1898年，曾经轰轰烈烈的“戊戌变法”以惨败而告终。谭嗣同等变法6君子喋血菜市口刑场，康有为、梁启超等维新派领袖则遭到清廷通缉。在这走投无路的关头，康、梁二人先后东渡日本，寻求政治庇护。
无独有偶，1895年，孙中山在香港筹划广州起义，失败后也辗转流亡到了日本。从此，孙中山与这片土地结上了不解之缘。据统计，在长达30多年的革命生涯中，孙中山先后出入日本16次，在日本驻留时间累计达9年6个月，是他整个革命生涯的近1/3，简直把这个岛国当做了自己的“快乐老家”。
除了康、梁和孙中山，当时中国一大批有志于改良或者革命的志士们如章太炎、黄兴、陈少白都曾经来到日本避难。对这“一小撮”来自中国的政治难民们，日本政府似乎也不闻不问，任由他们在这里创办进步报刊，结社立党，鼓吹各自的理念。有人说，日本是辛亥革命的摇篮，这种说法有一定道理。
事实上，日本政府对康有为、孙中山等仁人志士，给予了极为优厚的待遇。1898年10月，当康有为率中弟子仓皇离开中国，在海上凭船临风，心里一定百感交集，酸楚不能自语。好在他来到东京后，得到了日本内阁总理大臣大隈重信的接见，并得到了日本政府方面提供的生活资助。比起以前那些颠倒流离、时时有生命危险的日子，可谓一个在天上、一个在地上。
生活好了，心情就好。在日本期间，康有为在进行政治活动之余，还频繁造访亲朋好友。有一次，康有为被邀请参加华侨梁渭家的婚礼。闹洞房时，康有为兴致勃勃地写了八个大字“司月二大旦牛住了”。然后，请新郎和新娘在每个字上加上一笔，组成一句贺词。等他们加完之后，大伙儿哄地一下笑出声来。原来正是“同用工夫早生佳子”八个字。
在这种环境下，本来就三妻四妾的康有为还娶了一位日本妻子。那日宾客云集，非常热闹，一点都看不出流亡异国他乡的样子。
孙中山在与日本的黑白两道、政官财商都有广泛联系，其中包括在1931年底到1932年作过日本首相的犬养毅，战前最大的右翼社团玄洋社发起人头山满、黑龙会成员浪人宫崎寅藏（滔天）等人。这些在日本政坛呼风唤雨的人物，为孙中山的政治避难、宣传革命、发动筹款等事宜出了不少力。有的甚至还直接参与革命。在孙中山领导的反清起义中，就有许多日本友人身影。其中，山田良政是第一个牺牲的日本人，被孙中山称为“外国义士为中国共和牺牲者之第一人”。正是在他们的帮助下，孙中山在日本成立了同盟会，创办了同盟会的机关刊物《民报》，为辛亥革命的成功奠定了坚实的基础。
为什么日本会成为中国仁人志士的避难场所？
从中国仁人志士这边来看，他们愿意选择日本为最佳避难场所，第一个原因是日本的地理位置比较好，离中国本土不远也不近。当时，康、梁和孙中山可供选择避难（流亡）的国家不多，日本算一个，美国算一个，欧洲列国可算一个，除了日本，其余国家都路途遥远。虽然增加了清廷追捕的成本，但同时也增加了他们避难的成本，以后要回国发动维新或者革命也不方便。因此选择日本，是仁人志士们的主动之选。第二个原因是日本政府对中国仁人志士采取比较宽容亲近的态度，进出日本则相对容易一些。那时候美国还存在着充满种族歧视的排华法案，欧洲列国在移民问题上向来比较保守。至于香港、东南亚、朝鲜一带，不但离中国本土近，而且属于清朝的势力范围，卧榻之侧岂容他人鼾睡？所以，康、梁和孙中山们最多将之作为流亡海外的跳板。
那么，为什么日本政府对待中国仁人志士这么亲切友好呢？恐怕这还得从头说起。
我们形容中日关系，习惯称为“一衣带水”。但实际上，中日关系一贯很微妙。明朝时候，中日关系比较融洽（被称为倭寇的海盗，其实绝大部分是朝鲜人和中国人等冒名或混杂其间作乱），日本也比较服膺明朝的统治，以中华文明的分支自居，对中华宗主产生较强的认同感。
满清入关，在中日关系史上是一个分水岭。满清用屠刀政策推行的“辫发胡服”，在文明史上是一种严重的倒退，因此，让日本打心里看不起。在这以后，日本对中华宗主的认同感逐渐消退，对满清政府更是充满鄙夷的心态。顺便说一句，不但日本瞧不起满清政府，就连朝鲜、越南这些满清的藩属国也从骨子里蔑视满清政府。尤其是朝鲜。表面上，每年都来给清廷上贡，可背地里，朝鲜把清廷称为“虏朝”，把满清皇帝称为“胡皇”，并坚持使用明王朝的崇祯纪年，一直延续到崇祯二百六十五年。从某种意义上来说，这是文明对野蛮的鄙夷，是进步对落后的鄙夷，是潮流对反潮流的鄙夷。也许正是在这种鄙夷的心态之下，终满清200多年，日本没有与清廷进行友好往来。不仅如此，还常常在暗地里支持“反清复明”的中国仁人志士，如郑成功。1660年，日本德川幕府等四代将军德川家纲曾经应郑成功之约，派兵援助。只不过后来遇到海难，“舟不得前，乃回师。”现在，支持，康、梁和孙中山们似乎也是题中之义了。
另一方面，经过明治维新的日本，已经进入资本主义社会，从道义上是愿意与康、梁和孙中山们站在一起。就像当年的法国政府，要倾力支持美国脱离英国殖民统治一样。毕竟，不管是进行维新改良还是进行暴力革命，相对于腐朽的清廷来说，都是进步力量。所以，日本当局一直是默许、甚至是支持康、梁和孙中山的行动。
当然，在国际关系中，没有永远的朋友，也没有永远的敌人。当清廷一再向日本施压，要求他们驱逐康、梁和孙中山等时，日本政府也一度屈服了，先后分别送了9000元和6000元给康有为和孙中山，“礼送”他们出境——作为主人，这还算得上比较得体吧？