雍正即位之后，对八王党采取分而治之的策略，将其党首允禩留在身边，充任挂名首辅；将后起之秀、卸任大将军允禵安置到景陵看坟；将能力不济但外家势大的十阿哥允䄉借事革爵拘禁；而将心计最深、反抗意识最强的九阿哥允禟交给年羹尧，带到烽烟四起的青海。
在这种情况下，对年羹尧来说，看管允禟和击败罗卜藏丹津是同样重要的工作，但处理方式理应有所不同。后者是外寇，大将军受专阃之权，可以讲究个临机应变、将在外君命有所不受。对于这一点，雍正帝是清楚的，所以哪怕年羹尧焚寺屠僧、在军事行动中做出了不符合大政方针的举动，雍正帝也并没有过多表示。但前者则不然，对于这位阋于墙的兄弟，雍正帝是要随时密切关注的，年羹尧只有早请示晚汇报的义务，没有私下沟通、便宜行事的权力。可惜，精于用事而疏于权术的年羹尧并没有把这两件性质截然不同的工作分得清楚，对待前者，他采取了和后者类似的处理方式，令雍正帝绝不能满意。
允禟与年羹尧也算是熟人，康熙年间，他们的交集主要有两个。一是允禟的女婿永福，他是权相明珠的孙子，年羹尧的妻舅。二是葡萄牙籍传教士穆景远。明末清初，欧洲传教士一直是中国政坛的一股重要势力。康熙皇帝喜爱西方科技、艺术，对宫廷传教士多所优待，在外交方面尤其倚仗，令其深度参与国家政治。康熙后期，诸皇子为了储位争作一团，传教士们为争取下一代皇帝对耶稣会士的支持，极力交好诸皇子。因为八王党的呼声最高、气势最盛，与他们往来密切的传教士也最多，这位穆景远就是其中之一。除了和八王党中的允禟关系密切外，穆景远与年羹尧之兄年希尧也很熟悉。我们前文交代过，年希尧多才多艺，尤其热衷西学，和传教士来往频繁。穆景远曾到年希尧家做客，借机与年羹尧相识。康熙五十九年，穆景远受允禟委派专程去见年羹尧，托其照管允禟在川陕的亲信，并代允禟向年羹尧赠送了礼物。
雍正元年二月，为父守丧刚过百日的允禟被雍正帝强令远赴甘肃军中，交由年羹尧看管，后又随同年羹尧前往西宁。在允禟初赴军前的几个月，年羹尧对这件事的重视程度显然没有达到雍正帝的预期，对于允禟在西宁的安置问题，他并未专文汇报，只是在奏折中顺便提了一句：“据署理西宁总兵印务副将黄喜林报到，九贝子于四月二十一日已到西宁，臣亦现在遣官前往西大通地方赶造房屋，俟修盖完日，移文九贝子搬来居住。”雍正显然对这么一点信息量不满意，赶紧告诉年羹尧：“如九贝子等可疑无用之人，不妨传旨，该往何处打发，一面料理，一面奏闻。”不久，年羹尧向皇帝汇报西宁周边驻防将领分派情况，在谈到署理西宁总兵的武将黄喜林善于带兵、得到当地军民拥戴时，雍正帝不理会黄喜林为将如何，反而批曰：“防九贝子要紧，速移为是，黄喜林不可叫九贝子哄了去！”意在提醒年羹尧，加强对允禟的防范，特别是别让他买通了直接看守黄喜林。
对于皇帝的这个嘱咐，年羹尧并没有足够详细地回复，这让雍正帝很不放心。于是一个月后，在年羹尧一道纯粹的军务汇报奏折上，雍正帝又批问：“九贝子、察罕丹津部落二事如何料理？”察罕丹津，即是被罗卜藏丹津逼逐的亲清派和硕特王公，与他相关的事，当然是重大公务、军务。而将九贝子允禟的安置问题放在察罕丹津之前发问，显见雍正帝的重视程度。对此，年羹尧仍未专折回奏，仍是在奏陈军务过后，表示西大通允禟居住的房子还没有造好，等房子盖好了臣再拨兵伴守云云。
到雍正元年七月，西宁周边的军事形势已颇为紧张。即便如此，雍正帝仍然高度关注允禟的动向，主动向年羹尧提及此事，说允禟上了个奏折，要求回北京，自己不便直接拒绝，“浑说个‘知道了’”。他告诉年羹尧：自己的本意是绝不想让允禟回京的，允禟如果借着这个模棱两可的“知道了”要求回来，你可千万给我拦住，就说你没得到旨意，不能放他回京。
在雍正帝三番五次催问下，到当年的十月份，年羹尧才系统汇报了允禟在西宁的生活情况，说自己在西宁旁边的一座小城西大通（今青海省西宁市大通县西北）为允禟修盖了临时住所，请他搬去居住；又细述自己与允禟在西宁郊外民房中会面谈话的情形，谈及自己如何让允禟打消回京的念头，并接家属来住。雍正帝连批“真正难为你”“好极”“奇才”“得体”等语，对年羹尧的汇报十分满意。
此时，西宁周边已是遍地烽火，允禟迁居西大通后，年羹尧放在他身上的精力很少，雍正帝似乎也不好在前方戎马倥偬之际再打听政敌消息。直到雍正二年三月，年羹尧才再次汇报了允禟的情况，而且是对其进行参劾。起因是河州（今甘肃省临夏市西南）守军捉住三名形迹可疑的旗人，审问得知是允禟手下管放牧的头目，奉允禟之命前往河州采买草豆、踏勘草场。年羹尧以边口之地各民族杂居、奸细最多，而允禟未告知自己就派人跨地区买卖、踏勘，违抗军法为由，将其参奏。
这道弹章，虽然客观上满足了雍正帝对允禟凡事找碴骂一顿的要求，但主观上来讲，年羹尧可能还是从军事和边疆管理角度来考虑问题的。
首先，善于经营的允禟定居西大通后，一直没断了在甘肃、青海等地做买卖。他此行携带巨额金银，且出手十分大方，采买物品不计价格，听卖家索要。使得远近大小商人无不知道西大通来了九王爷，豪爽贤德，遂趋之若鹜，小城西大通一时间竟成了个商业中心。对于允禟这些作为，年羹尧近在毗邻，不会没有耳闻，却未加以限制，也没有上奏。想来那次河州买草，如果不是相关人员被当作奸细抓获，年羹尧也未必愿意多管。
另外，此次参劾后不久，年羹尧又写一奏折，为允禟遮掩起来。他说：“贝子允禟近日行事光景颇知收敛，臣此次路过西大通，未曾见面。盖自臣参奏后，恨臣固深，而其上下人等亦自此始知畏法。臣已留人在彼，凡贝子允禟有何行事之处，臣皆得闻知。”对于年羹尧这样的态度，雍正帝是绝不放心的，他提醒年羹尧：“此人奸诡叵测之人，非廉亲王、允禵之比，此二人真还望其后悔。”又在年羹尧提及自己派人监视允禟处批道：“第一要紧，如此方好。”
在雍正帝心目中，允禟是彻底的敌对势力反动派，绝不可能改悔，也绝不能被饶恕，对待他，只有密切监视、控制，进而挑剔毛病、罗织罪名、除之而后快这一条路，无可动摇。他的这一种态度，当然不是突然产生的，而是长期积累、一以贯之的。年羹尧自受命监视允禟之日起，雍正帝即将自己的这一态度向其多次明示、暗示，年羹尧是聪明人，不会毫无察觉。然而在实际的监视活动当中，年羹尧却没有坚决贯彻雍正皇帝的意旨，不但一次参奏之后，又转而为其遮掩，称其“知收敛”“知畏法”，还放松监视，使允禟有经营买卖，甚至和传教士穆景远等人交流联络的空间。可以想见，远在京城、鞭长莫及的雍正帝，对此会有怎样的疑惑、是何等的紧张！
在笔者看来，年羹尧的这一做法，大概出于三个原因。首先，年羹尧与允禟本有交往，是熟人，还多少沾些亲戚；允禟是先帝皇子，其父康熙帝对年羹尧有无以复加的知遇之恩。为了先意承志、取悦新君，而凌虐和自己没有私仇私怨的恩人之子，这样的行为，不是年羹尧这种以“大英雄”自诩的人做得出的。
第二，正如笔者前文所交代的，年羹尧自始至终没有把自己定位成雍正帝的“私人”，哪怕他们之间有很近的亲戚关系。年羹尧始终认为，自己最重要的职务是“大将军”，最重要的职责是带兵打仗、驱逐叛军，而不是参与皇室斗争，帮助皇帝打击亲兄弟。即便每个官场中人都知道，帮上司做好事、公事，远不如帮他做坏事、私事更容易产生亲近感。
第三，虽然没有任何材料证明，但笔者大胆推测，年羹尧可能在困守西宁孤城、难以得到后方足够支援的情况下，向同在西宁、随身携带了大量金银的允禟予以经济上的求助，并得到了允禟的支持，所以无论如何，要对他手下留情，一定程度上充当了他的政治保护伞。对于这一点，雍正皇帝可能也有所了解，采取睁只眼，闭只眼的态度。年羹尧落马后，继续受命看管允禟的宗室楚宗、直隶总督李绂都发现了允禟、年羹尧之间有不少的往来书信，并将此事上奏雍正，示意要不要借此将二人定以同党之罪。雍正帝为此回复二人，这些书信的事他都知道，二人自有罪名，何必凭空拉扯在一起。
雍正帝将允禟交给年羹尧看管，本来是出于信任，年羹尧宽待允禟一事，如果发生在雍、年君臣交好之时，最多也只会造成皇帝的不满。而一旦君臣交恶，特别是交恶的形势明朗化之后，在即位合法性有瑕疵的雍正帝看来，年羹尧割据西北、手握大军、身边又挟有野心勃勃的反对派皇弟，甚至利用起了皇弟的政治、经济资源，那可就过于危险了，其局面简直可以与当年挟制着南明永历皇帝的吴三桂相提并论。想必每念及此，雍正帝都要不寒而栗、夜不能寐吧。
从雍正三年初“倒年运动”进入筹备阶段起，雍正帝对允禟的控制措施也越发严厉。他以允禟在西宁纵容家人生事为由，派遣都统楚宗赶到西宁对允禟进行约束，接替了年羹尧对允禟的监视工作，在他们二人之间树了一道防火墙，隔绝其联络。
对于监视允禟一事，楚宗与年羹尧的态度大相径庭，才一接到任务，就立场鲜明、铿锵有力地表态说：“楚宗原本愚钝，承蒙圣主隆恩，虽在梦中，惟念圣主。无论何人，圣主稳知，卑职楚宗何所效力，今抵至西宁后，尽力严管彼处所有人等，若有不从，当即参奏以外，倘稍有异常举动，即一面奏闻，一面酌情办理。”雍正帝为此表扬他：“所奏允禟之事甚知大理大义，殊堪嘉奖，此方称不辱宗室为首大臣也。”楚宗受到鼓励，一到西宁就严参允禟装病不请圣安、不行叩拜之礼、态度傲慢、自称脱离红尘之人，并在西宁经商贸易收买商民兵丁之心等事，并建议皇帝下旨将允禟带回京城囚禁，以绝后患。
根据楚宗提供的信息，雍正三年三月，皇帝直接用允禟之事表达对年羹尧的不满，朱批曰：“楚宗奏允禟在大同（通），兵民买卖人俱称贤王，普概感激，而其下人逐日射箭嬉戏，毫无为难之色，问其何以如此，皆言一切交易上，下人任买卖人之价所取，因此而得名等云云。与你之所见何如？你与允禟来往字迹光景言辞怎么样？有存着送些来看。允禟见楚宗时放肆无礼，出言不逊之至，朕已明谕在廷王大臣等，想你自然亦得闻也。据实奏闻。朕原有谕你，想你的兵弁人等被他愚弄欺你，这样光景似应朕谕矣。”其中“你与允禟来往字迹光景言辞怎么样？有存着送些来看”已经显示出强烈的不信任感。
此时的年羹尧已是动辄得咎，应对皇帝的不满有所察觉，但江山易改，本性难移，即便被如此责问，他仍不肯为允禟额外增加罪名，以求自效，只是将楚宗所称的允禟罪名又重复一遍，上奏给雍正帝。当然，不论如何表态，对年羹尧来说都是为时晚矣。很快，他对允禟的监视任务，就和他的川陕总督、抚远大将军身份一起落幕了。