日本企图吞并朝鲜的阴谋，最让日本人头痛，常欲除之而后快。日本在与袁世凯交涉中是占不到什么便宜的。很难想象那么痛恨日本人，又惹日本人痛恨的袁大总统会与日本签订卖国的屈辱条约。
据说，袁世凯当选为民国大总统是日本人所不愿看到的。因为袁世凯是个枭雄，很善权术，日本很怕中国由这样一个政治强人领导转弱为强，威胁到日本，经常暗中组织倒袁活动。袁世凯在任总统的四年是和日本斗争的四年。纵观袁世凯，大半生涯是和日本作斗争的。日本强行要求袁世凯签订二十一条对华要求，否则一将采取军事行动，还要求袁世凯对此保密。袁世凯大为震惊、愤怒，但又无可奈何，他明白中国没有力量与日本进行军事对抗。日本以蕞尔岛国崛起为东亚强国，击败了世界上陆军最强的沙俄帝国，世界都为之震惊，奇怪日本崛起之速，故觉得中国与日本开战，胜利的把握很少。
二十一条最严重的五条是：一，所以中国沿海港湾及岛屿，概不让或租与他国;二，中国中央政府必须聘用有力的日本人充当政治、财政、军事顾问;三，日本在中国内地设置的病院、寺院、学校等，中国一概允许其拥有土地所有权;四，日中合办必要地方的警察官署中，聘用多数日本人，以改良中国警察机关;五，中国所需军械的半数以上须由日本采办，或在中国设立中日合办的军械厂，聘用日本技师，采用日本材料;六，将连接武昌与九江、南昌铁路及南昌到杭州和潮州的各线铁路建造权交给日本。七，福建省内筹办铁路、矿山以及整顿海口、船厂，如需外国资本，先向日本协议;八，日本在中国有传教之权。暴露了日本扩张领土的野心。
真是欺人太甚！袁世凯怒叱日本“直以朝鲜视我，欲让我国为亡韩之续，”实堪痛恨，万万不可与议。”这些条件可以使中国亡国，袁世凯能答应吗？但是日本那么强横，好拒绝，与之开战吗？两者都不能，袁世凯就采取一种中庸的办法解决这个问题。袁是这么逐点批注，整个谈判根据他的指示进行，并没屈服日本的淫威。
如他对第一条批注称：此本于前清中俄协定，东三省会议时已允许继续俄国未满之年限，又要重新更定，但将来若能收回，对于年限没有多大关系，此条必争论。对于承认德国问题，批称：应双方合议，何能让日本议定，由我承认？这是将来之事，不必先行商议，可从缓......对沿海地区之让与，批称：荒唐、荒唐！领土怎能让与第三国？......对于第五号，批称：此条限制我主权，简直是以朝鲜视我，这种条件岂平等国所应提出！绝对不能同意！
袁世凯乃枭雄人物他处理二十一条的方法最能体现其枭雄本色。这是袁从政以来遇到最大的挑战。为了保卫国家主权，他决心顶住，即使明里顶不住，他暗里也要顶住，对此，他从四个方面布置。
譬如允许南满、东蒙地区中日杂居以及杂居地的商租权问题、聘请日本顾问诸问题，袁世凯就曾说：“购地租地，我叫他一寸地都买不到手;杂居，我叫他一走出附属地，就遇到生命危险;至于警察顾问用日本人，我用虽用他，每月给他几个钱罢了，至于顾不顾，问不问，权却在我。其他各条，我都有破坏之法。”
袁世凯是个玩弄权术的高手，那这次是否有效呢？后来在东北的日本人曾这么说过：“我们日本人在东北，被囚禁于附属地界内，一步不敢出附属地”;至于日本人向中国人购地、租地问题，更是谈不上，据说是因为袁世凯暗中制定了惩治国贼条例交给东北地方官员，所以日本人根本就买不到也租不到地。至于那些受聘的日本人员，他们也表示：“我等名为顾问，其实绝无人顾，绝无人问。”
这里有个人需要重点提一下，这就是后来的东北王张作霖。张作霖马匪出身，后来投入军队，民国初年只是巡防营某路的统领，但“二十一”条签订后，袁世凯曾秘密派段芝贵去了几次东北后，张作霖的势力突然大增，并从德国洋行购买了大量的军械，并声称：“只要有我在，日本人不敢出附属地！”而日本人想在南满、东蒙开发产业，也大都遭到张作霖的阻扰而极少施行。
张作霖和袁世凯在做事方式上颇有相像之处，两个人都是枭雄，重权术，轻条规，袁世凯也对张作霖也有惺惺相惜之感。据袁世凯的女儿袁静雪回忆，当时袁世凯对张作霖极为笼络，每次张作霖来，袁世凯都会在办公室接见，而张作霖当时只是二十七师的师长，按理只能在居仁堂的楼下被接见。袁世凯用张作霖暗中抵制日本人，也成为张作霖成为东北王的开始。话说回来，对付日本这种虎狼之国，必须启用张作霖这样的枭雄人物，袁世凯在这方面还算是有用人之明。
日本的强蛮恶行引发了中国人民的极大愤怒，当时全国19个省的都督向中央表示支持的决心，他们不断呼吁中央决不屈服日本压力，而总统府也每天都要收到潮水般涌入的信件和电报，一时间民情沸腾，有抵制日货的、有毁家纾难的，民众的爱国情绪日益激昂。就连海外的留学生、侨胞等也纷纷奔走呼吁，坚决反对签订“二十一条”。
在长达八个多月的抗议浪潮中，日本成为过街老鼠，不仅在经济上受到重大损失，国际上也受到了美国和英俄等国的压力，正如旅美历史学家唐德刚所评价的：“日本虽然费尽心机提出灭亡中国的‘二十一条要求’，弄得臭名昭著，后来也只落得个雷声大、雨点小的收场，为天下笑。”
不仅如此，大隈重信也因为未经御前会议就贸然提出“二十一条”、结果导致外交失败(日本所认为的)而下台。接任首相的寺内正毅后来也不得不承认：“大隈内阁向中国要求‘二十一条’，惹中国人全体之怨恨，而日本却无实在利益。”
尽管日本试图将中国变成保护国的阴谋最终破产，但中国在这次危机中受损的程度也是惊人的，譬如延长旅大租期至九十九年等等，都是不可思议的、丧权辱国的。在条约签订的第二天，袁世凯在大总统申令中表示，该条约“创巨痛深，引为惭憾，己则不竞，何尤于人。我之积弱召侮，事非旦夕，亦由予德薄能鲜，有以致之”，其中的无奈、惭愧之情，溢于言表。
如果结合当时的国际形势、双方实力对比来看，当时袁世凯所采取的外交和谈判策略还算是可圈可点，后来历史学家将“二十一条”认定为袁世凯为复辟帝制而采取的投日卖国行为，这就未免言之不公了。正如张学良在“九一八”事变后所说的：“当年袁世凯应许‘二十一条’时，我是学生，一腔热血，誓死反对;及至二十年后我执政，还不如人家”。
毕竟，在当时实力悬殊的情况下，逞一时之勇并非明智之策，而袁世凯也并没有像宣传中所称的全盘接受“二十一条”;至于在谈判中所做的巨大牺牲和让步，实属委曲求全的屈辱外交而非卖国性质。笔者并非有意为袁世凯等人喊冤抱屈，乃历史评判须以事实为基础，如果仅从忠奸之价值判断，难免脱离事实之真相，对历史人物也是不公道的。在民族感情受到伤害的情况下，参与谈判的曹汝霖、陆宗舆(时任驻日公使)在“五四”运动时被爱国学生所追打，也是无可奈何之事。所谓“弱国无外交”，弱国的外交人员更是在火上烤也。