3月28日，黑岛召集他的参谋们开始认真研究中途岛作战方案。但不久，他们就遇到了一个需要解决的手续问题。联合舰队是帝国海军的三大部分之一，另外两个是海军省和海军军令部。三者的职责大体上分别为作战、内务管理和计划。制定作战计划是军令部计划课的专门职责。该课课长由富冈定俊海军大佐担任，他聪明，头脑冷静，手下是一批年轻有为的军官。
这时，军令部设想美国反击日本可能采用的进攻路线有三条：阿留申群岛、马绍尔群岛和澳大利亚。军令部认为最后一条路线对日威胁最大。因此，富冈的计划课赞成攻击萨摩亚和斐济群岛，相信此举可诱出美国舰队来保护它与澳大利亚之间的交通线。但是，山本不同意这种设想，派出两名代表前往东京找富冈及其参谋们据理力争。
凡是了解山本的人都能估计到，他的特使一定是黑岛和渡边。这两个人对山本极端忠诚，都愿拼死实现山本的每一项计划。
首席参谋黑岛的饭量和酒量都大得惊人，就像埃尔·格列柯5笔下大斋期的修道士。在这样一个由不循规蹈矩的人煽动不满和怀疑的国度和时代，黑岛简直是个怪人。在他那紧绷的头皮下面，有一副虽说有些古怪，但十分灵光的脑子。山本对他甚是器重。
在联合舰队的参谋班子里，渡边是黑岛最好的朋友，也深得山本的喜爱。他高挑个儿，瘦骨嶙峋，长方脸，牙齿大而洁白，笑起来十分温和。渡边是个出色的计划参谋，为人单纯朴实，心地善良。
4月2日至5日，在一系列会议上，他们两人或一唱一和，或单枪匹马，雄辩地阐述山本的观点。他们说，首先，斐济和萨摩亚距离美国本土太远，即使失守，激起的舆论反应也不大可能强到足以诱出美太平洋舰队。其次，日本制造的军舰以牺牲航程换取了速度，到那么远的地方去作战不大现实。第三，美国的海军航空兵实力仍很强大。
要在这场辩论中取胜绝非易事。联合舰队的代表遭到各级不同程度的反对。富冈的顶头上司军令部第一部部长福留繁海军中将不喜欢中途岛作战计划，但没有表示坚决反对。富冈本人极力反对。他说，中途岛难以补充给养，而且会经常受到美远程飞机的袭击。这块环礁对日本没有战略价值。此外，富冈还提出美国是否会觉得不值得派舰队来冒险。
对于中途岛可以作为进攻夏威夷群岛的中途站的说法，富冈和他的航空专家三代辰吉海军中佐根本不以为然。他们说，日本没有进行这种大规模行动所需的部队和舰艇，即使有，中途岛这区区弹丸之地也容纳不下。
三代是最强烈反对中途岛计划的。他主张攻打新喀里多尼亚，以切断同盟国的交通线，迫敌于靠近日本基地而远离美国的海区进行决战。作为富冈计划课里唯一的飞行员，他从技术角度摆出了种种反对中途岛计划的理由：山本想在那里建立的空中巡逻不可能覆盖中途岛至阿留申群岛的整个区域。虽然在必要时能飞出750海里，但是飞600海里更为实际。即便飞出600海里，飞机也只能在这个限度内停留很短时间。如果出现这种情况，再碰上恶劣天气，就意味着美舰可能会躲过日方侦察。他说：“建立这种巡逻基地简直是胡说八道。”他指出，这一方案不过是纸上谈兵，这样的基地很难防守，极易受到敌潜艇炮火和B-17轰炸机的攻击。
最后，渡边打电话向联合舰队司令部作了汇报。他返回富冈的办公室后，把司令部的答复告诉了与会者：山本已经声明，如果他的计划不被采纳，他可能辞职。考虑到山本的地位和威望，军令部只好十分勉强地撤销了反对意见。讨论珍珠港作战计划时的情况重演了——山本僭取了本不属于他的职责，并以不能如愿就辞职相威胁，于是军令部只好屈从了他那客客气气的讹诈。6
三代十分伤心，“痛哭流涕”。福留繁开导他，要他“降低”反对的调子，指示他研究联合舰队的计划并对就该计划须作出的兵力调整提出建议。黑岛和渡边摇起了橄榄枝，许下诺言说，联合舰队在中途岛得手后一定去对付斐济和萨摩亚——有谁能怀疑日本会打赢中途岛这一仗呢？谁能怀疑联合舰队的威力，特别是南云的航母部队就在那一天-4月5日重创了停泊在锡兰科伦坡港内的敌运输舰队后又击沉了英巡洋舰“多塞特郡号”和“康沃尔号”？
军令部要求修改这一作战计划，联合舰队表示同意。山本原计划集中全部兵力攻打中途岛，而军令部的意见是同时对阿留申群岛实施攻击。攻打阿留申群岛不仅是一次牵制性行动——渡边很喜欢兵分两路的方法——而且也是海军对建立“大东亚共荣圈”的一个贡献。东京方面的计划制定者们已经意识到阿留申群岛一带常有恶劣天气，难以成为有效的基地；但是该地区可以成为经过中途岛不远处并一直延伸到新几内亚和澳大利亚之间的托里斯海峡这一弧形保护圈的锚地。此外，日军控制阿留申群岛后，即使俄国参加对日作战，美国也无法在荷兰港与符拉迪沃斯托克之间实施穿梭轰炸。
于是，有那么一段时间，双方皆大欢喜。对联合舰队来说，攻打中途岛计划得到了军令部的批准，而军令部也得到了联合舰队把攻打阿留申群岛纳入该计划的保证。最感到高兴的也许要数南云部队了。4月9日，它轰炸了英国在锡兰的亭可马里基地内的飞机和设施，那天晚些时候又击沉了英国航空母舰“赫尔默斯号”及其护航驱逐舰“吸血鬼号”。
如果说山本还需要证明自己坚持攻打中途岛的意见是正确的，那么1942年4月18日那天获得了证据：美国的詹姆斯·杜利特尔陆军中校率16架B-25轰炸机飞袭东京、横滨和其他一些日本城市。日本海军当局早就估计到了这种可能性。宇垣在1941年12月26日就在日记中写道：“几乎可以肯定，美国在重整旗鼓之后一定会来报复……必须保护东京使其不受空袭，这是必须牢记的最重要的事情。”
早在1942年2月8日，联合舰队作战参谋三和义勇海军中佐就预料到“敌空袭东京”的可能性，但认为这并不是个“大问题”。不过，毕竟“……东京是我们的首都，是我们神圣国土的中心。因此，从这个意义上说，无论如何不能让此类事情发生”。
这位43岁英俊、聪明的飞行员并不是无事惊慌的人。他原在霞浦——日本的彭萨科拉7——任主任参谋的要职。1941年战争爆发前一个月，山本需要他在海军航空方面出色的经验和迅速、准确的专业判断能力，把他调到身边当参谋。三和不仅是个训练有素的飞行员，而且在过去近20年中曾在日本海军航空部队的各个部门任过职，研究过并熟谙空中战术和战略。他毕业于东京海军参谋学院，因此，将来很有可能晋升为将官。
南云及其幕僚们对杜利特尔空袭东京的消息并没有感到十分意外。当时，南云正率领“赤城号”从印度洋回国，驶至福摩萨8与菲律宾群岛中间。他们已经预见到美国人迟早要采取这种行动，但估计袭击将来自航空母舰上的海军飞机，而且这艘航母要抵近到距日本本土300海里处才行。然而，杜利特尔使用的是陆军轰炸机，是从距日本本土约700海里外起飞的。这就打乱了日本的防御计划，因为，尽管日方已接到关于发现美特混舰队的报告，但他们估计敌机次日才会出现。三和写道：“因此，当东京来电话说东京和横滨地区遭到轰炸，我们根本不相信。”
不仅如此，那些美机飞得出人意料的低，躲过了日本陆军的战斗机。渊田及其飞行员们认为美这次空袭战略实在高超。当了解到空袭飞机是单程飞行时，他们对这些人表示了由衷的钦佩。
虽然杜利特尔的空袭实际战果甚微，但正如黑岛所说，它“使日本打了个冷战”。日本报纸《东京日日新闻》为此发表了一篇调子冷静的社论：
在现代战争中，不可能绝对排除敌方空袭的可能性，这是人所共知的常识。敌方星期六对京滨地区和其他地区的空袭只是表明不可避免的事确实发生了，在大东亚圣战中，日本正在与具有强大空中力量的可怕对手较量，因此，我们对这类事件是有充分准备的……
皇室绝对安全……
虽然这次空袭对日本是第一次；但这类事件还会经常发生，全体国民必须有所准备。据信，以后的空袭会更猛烈，规模会更大。全体国民必须抱定更坚定的决心，冷静而充满信心地对付之。
这种极其客观而现实的态度持续的时间不长。没多久，陆军就宣布它击落了9架敌机。三和在日记中说：“事实上一架敌机也没有打下来。我真不明白陆军虚报战绩目的何在？”“目的”很清楚，因为报界不久就开始掩饰空袭事件。4月27日（星期三），政府的英文报纸《日本时报和广告报》评论说：
这件事本是一件不引人注意的小事，大多数东京市民都没有意识到这次空袭警报与平时防空演习警报有什么不同……
日本空防的成功可以从下面的事实看出来：只有约10架敌机在中午时突破了日本警戒线……一艘美航空母舰可以起飞近百架飞机，但仅有10架突入我几乎密不透风的空防，这真是少有的纪录。
……这次空袭最确凿地证明美国现在是处于多么绝望的境地……这次空袭纯粹是为了讨好美国国内的公众，堵住他们的嘴巴，平息他们的批评……
虽然这服镇静剂挺甜，但仍有许多日本人因为看到海军竟然让美国人的军舰开到离神圣的本土海岸这么近的地方而有所醒悟。山本本人收到的信件中虽然不乏他听惯了的赞美之词，但也有不少是对他兴师问罪的。这次空袭对山本的傲气是当头棒喝。他对天皇和皇族的安全忧心忡仲，进攻的劲头也小了下来，此后再也没有完全恢复。现在，他比以往任何时候都更加坚持要在阿留申群岛和中途岛之间建立警戒线。三和在4月20日的日记中概括地归纳了山本的推论：
根据在云南抓获的俘虏的供词，美机好像是从航母上起飞的。倘若果真如此，即便他们是敌人，他们的行动也该被看成是很棒的。要压制敌方这类企图，就必须在夏威夷登陆，舍此别无他法。这样，登上中途岛就成了先决条件。这正是联合舰队极力主张中途岛作战的原因所在。
不仅如此，在杜利特尔空袭东京后，原先拒绝参加中途岛作战的日本陆军也坚决请战。
陆军部长史汀生发现，“观察他们（日本人）在这种情况下的举动很有意思。他们并没有很好地自我克制”。他原来对“总统青睐的这个计划”还“有些怀疑”，担心这次空袭“不会对日本造成多大损伤，反而会导致他们激烈的报复”。现在他承认这次行动在心理上产生的效果“很好……”。
然而，4月21日，史汀生部长召见参谋长乔治·C.马歇尔将军和陆军航空兵司令H.H.阿诺德将军，跟他们“认真地商谈了……有关日军攻打西海岸的可能性……”，他在日记中作了说明：
……我深感有这种危险：我们最近轰炸了东京和横滨，日本人大丢其脸，他们一定会动用航母进行反攻。但是西海岸兵力仍然严重不足，而且麻烦的是，我们还很难派轰炸机去支援他们。
一位对珊瑚海海战进行分析的美国专家把杜利特尔空袭东京所产生的意外结果列为一条经验教训：
整个这次行动突出了一条战略原则：空袭可以造成大大超过预期的战略效果。这次空袭规模太小，未能给对方造成物质上的重大创伤；但是，由于对方担心再次遭袭，所以这次袭击的政治影响是巨大的，而且看来已经使日本改变了它在其他战区的作战时间表。显然……日本实施包括攻占中途岛在内的总的战略计划的决心更坚定了。
从地理上说，让南云的航母部队去追击杜利特尔的那艘航母是不可行的，于是日本的航空母舰驶回本土，准备进行休整、修理和训练。4月22日抵达日本后，南云和参谋们没有耽搁，旋即登上“大和号”。在旗舰的参谋室里，他们第一次听到了拟议中的中途岛作战计划。总的说来，航母上来的人赞成这个计划，尤其是恃强逞能的第二航空母舰战队司令山口多闻海军少将。他一直想大打一场，渴望把美国的舰队清除出太平洋。
南云的航空参谋、聪明能干的源田实海军中佐把这次新的行动看作是完成珍珠港袭击未竟之事的一个机会。他说：“我赞成这项计划，因为我希望通过中途岛之战，我们能有机会迫使美主力与我决战。”当听到联合舰队计划以后还要攻占夏威夷时，他认为作为第一步攻打中途岛环礁是很重要的，不过他更希望把中途岛“行动”作为舰队行动，而不是登陆作战。
源田注意到南云的态度“并不十分明朗”。他的多数同事对这一步没有什么反应。源田听说有人提出在阿留申群岛与中途岛之间建立一道屏障保护本土，觉得这是一种“幼稚的做法”。按南云的参谋长草鹿龙之介海军少将的说法，第一航空舰队的大多数参谋“反对此项计划，他们向联合舰队司令部提出了强烈的反对意见”，草鹿自己就带头反对：
我反对这个计划，理由是：尽管自珍珠港作战以来，机动部队在各战区战果辉煌，但是它，特别是它的飞行员已精疲力竭，舰艇和设备也需要维修。我的意见是将这些飞行员调到岸上的空军基地去，为下次作战训练新的飞行员，同时，应换上新飞行员，修缮舰艇，补充武器弹药。补充了经过新训的飞行员之后，机动部队就有能力投入下次战斗。再说，进攻中途岛是否明智我还很怀疑。
不过，第一航空舰队的幕僚们很快就明白了：请他们来是让他们听取指示而不是发表意见的。正如草鹿所说：“事实上，这一计划联合舰队司令部早已确定，我们只好全盘接受。”但是，一向公正、不偏不倚的草鹿承认，山本根本不必这么硬逼他们。他在日记中坦率地写道：“由于在第一阶段轻易取胜，我们日本人瞧不起美国人的力量，感到自己很了不起。也就是说，我们以为，即使他们会出来跟我们打，我们也能轻而易举地消灭他们。”南云虽然同意草鹿的想法，可他毫不怀疑自己的舰队能够胜利完成山本交给的任何任务。
4月28日，山本在“大和号”上召集会议，探讨战争第一阶段的经验教训。三和讥讽地说：“……研究至今仍是场场胜利的战争，这样的会议令人愉快，可是并没有产生多少结果。”
会上，山口极力主张应将联合舰队组建以航母为核心的三支庞大的机动部队。这与源田的想法不谋而合。他俩都认为日本的战列舰、巡洋舰、驱逐舰等支援舰艇的数量绰绰有余，完全可用作掩护部队；认为日本有足够的航母把两支庞大的机群运送到海上，而且，按预定计划，到年底还会有足够的新航母入列，可用来组成第三支机动部队。飞行员们得到的印象是，联合舰队司令部同意了他们的建议，但是时间一天天地过去了，却总不见建议被落实。
山本对这种普遍进行自吹自擂的气氛有些恼火。4月29日18：00，他在会议结束时简短地讲了几句告诫的话：“如果不根据长远计划进行更多的作战准备并在作战中作出更大努力，最后胜利是很难取得的。”他强调指出，“如果陶醉于过去的一系列战斗胜利，并认为今后我们一定也会战无不胜，这种思想就像疾病缠身，是有害的。”
同一天，即4月29日，尼米兹向美国舰队总司令欧内斯特·J.金海军上将发了一份电报。要是山本看了，真不知他在会上对那些忠心耿耿而又沾沾自喜的部下会说些什么。尼米兹的电报说：
中途岛防御问题……我认为该岛目前能抵御中等规模的进攻，但对付大规模的进攻则需舰队支援。我拟于5月2日上午视察该岛。我将充分考虑加强及支援该岛的可行措施。