斯普鲁恩斯还不知道，就在他出发的当天，即日本时间1942年5月29日06：00，山本的主力部队已从柱岛起程，而斯普鲁恩斯的舰队全部驶出珍珠港时，山本的主力部队已在驶向丰后水道的途中。
在这支舰队最前面的是第三驱逐舰战队的旗舰“川内号”轻巡洋舰，上面飘着海军少将桥本信太郎的帅旗。与日本大多数轻巡洋舰一样，“川内号”也是20世纪20年代的老舰，但在20世纪30年代和1940年进行过改装。它后面有不下20艘驱逐舰——5个分队，各有4艘。其中，2个分队属于桥本自己的第三驱逐舰战队，另外3个分队由岸福治海军少将指挥。驱逐舰战队后面是岸福治的第三巡洋舰战队26的2艘轻巡洋舰“北上号”和“大井号”，其排水量均为5800吨，均可携80枚水雷。这两艘舰在1940年和1941年进行过更新改装。
虽然这些舰艇相当威风，但充其量只是餐前小吃，它们后面才是山本的一道大莱——战列舰。第一战列舰战队由山本司令官直接指挥。虽然它只有3艘舰，但都不可小觑。“大和号”长850英尺，宽近130英尺，满载排水量为6.9988万吨，是当时世界上最大的战舰。事实上，它的冠军地位一直保持到1963年美核动力航母“企业号”下水。舰上9门三联装18.1英寸口径的大炮一次齐发就可射出约13吨炮弹。其2500名舰员感到在舰上就像在家里一样安全，因为任何主力舰都无法靠近与之格斗。“大和号”不仅体积大、火力强，而且速度也快得惊人，高达27节。
战列舰“长门号”和“陆奥号”是姊妹舰，排水量均为3.27万吨。两艘吨位总和远不及旗舰“大和号”。它们比“大和号”小，但最大速度与这个海上庞然大物也所差无几。作为战舰，它们都相当老了。“长门号”是1920年11月在吴港下水的；11个月后，“陆奥号”在横须贺下水。两艘舰上除一些高炮和机枪外，都装有8门16英寸、20门5.5英寸口径的大炮。两艘舰都在20世纪30年代进行了彻底改装，更换了锅炉，加装了3层舰底以增强防潜能力。
在山本的3艘巨型战列舰后面的是高须四郎海军中将的第二战列舰战队的4艘较轻些的战列舰，其中“日向号”为旗舰。这4艘战列舰均为第一次世界大战时的老舰。“伊势号”和“日向号”是姊妹舰，“扶桑号”和“山城号”也是姊妹舰。后两艘是日本海军中最老的舰艇，分别在1915年11月和1917年3月开始服役。这4艘战舰是针对日德兰式的海战27而制造的。若是遇到类似当时的形势，它们完全可以打得很出色。舰上有12门14英寸口径、威力仍然很大的大炮，加上舰上一批轻型辅助火炮，整个火力——就其舰体大小而言——是极其强大的。
在这支舰队里还有4艘吨位不大但不可缺少的油船。“夕风号”驱逐舰与搭载了8架轰炸机的小型航母“凤翔号”一起担任这支浩浩荡荡的海军力量的后卫。与美舰“兰利号”大小相当的“凤翔号”还小有名气。它是日本研制出的第一艘航空母舰，虽然有些老的军舰在它之前就被改作航母使用。这个勇敢的小先锋命中注定要比在它以后制造的各艘强大的日本航母的寿命长。它到1945年才在吴港投降，两年后在大阪被拆毁。
根据作战计划，高须的战列舰、岸福治的巡洋舰和驱逐舰及2艘油船将于6月3日（日本时间6月4日）离开编队前往支援对阿留申群岛的牵制性攻击，山本庞大的战列舰部队、第三驱逐舰战队、“凤翔号”航母及其护航部队、剩下的2艘油船则将继续向中途岛前进。搭载袖珍潜艇的水上飞机母舰“千代田号”和“日进号”也将随山本的大部队行动。
虽然山本计划要用他的重炮支援中途岛攻略作战，但是他的真实意图是伏击可能匆匆赶赴中途岛战场的美太平洋舰队可怜兮兮的残部。迄今为止，敌人依然不肯进入日本领海打一场势在必行的大规模决战，所以日本人就到美国人那边去打。根据海军军令部和联合舰队的估计，现在可以把这出经典大戏的舞台安全地搬到中太平洋去了。日海军航空兵已把美太平洋舰队切割成小块，山本的战车将把它们碾得粉碎。
历史女神克里俄还真有些幽默感——尽管它略带讽刺意味。两支敌对的舰队在同一天分别从各自的港口出发，朝着对方驶去，但又都不知对方的动向。尼米兹、弗莱彻和斯普鲁恩斯是在中途岛海战后几个月才知道当时山本的主力就在附近某处，山本及其幕僚在中途岛战役结束前，至少在战役进行了一段时间后，才隐约知道有一支规模可观的美国水面舰队出现在那里。
对美国来说，当时不了解这一情况不仅无关紧要，而且还有好处。即使尼米兹及特混舰队的两个司令官知道与其对垒的还有一支以包括“大和号”在内的7艘战列舰为核心的日本舰队，他们也不会改变战略。必须坚守中途岛，别无其他选择。尼米兹已经投入了所有的兵力。准确掌握了日方动向，反而会大大增加他们的心理负担。
然而，对山本来说，对敌方行动一无所知是灾难性的。知与不知直接关系到是大获全胜还是彻底惨败。
因此，山本倾尽全力，且信心百倍。“下午2时，舰队通过丰后水道，出现在大海上。据估计，那里常有敌潜艇出没。”三和写道，“自昨天上午到现在，我反潜部队已在那里发现一艘敌潜艇。”8日方情报机构说有6艘美潜艇在日本本土附近活动，因此，主力部队和近藤的部队都保持着高度警惕，防止来自水下的危险。吴港也派出舰艇和飞机对这一海域进行了搜索。
15：00，即进入公海一小时后，舰队以巡航队形前进。战列舰大致组成H形，“大和号”、“长门号”、“陆奥号”在右，一艘接着一艘，高须的四艘在左，“凤翔号”居于H中间一横的位置。处于这一关键位置，它就可以不断派出飞机在战列舰上空进行反潜巡逻。“川内号”和20艘驱逐舰在这个H形编队周围组成一个半径为1500米的保护圈。另外两艘巡洋舰殿后，两舰相距10千米，舰员们全神贯注地观察，看是否有敌潜艇在附近潜行。队形编好后，整个舰队以18节的航速向东南开进，每隔5或10分钟蛇形运动一次。
当晚风平浪静，皓月当空，但宇垣无心赏月。他心情烦躁地在日记中写道：“……处于警戒位置的驱逐舰战队的行动使人放心不下，必须时刻保持警惕。舰队转入夜间队形时就像抱小孩上床睡觉一样地小心翼翼。”
珍珠港这边，人们也无心赏月。福特岛海军航空站的作战处长——身体结实、头发乌黑的海军中校洛根·C.拉姆齐开了一整天的会，听取了飞往中途岛准备工作的情况报告。他正在发愁，中途岛上航空兵力量已经得到加强，因而越来越明显地需要一名能干的、经验丰富的军官去负责空中作战。赛马德正在管后勤事务及对岛上设施进行全面指挥，已经够忙了。太平洋舰队司令部决定派一名这样的指挥官到中途岛去，他们想物色一位美国海战学院毕业的海军飞行员。这是因为，大约在1935年，海战学院曾进行过一次以日本企图占领中途岛为假想背景的演习，参加过此次演习的军官对这方面有深入的了解，这样做可以节省时间。
由于参谋长德雷梅尔在海战学院曾是拉姆齐的战术教官，他很自然地想到了拉姆齐。而且，拉姆齐几乎是在海军航空兵部队长大的。他曾在服役多年的“兰利号”、“萨拉托加号”、“约克城号”及不走运的“列克星敦号”上当过飞行员。他精通水上飞机的飞行，后来又学会了驾驶陆上飞机，掌握了这门与操纵水上飞机大不相同的技术。因而，驻在中途岛上的这两种飞机他都懂。再者，他担任过瓦胡岛上包括陆军飞机在内的空中巡逻的协调军官，熟悉这两个军种间的活动。还由于他对人友善，容易结交，能够愉快而有效地同陆军人员一起工作。最后这一点很重要，尼米兹对陆、海军的合作极其重视。
由于上述原因，司令部理所当然地选定了拉姆齐并召见了他。德雷梅尔、有关参谋及尼米兹本人向他全面介绍了形势。拉姆齐坐在司令官的办公室里认真地记着所受领任务的各项目标，尼米兹对他作了范围广泛的指示，包括每一种可能出现的意外情况，甚至对作战可能失败这一严峻的问题也没有回避。如果日军攻占了中途岛，尼米兹的处境就会很糟。日本人一旦准备就绪，一定会进攻瓦胡岛，那时他就得集中夏威夷所有的空中力量来对付日军的攻势。因此，他命令拉姆齐：“万一中途岛有失陷的危险，务必把重武器、PBY和B-17轰炸机撤出来。”
作完指示，尼米兹问：“你有什么要求吗？”
“有，”拉姆齐立刻回答，“如果一切顺利，你会把我从中途岛调回来吗？”
尼米兹当场满口答应。如果拉姆齐能够成功地对中途岛周围实施巡逻搜索，继而又能在对该岛的空中防御中告捷，那么，调回瓦胡岛是他应得的起码奖赏。
与此同时，在海军船厂，弗朗的修船队员正加紧抢修“约克城号”。他们干了一下午，夜间又轮班干。舰上，铆钉枪嗒嗒嗒响个不停，奏出了未来的交响曲，焊枪在全舰撒下点点火花。由于队员们通宵达旦地辛苦劳作，“约克城号”突然活了过来。次日（夏威夷时间5月29日）晨，开始往“约克城号”所在的干坞内注水，这时数百名修船队员还在舰上敲敲打打。它缓缓地滑出干船坞，小心翼翼地进入正常泊位，在这里继续接受修理的同时，进行加油并接载飞机。
修理任务已经完成过半，但还有许多事情要做。照这样的速度——显然应该相信弗朗的能力——再有一天，“约克城号”即可出港。海军历来注重整洁，但现在不是讲究外表的时候，因此，不影响作战或舰体安全的部分就没有修理。“舰壳与一号舱壁之间的框架和横板”虽因近距脱靶弹而受损，但由于“仍有足够的材料撑着舰壳而未被换掉，只是把舰壳上的漏缝铆牢焊实……”
海军船厂在“约克城号”留厂修理的48小时多一点的时间里，“用等重、等强度、等剖面系数的材料换下了舰上被炸毁和损坏的部分”。看一看海军的正式报告吧，因为不带感情色彩的技术语言自有其效果：
49.第四层甲板上118号舱壁双层门上的大洞被焊上一块钢板，装上了标准的26英寸×18英寸水密门。第106号舱壁被炸毁的部分已更换。支撑109号横骨的沉重支柱已更换。被扭曲或打穿的腹板已更换。第三层甲板上的那个洞原先用一块10磅重的钢板盖着，这次船厂把钢板焊在上面，并更换了下面的横梁。第二层甲板上的几个洞已补好，该甲板下损坏的横梁也已更换。
50.主甲板下的所有水密门及水密舱盖都得到了维修，对其水密性能均进行了试验。C-401-T号便门未更换，各种杂七杂八的隔板和因受热而膨胀的金属舱壁均未修理，不过第二层甲板及其下面的所有主要水密门边缘都已修复。
在一般情况下，海军船厂只要像平常一样认真地把工作做好就行了。但这一次，“约克城号”既是弗莱彻的或者巴克马斯特的，也是他们自己的。在未来的战役中，它如能荣立战功，船厂也感到光荣，如遭到不测，船厂也会感到悲伤。
不过，如果认为“约克城号”离开船厂时与进来的时候差不多，那就错了。它不仅能够开动——虽然速度大大降低——而且能够起降飞机了。情况大体就是这样，但这样也就够了。
在“约克城号”上，许多人情绪不高。他们已经连续干了很长时间，按照海军任何一条不成文的规定，也该回陆上休个长假了。可是，他们还有作战任务，而且更糟的是，他们这批胜利者还将被拆散。“约克城号”鱼雷机中队VT-5的飞行员将由“萨拉托加号”VT-3的人接替。“约克城号”航母修好后，VB-5（轰炸机中队）将返回该舰，临时编为VS-5（侦察机中队），原先的VS-5将调到岸上，空缺由VS-3填补。虽然VT-42将番号改成VT-3，但许多老飞行员及其编号将被保留，而且，该中队的战斗机将增至27架，都是新的F4F-3“野猫式”战斗机。
VB-5是“约克城号”抵达珍珠港后唯一没有离开母舰的飞行中队。这使飞行员们十分恼火。他们在珊瑚海海战中伤亡惨重，不得不补充了8-10名新飞行员。他们借用福特岛军官俱乐部想搞一次临时聚会，但并没有起多大作用，而且由于没有扎领带，有人还威胁要把他们送上军事法庭。虽然这场风波安然平息，但这个中队日趋低落的士气并未因此而回升。
29日上午，行驶在“企业号”后面约2000码的“大黄蜂号”出了事故。08：45，在回收早上派出的巡逻飞机时，发现少了一架。一名飞行员报告说08：10发现溅起的水花，随即海面上泛起一片油渍。第十六特混舰队立即派遣驱逐舰“莫里号”离开编队寻找失踪的驾驶员R.D.米利曼海军预备队少尉及其机组成员报务下士T.R.普莱因。“莫里号”在这一海区仔细搜索了近四个小时，未见踪影，舰队只好下令放弃搜索，继续前进。
前一天下午，在“企业号”上发生过类似事故，但结果还令人欣慰。“6-T-1飞机返回时撞上了飞行甲板后端，在舰左舷尾部一侧落水。”驱逐舰“莫纳汉号”立即行动，救起了机组人员。E.E.林赛海军少校“数根肋骨折断，肺被刺破，复合外伤和多处撕裂伤”，机组其余人员只受了“轻伤”。
29日15：33，“企业号”上又紧张了一阵。瞭望哨报告在真北356°、距离40千码处发现一架四引擎轰炸机。值班人员即进入战备，母舰开始蛇形运动，并向神秘的飞机发出信号查问，但没有得到回答。不过，没有发生引起惊慌的事情，那架飞机很快也就飞走了。它可能是中途岛的一架巡逻飞机。实际上，第十六特混舰队那天上午就曾在10海里之外发现过一架陆军的轰炸机。
28日夜“企业号”的雷达突然出了故障，致使29日全天无法使用雷达。斯普鲁恩斯回忆说：“雷达失灵了约24小时，实在太不利了。修好后，我们都大大地松了口气。”晚上，雷达恢复了正常工作，舰上所有人员才稍稍放了心。
洛根·拉姆齐乘坐一架PBY飞到中途岛。这架飞机带着一枚鱼雷，负重太大，在福特岛几乎无法起飞。这天共有12架PBY抵达中途岛，随即被编入搜索部队。麦考尔在每日报告中写道：“新的战术编制已经启用，月夜进攻及白天进攻敌水面舰艇的计划已经开始实施，使用VP-44中队进行鱼雷攻击和目标确定。”5月29月，1架B-17和4架B-26带着15名军官和20名士兵也飞抵中途岛。
沃纳少校向凯姆斯简要介绍了B-26的性能，告诉他这些飞机的飞行半径为400海里，并且说为B-26准备的掩体太深，因而VP-44的4架PBY得挪出自己的掩体给轰炸机。沃纳在本子上记着：B-26“由于缺乏有经验的人员，加上挂弹机未准备齐全，因而夜间不能挂鱼雷。搞鱼雷的专门人员明晨到达”。
此外，沃纳还写道，这天的扇面搜索中发现2艘潜艇。是己方的还是敌方的？后来我们知道，当时在该海区确有一艘日本潜艇，但那次中途岛的侦察机所发现的更可能是己方部署在中途岛与即将开战海域之间的巡逻部队中的2艘。根据尼米兹的作战报告，“能够抵达瓦胡岛—中途岛海域的潜艇均已投入使用”。共有25艘潜艇划归太平洋舰队潜艇部队司令罗伯特·H.英格利希海军少将指挥。英格利希在珍珠港的司令部里负责将它们部署到最能发挥作用的位置上。由于其中的6艘随同阿留申部队行动，所以尚有19艘在中太平洋活动。英格利希将4艘集中置于瓦胡岛以北，防止日军再次袭击珍珠港，将3艘放在中途岛和瓦胡岛之间的中间海域一带。其余12艘“被置于中途岛以西200海里和以北150海里的海域，形成两道警戒圈，掩护中途岛的西部和北部入口”。
中途岛西边远处的海面上，秒速18米的大风卷起的巨浪剧烈地颠簸着山本主力部队的驱逐舰，猛烈地拍击着它的巡洋舰。中午前后，天空布满乌云，不久便下起滂沱大雨。山本这支铁甲舰队在狂风、暴雨、巨浪中艰难、沉稳地向东行进，毫不放松反潜警戒。
这天白天，山本的报务员截听到美一艘潜艇发给中途岛的一份很长的紧急密电。宇垣估计这艘潜艇“位于我输送船团前方或其附近”。当时日本人还无法译读美国的这种密码，但从这份电报的长度及其“紧急”级别就可看出它十分重要，很可能是报告已发现日海军大举进攻的迹象。然而，宇垣毫不惊慌。他自鸣得意地在日记中写道：“如果这份电报报告发现我部队，那么敌人一定会警觉起来。这样，我们的战果会更大些。”换言之，从隐蔽处惊起的美国鸟越多，日本人的猎物就越多。
北方作战的景况相当平淡。“我潜艇的侦察报告说，在基斯卡岛和阿图岛均未发现敌人，只发现在阿达克岛和荷兰港有几艘敌舰，”三和说，“还有几艘敌舰在弗伦奇弗里盖特沙洲，因此，取消了‘K号行动’……”事实上，当时“K号行动”只是被延期，到第二天才完全取消。
为了去掉与中途岛这一错综复杂的战役有关的一些枝枝节节，我们在这里对“K号行动”作个交代。这次行动的内容是派出水上飞机为山本搜集和提供美太平洋舰队位置的最新情报。按照计划，两架2式水上飞机——就是美国称之为“埃米莉”的那种大飞机——将于30日日落前夕飞抵弗伦奇弗里盖特沙洲，从先遣部队的潜艇上加油后立即起飞，于当地时间5月31日凌晨01：15左右到夏威夷上空，对美舰队进行侦察，然后再直飞沃杰环礁，并于东京时间6月1日09：00许到达，在那儿将敌人兵力部署的准确情报火速发给山本。
这项从纸面上看十分理想的计划有一个致命的漏洞，也是“中途岛作战”计划共有的漏洞，就是把成功的希望寄托在美国人完全按照日本人的意志行事的基点上。正因为如此，当担负加油任务的潜艇之一的“伊-123”于5月30日到达弗伦奇弗里盖特沙洲时，发现两艘美国舰艇已在那里活动，这一发现使“K号行动”受到一大震动。这两艘美舰很可能是水上飞机供应舰“桑顿号”和“巴拉德号”。
“伊-123”潜艇立即电告夸贾林岛，发现敌舰，并多此一举地建议说在那种情况下，为“埃米莉”加油看来希望渺茫。负责实施“K号行动”的第二十四航空战队司令官后藤英次海军中将28命令将“K号行动”推迟24小时，指示“伊-123”继续监视，寄希望于美国舰艇能及时离开，以便重新安排飞行。
但是第二天，“伊-123”又报告了一些坏消息。它发现在沙洲的入口附近有两架美水上飞机。这表明敌人已将该沙洲用作水上飞机基地。很显然，日本飞机不能在那里加油了。日本人深感失望，只好放弃“K号行动”。然而，山本的司令部仍抱乐观态度，希望6月2日在夏威夷与中途岛之间就位的潜艇警戒线会在攻击日前尽早电告有关美太平洋舰队东行的情报。
即使这些潜艇在预定时间到达指定位置——我们在后文中将看到，实际上它们没有——也太晚了，因为到6月2日，弗莱彻和斯普鲁恩斯早已通过了日军预设的警戒区。在这一较量的整个过程中，尼米兹总是先山本一着而始终处于主动地位。