早在明朝初年，就有“倭患”存在。其中的背景很复杂。14世纪初，日本进人南北朝对峙时期。大小诸侯们各自割据一方，为争夺土地与人口，彼此攻伐，狼烟四起。许多领主和武士们，在混战中失利。这些人在日本本土丧失了活动空间，就自发组织起来，到中国沿海进行武装走私，兼营烧杀抢掠的勾当。元末明初中国改朝换代的混乱，更是给了他们肆无忌惮的可乘之机。以致于那些年，从辽东到海南，数千里的海岸线上，“岛寇倭夷，在在出没”。当时的“海患”，除了倭寇以外，还有一直主要势力，就是从中国本土流落出去的群雄残余部队，有时是张士诚、方国珍的那些旧部们，在被朱元璋击溃后，撤退到沿海的一些岛屿上面，构成了对明朝海防的严重威胁，一般俗称之为“岛寇”。在解决由这两股势力组成的“海患”的过程中，朱元璋采取了许多措施。一方面，他以重兵武力进行镇压。同时，又派遣使者前往日本，照会日本国王，敦促他制止自己的臣民对中国的侵略。
不过，此时的日本国王，已经不再具备号令全国的能力，诸侯们根本不服从他的命令。所以他回复给朱元璋的答辞，也就显得相当简漫和毫无诚意，让朱元璋感到十分不满。元朝屡次进攻日本，却损失惨重，无功而返的教训，无疑时刻在提醒着朱元璋。朱元璋本人也早已厌倦了长年的战争。所以，他对日本政府的拒绝合作采取了忍让的态度。朱元璋决定釜底抽薪，他采取了两条措施。其一，为断绝中外海盗的耳目与内应，他下令禁止滨海居民私自出海。其二，他决定大量招纳原张士诚、方国珍部下的军士，以及濒海的船户、岛人、渔户为兵，自淮、浙至闽、广，朱元璋在这片广阔的海岸线上，共招收到了十多万部队。
明朝的海禁政策由此开始。这些政策在当时没有引起什么负面效应。海禁虽然切断了许多渔民的生活来源，但由于大量渔民被收编入伍，事实上是由国家供养起来，所以大大地缓和了由海禁造成的矛盾冲突。此外，在朱元璋时期，从辽东至广东沿海共设有五十多个卫所，拥有士兵达二十多万，修筑时间不久的防御设施也还相当完备。每卫设有5个千户所，备有战船50艘，每船配置旗军50名。由于拥有这样强大的海防力量，洪武时期的“海患”才并未酿成大患。