早在珊瑚海战役开始前，旨在进攻中途岛的训练工作就已开始。现在，该战役已经结束，而训练工作仍在进行。一直关注着这一训练的南云痛心地看到人员的素质起了变化。任何懂行的人一看就知道，这种随随便便、马马虎虎的演习很难令人相信这就是为袭击珍珠港曾受过持久不懈的严格细致训练的海军航空兵部队。在许多方面，它确实是今不如昔了。
南云的4艘航空母舰中，只有被认为运气很好的坚强老姑娘“加贺号”仍处于良好状态，可供飞机起降练习。其余3艘在海上活动数月后均需大修和补充。因此，5月初的演习一结束，南云就改“加贺号”为旗舰，直到5月中旬“赤城号”返回濑户内海。
总的说来，那些觉得应该对作训负主要责任的人对训练计划是不满意的。这种情绪不无道理。虽然大家都是从自己的角度看问题，但一致认为训练效果不尽如人意。
在源田看来，时间太紧。他说：“我们没有充足的时间来训练飞行员。结果，训练就没有珍珠港作战前那样充分。只有新近配备的彗星式舰载侦察机例外。它们的飞行员虽然数量很少，但都受过以跟踪敌航母为重点的专门训练。”他承认，“没有采取特别的训练措施。因为我相信迄今为止所运用的训练方法和作战程序在即将进行的中途岛战役中可以奏效。但是，鉴于珊瑚海战役的经验，鱼雷轰炸机投放鱼雷的高度被尽可能地降低了。”
桥口看到中途岛战役前与袭击珍珠港前在准备工作上的明显不同：
袭击珍珠港之前，攻击训练极为充分。训练中使用了珍珠港的模型。结果，飞行员们对该岛的地形、各自的攻击目标、攻击路线、攻击方式等都很熟悉。而中途岛战役开始前训练时间很短。而且当时的重点显然不是放在训练上，而是放在完成准备工作和补充上。
桥口还说，“另一原因也许是舰载机飞行员已受过良好的训练。”显然，由于6个月来连战皆捷，这些老飞行员对中途岛战前的例行复习训练并不十分认真。
使南云担心的是：准备的时间太少，补充的新手太多。他在中途岛战役以后报告说，由于这些原因，“……除基本训练外，实际上没有人受过进一步训练”。说实在的，人们不禁要问：南云这些哀叹有多少是对当时情况的准确诚实的回顾，又有多少是事后推脱责任的托词：
毫无经验的飞行员刚刚达到白天在航空母舰上降落的水平……甚至一些较有经验的飞行员技术也荒疏了。没有机会进行联合训练，这样，联络部队、照明部队、攻击部队之间当然不可能协同动作，因此，夜间进攻取得满意效果的可能性近乎为零。
水平轰炸机的长机们在岩国以战列舰“摄津号”为靶子进行演练，达到了“较好的技术水平，但他们没有机会参加编队轰炸演练”。俯冲轰炸机要往返于基地与濑户内海西部之间，浪费了许多宝贵的时间，原因是“摄津号”不能开到它们的基地附近。而且，这些人员“如果每天的俯冲轰炸练习超过一次，他们的基本训练就会受到严重干扰”。他们的空战演练情况也不妙，“仅仅进行了单机空战实弹射击和基本训练。较有经验的飞行员虽然参加了编队空战战术演练，但也只限于三机编队”。
鱼雷机轰炸是日本的拿手好戏，在珍珠港战功卓著。然而现在的情况非常糟糕。5月中旬进行了模拟攻击，由横须贺陆军航空队的军官担任裁判，结果并不令人乐观。事实上，“这些演习的结果令人失望，连一些裁判都感慨地说，水平如此低劣的人员竟然能在珊瑚海战役中取得辉煌战果，简直不可思议”。
显然没有人告诉他们这些并不是参加珊瑚海战役的飞行员，他们的惊讶也没有使他们去探究珊瑚海战役的战果是否确如宣扬的那么“辉煌”。从该战役结束至5月底，日本沉浸在一片自吹自擂之中。
5月13日，《日本时报与广告报》真的大吹特吹了一番。一篇未署名的文章乐观地宣称：“大东亚圣战开始以来，美国海军的这些失败几乎排除了日美在太平洋再次进行大海战的可能性。美国海军的主力舰队正躺在太平洋底。美国还有没有能力再派舰队到太平洋来是大可怀疑的。”
对于正在准备“一场未来大海战”的海军来说，这种对己方优势如此想当然的态度是有害的。如果少一点想当然，日本人也许会加紧修复“翔鹤号”，补充“瑞鹤号”，使它们参加中途岛战役。即便不把美国人的作战效能和战斗意志放在眼里，日本人也不应忘记一句中国的古老谚语：“狮子搏兔，亦用全力。”
然而草鹿想到的是日本的一句俗话：“一人追两兔，一只也捉不住。”他担心在即将到来的战役中这句话会应验在肩负双重任务的第一航空舰队身上。他解释道：
联合舰队的作战计划给我们规定了两个目标：一是在以攻占中途岛为主要目标的战斗中担任突击部队，二是当敌特混舰队出迎我军时将其歼灭。从整个作战计划考虑，应以前者为主。而且还应考虑到敌可能出动陆基飞机对我发动进攻……这是我最担心的，因为这意味着第一航空舰队要同时追逐两只兔子。
但是在临战前这一关键时期，草鹿没有向南云提出意见和建议。他正在东京鼓动高级将领同意像海军对待袖珍潜艇的人员那样，给在珍珠港阵亡的飞行员追加两级。对于源田、渊田和他们的飞行员来说，这个问题很棘手。使他们极为反感的是：那些作战勇敢、勇于牺牲，然而又可怜可悲、无甚建树的袖珍潜艇人员明显地受到了偏爱。那些艇员心甘情愿地为国家、为天皇尽了忠，理应享受荣誉。但是，那些飞行员何尝不是这样？而且，他们没有白白牺牲，他们完成了任务。所以，第一航空舰队全体官兵一致要求给他们的英雄以同样待遇。但是，这一切都已过去。当前，源田和渊田倒是非常希望草鹿这位能够安定人心的将领在为下次战役操劳，而不是为过去的争论费心。
南云在训练中遇到的问题有增无减。“加贺号”从“清晨到黄昏”忙碌于飞机的起降训练，“但即使这样，有经验的飞行员每人也只有一次机会进行黄昏降落”。气候条件允许时，他们每天都进行夜间飞行训练，但由于维修保障和时间有限，“没有经验的飞行员只学了最基本的技术”。总之，南云无法回避的事实是，“由于需要进行人员的补充和调动，各舰的战斗效能大大下降”。
作战计划的保密问题亦非无懈可击。草鹿说：“与珍珠港作战时的情形相比，我们不能不承认对这次作战计划的保密问题缺乏细致的考虑。”的确，该计划的抄件散发面很广，甚至发到了非参战部队。在锚地，联合舰队正在准备一次大的行动似乎已经成了公开的秘密。
在海军军令部，气氛也是这样。在珍珠港作战时率领第六舰队（潜艇舰队）的清水光美海军中将于1942年2月哈尔西袭击马绍尔群岛时颈部为弹片所伤，此时已经康复，临时在军令部任职。他“大约每隔一天”就到其挚友军令部次长伊藤整一海军中将的办公室小坐。在东京那里，他看到了中途岛战役的准备情况。他回忆说：“中途岛战役开始前我就有些担心，因为在军令部和其他地方，人们过分公开地谈论这一战役，这与珍珠港作战前的情形差别太大，使我担心。”
日本人当时就是这样自信，而所有这些考虑也只是事后回过头来看才显得重要。源田对这一战役的信心虽不及对珍珠港和印度洋战役那么足，但是并没有预感到灾难临头，只是朦朦胧胧地感到太受束缚，缺乏灵活性。“机动部队的行动自由在时间上给限死了。”他解释说，“由于对中途岛发起攻击的日期已经确定，这就限定了机动部队发起攻击的时间及其进攻位置的选择。”
战前就感到或至少承认自己感到忧虑不安的只是极少数。三和是其中之一。他虽然对取胜未表示怀疑，但确实感到情况不妙，十分不安。5月14日，也就是他为高桥的死感到难受的那一天，他在日记中写道：“据报美海军正在把建造战舰的方针从战列舰转向航空母舰。可以说他们终于赶上来了；如果他们现在就全面转变，那他们就比我们先进了。”这是多么敏锐、实在的看法！
次日，日本侦察机报告，南太平洋发现2艘美航母，并正确地判断它们是“企业号”和“大黄蜂号”。三和对哈尔西在那里出现感到莫名其妙，写道：“我们不理解这支敌舰队到那里干什么。敌人的这种行动使我们感到其战术低劣。如果这时他们集中一支航母部队从南面发动强攻，甚至可以轻而易举地摧毁我特鲁克基地。既然他们分散使用航空母舰，他们就将陷于绝境。”美国人十分幸运：日本人只看到对方而没有看到自己违反了集中兵力这一作战原则。事实上，正如我们已看到的，哈尔西的2艘航空母舰已在返回珍珠港的途中。
5月17日17：00，“翔鹤号”吃力地驶入吴港。三和写道：“它的损伤程度虽不及想象的那么严重，但看来需要3个月才能修复。它遭到了近百架敌机的攻击，损伤只达到这个程度，所以必须承认它很幸运，也可以说敌航空兵的技术相当差。”
三和说“翔鹤号”运气好，真是一点也没有说错。该舰在进港前一天又差点遭殃。“海神号”是深入日本领海的美潜艇之一，当时它在四国以南发现了“翔鹤号”及其2艘护航驱逐舰，但潜艇的速度不及它们的快，没有追上。
三和把“翔鹤号”的损伤情况说轻了。按渊田的说法，该航母是太平洋战争开始以来进港维修损伤最重的舰艇。然而从当时的情况看，三和认为美国人的射击术有待提高是有道理的。但是，美国人的绝大多数鱼雷之所以未能中的，是因为鱼雷质量太差，有些鱼雷即使直接命中了目标也没有爆炸；有的入水太深，从目标舰下方通过，未能伤及敌舰。对此，飞行员和潜艇人员都气得破口大骂。
不过，对美潜艇的战绩不可过于鄙视，情况很快就有了改观。在“翔鹤号”进港的当天，5月17日，“海神号”艇长查尔斯·C.柯克帕特里克海军少校因未能追上那艘日航母的懊悔心情得到了一些安慰。他的潜艇在九州外的水下潜行时，发现日潜水艇“伊-164号”在水面上行驶。仔细瞄准对方驾驶指挥塔上漆着的旗子，柯克帕特里克开了火，仅用一枚鱼雷就炸掉了这艘毫无戒备的潜艇，把一大块舰身炸上了天。可以认为这是中途岛战役中流的第一滴血，因为“伊-164号”属第五潜艇战队，根据中途岛战役计划，该战队是组成日潜艇警戒线的重要部分。
取代负伤的清水担任第六舰队司令的小松海军中将为完成山本赋予的极为重要的任务——侦察美舰队的活动情况，需要使用能调集的所有潜艇。在位于马绍尔群岛的夸贾林岛的老式训练用巡洋舰“香取号”上，他派出以宫崎武春海军大佐为司令的、由“伊-121号”、“伊-122号”、“伊-123号”潜艇组成的第十三潜艇分队悄悄通过太平洋驶抵夏威夷西北约500海里处的弗伦奇弗里格特沙洲。我们早已交代过，它们将在那里待命并为两架川西2式远程水上飞机加油。
5月17日，日本人的注意力也集中到受伤的“翔鹤号”上，因为山本、宇垣及其他参谋们正在上面视察。与三和一样，宇垣也表示“翔鹤号”的运气好，未受到更大的损失。宇垣在日记中说：“悼念了近100名阵亡海军人员，其中40名是机组人员。探望了伤员。对烧伤人员表示了慰问。”
三和随同视察后，在日记中简洁地写道：“这是很好的作战经验。高桥少佐及其他40人的阵亡可谓重大牺牲，但是可以告慰他们的是：他们的牺牲换来了击沉2艘敌航母的辉煌战果。”
在评价当天训练演习时，南云可没有那么豁达。他的飞行员与第八巡洋舰战队进行了对抗演习。该战队行驶速度相当快，达到30节，但为了让对方表现好一些，故意只转了45°的弯，然而“飞行员的成绩仍然糟糕得很。”南云说，“水深只有40-50米，可是有1/3左右的鱼雷没有击中目标。”
视察“翔鹤号”后，宇垣与军令部第一课（人事课）课长中原义一14海军少将就对珍珠港作战中的阵亡人员追加两级这一棘手问题进行了讨论。
是否按第一航空舰队的请求，实行对所有阵亡人员追加两级的制度，或者对谁都不追加，这对海军内外都会产生很大的影响。我们达成了协议，决定按以前规定对选定的少数人员实行此项制度。
宇垣对当天的决定作了上述归纳。显然，他担心这次开了先例，以后就很难办。在大规模的战争中，不可能对所有阵亡人员追加两级，否则就抹去了各种荣誉的区别。另一方面，海军已经给予袖珍潜艇人员这种奖赏，如果撤回，会使整个帝国感到愤慨。唯一不伤海军面子的办法是对第一航空舰队好言相劝，让他们同意只对经挑选的少数人追加两级。
据宇垣说，山本非正式地同意了此项决定，并命令第一航空舰队向海军省提交他们认为需享受这种追加的人员名单。山本和宇垣本该知道草鹿办事很公正，不会在他那些光荣阵亡的官兵中进行挑选的。5月19日13：00，当“大和号”停泊在柱岛时，南云和草鹿来到舰上。草鹿再次与山本讨论了这个问题，“但结果仍然是坚持既定方针。”宇垣说。问题就这样搁置下了。
海军内部的这场争论是一种令人不安的先兆，否则根本不值一提。随即潜艇人员被授予荣誉，但飞行人员却被忽视了，这一情况清楚地表明联合舰队仍然没有把飞行员看作是自己的海上亲兄弟。
同一天，三和与黑岛就第二战列舰战队问题争论起来。三和倾向于将它从联合舰队调出，用于训练，而黑岛坚持认为应让它参加中途岛战役。三和心神不宁，担心美太平洋舰队不会如他们所料的那样出现。这样，他所预期的这次大规模突然袭击的主要目的就达不到了。
然而，5月20日，山本向舰队所有作战部队下达了正式命令：按演习时的规定参加战斗。命令中包括了对中途岛、夏威夷和阿留申群岛敌方实力的估计：阿留申群岛不屑一提，因为除荷兰港外，那里没有美军的重要设施和兵力。日本人推断：日军对中途岛发起进攻后，美军在夏威夷一带可能出动下述部队：2-3艘航空母舰、2-3艘特种航空母舰、2艘战列舰、4-5艘A型巡洋舰、3-4艘B型巡洋舰、4艘轻巡洋舰、约30艘驱逐舰以及25艘潜艇。
截至5月20日，日本人对大型航空母舰、各类巡洋舰、驱逐舰和潜艇的估计均准确无误。但是，美国人在中太平洋没有特种航空母舰，没有战列舰；而且到参加会战时，只有8艘巡洋舰和14艘驱逐舰留在中途岛一带，其余各舰均已派往阿留申群岛。
日本人估计美航空母舰为2-3艘是基于下述可能性：报道说已经沉在珊瑚海海底的航空母舰中也许有1艘只受损伤，“大黄蜂号”——其下落对日本人仍是个难解的谜——也许就在太平洋上。这一估计还考虑到在夏威夷一带可能有美军飞机，一旦出现紧急情况，它们可立即被派往中途岛。他们估计这支空中力量为：约有60架水上飞机、100架轰炸机、200架战斗机。这一估计虽不绝对准确，但与事实也相差无几。
根据山本收到的最佳情报，中途岛守军有2个中队的水上飞机，即24架；1个中队（12架）的陆军轰炸机；1个中队的战斗机，即20架。根据情报部门的报告，这支力量在紧急时实力可以增加一倍。此外，中途岛方面已派飞机在其以西600海里范围内日夜巡逻，而且至少有3架战斗机一直在环礁上空巡逻；空中巡逻还得到水面舰艇和数艘潜艇的支援。报告还指出，“岛上除部署了高射机枪，还有大批各种型号的大口径水平及高射火炮。”海军陆战队已经上岛。“总之，该岛防御力量很强。”所有这些情报都相当准确。
这些估计进一步表明：必须在派出登陆部队之前，进行一次或两次大规模强有力的空袭，以摧毁中途岛上所有防御设施。在某种程度上可以说，随着对即将开始的战役的计划、训练和各种准备工作的展开，山本及其司令部对这两个小岛越来越着迷了。