黄侃字季刚，少年怀才负气，未弱冠，即已寝馈经史百家矣。1906年，章太炎在东京开设“国学讲习会”，定期讲授文字学、音韵学等课程，黄季刚始从章太炎治古韵，后乃精思独诣，自成家法，其用工之深，求真之切，虽干嘉诸老，不能过也。其学问在章门诸子中首屈一指，与章太炎并称“章黄”。章太炎曾说：“季刚从余学，年余冠耳，所为文已渊懿非凡。”又说：“清通练要之学，幼眇安雅之辞，并世固难得其比，虽以师礼事予，转相启发者多矣！”
一九一三年八月十一日，章太炎应共和党之召，由上海抵北京，共和党此时已脱离进步党而独树一帜，推黎元洪为理事长，章太炎副之。惟党人较少，党势过弱，为谋当前之发展计，遂敦请章氏北上，共商对策。章氏亦欲有所擘画，即应召而至。袁世凯以章氏好为诋诃，固深忌之，且闻其曾与谋二次革命，尤不惬于怀。章氏下榻于化石桥共和党本部，自以为无患，而党部前，已军警布列，名为保护，实则监视。其实共和党郑某、胡某阴受袁贿赂，诱骗章氏入京。章太炎心中也有数，据其夫人汤国梨口述云：“(章太炎)定要去京，面直包藏祸心的袁世凯，明知虎穴也要去，不入虎穴，焉得虎子！”不料一入都门，竟遭软禁。
黄季刚在八月二十日收到汤国梨来函后，二十九日即辞家由海路进京，九月七日抵北京，拜见章太炎。九月十五日阴历中秋，章黄师徒有咏怀唱和诗，章诗有“虞卿捐相印，蓬转随逋囚。魏网密凝脂，收骨知王修。”之句，其意是他去官(时任东北筹边使)反袁，却遭到袁氏严密的监控，有如曹魏之刑网，必置己于死地;而己死后，收骨之人必有急难如王修者。在此王修暗指黄季刚，师生间肝胆相照，彼此的心事是深深了解的。
据共和党干事吴宗慈说章太炎幽居期间，“谈话既穷，继以狂饮，醉则怒骂，甚或于窗壁遍书‘袁贼’字以泄愤，或掘树书‘袁贼’，埋而焚之，大呼‘袁贼烧死矣’。”而袁氏此时对章太炎尚具善意，只是不愿其出京和发表任何文字罢了。从章太炎致袁世凯书中，可知赵秉钧曾与袁氏计议，欲请章氏担任国史馆长一职，但章太炎以“岂能与鸡鸣狗盗从事耶？”“纵作史官，亦倡优之数耳！”而断然拒绝。最后由黎元洪斡旋，建议设立“考文苑”，但以其规模较大，恐难即就，乃改为“弘文馆”，其工作则为编字典等，馆员有其门生钱玄同、马裕藻、沈兼士、朱希祖等。并允拨给大洋数千元做开办费，其经费每月若干，但章太炎开出条件要“同苑须四十人(仿法国成法)，书籍碑版印刷之费，数复不少，非岁得二十四万元不就。”章氏原是寄希望于弘文馆的设立，以主持该机构，弘扬文化。拖至一九一三年底，他发现袁氏只是用种种借口羁留自己，于是一九一四年一月三日强行离京，但遭军警阻拦，章太炎痛骂袁氏无状。七日，章氏以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯包藏祸心，陆建章奉袁命，幽章氏于龙泉寺。
而在此之前，从来无意于仕途的黄季刚，却突然出任被章太炎骂为“四凶”之一的赵秉钧之秘书长，委实令人诧异与不解！黄季刚的弟子兼女婿潘重规在《师门风义》文中云：“当太炎先生绝食后与袁氏濒临谈判决裂的时刻，季刚先生却突然出任袁氏心腹直隶总督赵秉钧的秘书长。”然据《民国职官年表》得知，赵秉钧于一九一三年十二月十六日接替冯国璋出任直隶都督。而黄焯(黄侃之侄)在《黄季刚先生年谱》中云：“十二月，直隶都督赵秉钧延先生赴天津，以秘书长见诿。先生度已至此，强应之。”黄季刚答应接掌秘书长的时间，是在赵出任直隶都督之前。而其时章太炎尚未大闹总统府，更没被幽居龙泉寺，当然更谈不上绝食事件(那已到一九一四年五月间了)，潘重规似乎有意将黄季刚出任秘书长的时间后延，用来加重他“屈身事凶”是为了营救其师的氛围。
其实在这之前，章太炎和袁世凯还在谈设立“弘文馆”之事，但袁并无心于此，他只是想要笼络章太炎，想以一种名义及金钱，以示羁縻而已。袁、赵要笼络章氏，势必也要笼络章氏最得意的弟子黄季刚。因此赵秉钧必然卑辞厚礼，要黄季刚接受他的邀请。此事章太炎必然也知道，因此后来章太炎撰《黄季刚墓志铭》中有云：“季刚自度，不能与时俗谐，不肯求仕宦。尝一为直隶都督赵秉钧所迫，强出秘书长，非其好也。”合理推测，此次黄季刚出任秘书长，可说是完全为了章太炎，为了“弘文馆”之事能圆满达成。又“弘文馆”之馆员皆为章门弟子，何独不见黄季刚之名，是此时黄季刚已答应赵秉钧之邀乎？因此潘氏以其为“营救其师”，无疑不确。黄季刚在就职前夕曾托名华亭女子有诗二首以见意，诗云：“戎幕栖迟杜牧之，愁来长咏杜秋诗。美人红泪才人笔，漂泊情怀世岂知。”“簪笔何殊挟瑟身，天涯同病得斯人。文才远愧汪容甫，也拟摛词吊守真。”是以华亭沦落女子自比，真是极无可奈何之运，对无可告诉之天，惟有托言簪笔饥躯，栖迟戎幕，以寄哀思。其中难言之隐，溢于言表。
后来章太炎被幽居龙泉寺时，黄季刚还身处戎幕中，或谓其可断然离去，但是若如此将对其师则更是不利，于是他只能忍负师门，欲报无从了。章太炎在自定年谱中提到幽居之时，常来候视他的弟子有钱季中(后改名钱玄同)、平刚(少璜)。其中平刚亦是黄季刚的好友，后来当平刚离京别去后，黄季刚感念今昔，有长歌一首赠之。其中有句云：“微躯苦受饥寒累，屈身戎幕儒为戏，枉将小技换钱刀，却望师门负恩义。”其中隐情难言，是不能一言自白的，于是他只有冒辜负师门恩义之恶名，其用心亦良苦矣。直到一九一四年二月二十七日赵秉钧暴卒任所，黄季刚始得脱离戎幕，结束两个月又十一天的任期。他有诗云：“沽水回流尚绕阑，来时曾此卸征鞍。岂知两月朱门客，也当邯郸一梦看。”这“两月朱门”对他而言，真仿如噩梦一场。
至一九一四年夏末，章太炎又为袁氏转幽禁于钱粮胡同，黄季刚曾两度入京省视。据掌故大家徐一士说：“章在钱粮胡同寓所，所用仆人及庖人，共有十人左右之多，一仆系前由军政执法处长陆建章所荐，曾随侍于龙泉寺，此外则吴炳湘所间接推荐，盖由警察之类改充，皆负有暗中监视之责者也。”又称：章氏门人黄季刚应北京大学之聘来京，讲授词章学和中国文学史，见章生活寂寞、身体消瘦，恐其健康受损，于国于私都为不利，于是假借“欲与章同寓，俾常近大师，遇有疑难之处，可以随时请教”为名，被允许搬入章太炎囚禁处，就近照料，“不料不数月，而黄突为警察逐出，章氏因之复有绝食之事。”之后黄季刚更罔顾生死，奔走营救，尝有《致教育总长汤济武(化龙)托救太炎师书》，中有“安可独使斯人长此仰日月而不见照烛，临风尘而不得经过，怅恨郁塞槁饿以死乎？”语甚哀切，终不负师门风义。