洪承畴降清后隶属镶黄旗汉军，皇太极将他视为入关夺取中原的“引路者”，对其“恩养有加”。据《清史稿》记载：“凡值大祭祀、宴会，必令亲随，赐房屋庄田男女有差，服食无虚日。”但皇太极生前，洪承畴的作用并未得到充分发挥。
崇祯十六年(1643年)八月九日，皇太极突然病逝，年仅6岁的福临继位。崇祯十七年(1644年)三月十九日，李自成率领的大顺军占领北京，崇祯帝上吊自杀。消息尚未传至沈阳，四月四日，大学士范文程根据明军、大顺军、清军三股势力博弈的情形，认为明朝衰朽不堪，“四面受敌”，得出“我国虽与明争天下，实与流寇角也”的结论，建议清军把握时机，入取中原。四月九日，清军在摄政王多尔衮的率领下大举南伐。
此次出兵，规模空前，满洲、蒙古八旗出动三分之二，汉人八旗倾巢出动，其中就有降清两年但一直没有委任官职的洪承畴。十余万之众的大军向山海关进发，北京被李自成所率大顺军攻克的消息很快被探马报知。对手由不堪一击的明军，变成从未交战的大顺军，本来信心满满的多尔衮顿时疑虑重重，队伍前行的速度因而变得十分缓慢，十三日抵达辽河，四天时间只走了一百多里。
直到驻军辽河，多尔衮才想起随军而行的洪承畴：李自成曾是他手下败将，请他出谋献策，大顺军当不在话下。
洪承畴降清两年“悄无声息”，一则明清处于相持和谈之际，难有“抛头露面”之机;二则可能还有一定的心理障碍，毕竟，要从明朝、汉人的角度转向清廷、满族，尚需一定时间与过程。报效“恩养”的机会终于来临，洪承畴自然不肯放过，他向多尔衮建言：“流寇”有着十多年的作战经验，不可轻敌，不要轻易攻打山海关，应像过去那样绕道长城，突入关内;严明纪律，“不屠人民，不焚庐舍，不掠财物”;招降纳叛，“有开门归降者，官则加升，军民秋毫无犯”;并在具体战术方面对清军予以“指导”，如何利用精兵出其不意，步兵、骑兵如何配合作战等。
就在这时，驻守山海关的明将吴三桂致信多尔衮，向清军求援。原来，吴三桂本欲投降李自成，率部众进京途中，得知父亲被拘，爱妾陈圆圆被大顺军将领刘宗敏抢夺，他“冲冠一怒为红颜”，重新夺回山海关。李自成亲率大军前往征讨，吴三桂抵挡不住，迫不得已向清军求助。清朝曾多次招降吴三桂没有成功，此次来信，也非降清，而是请求多尔衮出兵，共同对付大顺军。面对吴三桂的“送货上门”，多尔衮犹疑不决。洪承畴建议清军改变方向，即刻向山海关进发。多尔衮予以采纳，下令清军日夜兼程，迅速赶至山海关。吴三桂曾为洪承畴旧部，在洪的引见下，吴三桂与多尔衮祭天盟誓，两军联手对付李自成。
山海关之战以清军完胜、李自成大败告终。洪承畴建议清军不得停留，应抓住时机，加速前进，目标北京。吴三桂受多尔衮胁迫，剃发投降，成为清军的急先锋与大顺军的第一杀手。洪承畴起草告示，沿途广为散发，将清军装扮成救民倒悬的仁义之师，号召明军与清军联手，共同围剿农民起义。受此蛊惑，清军不仅没有遇到抵抗，反而受到欢迎，长驱直入，很快占领北京。洪承畴前往帝王庙，跪在崇祯皇帝的灵牌前“哭灵”。为了笼络人心，多尔衮下令“官民人等为崇祯帝服丧三日”。清军的这些行为，特别是洪承畴的特殊身份，给旧臣遗民造成一种假象，以为清军是来替明朝报仇的，以致南明政权有过联合清军，共同对付农民军，“合师进讨，问罪秦中”的幻想。受此误导，汉人不禁放松了戒备警惕，加速了清军问鼎中原、灭亡明朝的历史进程。
由此可见，洪承畴作为明廷职位最高的降官，只要他一“出手”，就招招厉害，直指汉人及残明“死穴”。就当时的人口而言，满人约一百万，汉人约一亿。满人能一以当百征服汉人，除有利于作战的八旗制度外，实则利用了汉人的力量，以汉制汉。清军占领北京后，对有功之臣洪承畴备加重用，以明太子太保、兵部尚书兼都察院右副都御史原衔，入内院佐理机务，授秘书院大学士。洪承畴不负所望，处心积虑地为清朝统治者出谋划策。一年前，爱新觉罗·福临已在关外即位，为了证明清朝不是一个区域性政权，而是“君临天下”的统治者，在洪承畴、范文程等汉族大臣的精心安排下，福临在北京又举行了第二次登基大典，一应礼仪全按中原典章办理。
尔后，多尔衮便开始着手统一中国的行动，但“留头不留发，留发不留头”的做法，让行动处处受阻。此时，洪承畴再次进入多尔衮视野。顺治二年(1645年)闰六月十三日，洪承畴以原官总督军务，招抚江南各省地方。多尔衮看中的，是洪承畴在南明故臣中的影响与号召力。清军入关，洪承畴不断招抚旧部或旧同僚归顺清朝，如明蓟镇总兵唐通、明宁夏花马池副总兵董学礼、南明四镇将之一刘泽清、南明提督李本深等人都是他的旧部，他们投降清朝多由洪承畴笼络与招抚。于是多尔衮说道：“我亦见他做得来，诸王也荐他好，故令他南去。”并赐他衣帽，铸印一方——“招抚南方总督军务大学士”。洪承畴当即表态道：“感王上厚恩，敢不竭尽心力！”
洪承畴降清后第一次面对故人，多少还有一点廉耻之心。据陈洪范《北使纪略》记载，南明使团进京和谈时，洪承畴见到使团成员王言，“似有不安之色，含涕欲堕”。而心理一旦适应，就变得坦然、决然乃至冷酷、残忍了。
若论汉人文臣对清廷的贡献，入关前数范文程最大;入关之后，洪承畴便抢了范文程的“风头”，以致享有“清朝开国第一功臣”之类的头衔。当然，洪承畴毕竟是汉人降臣，清廷在重用、倚靠的同时，又给以一定的牵制：任命多罗贝勒勒克德浑为平南大将军，以固山额真叶臣佐之。也就是说，洪承畴招抚江南，只能算个“三把手”，还得受命于勒克德浑与叶臣两人。