从雍正三年四五月起，年案进入第三个阶段，这一阶段持续到当年十一月，以免去年羹尧抚远大将军、川陕总督，改调杭州将军为始，以将其免去所有职衔，锁拿进京告终。在这期间，雍正帝严格按照《大清律例》和吏部《则例》的规定，以及相应的法律、行政程序，以各种罪名，将年羹尧的爵位从一等公降为二等公、从二等公降为三等公、再降为一等精奇尼哈番（汉语意为子爵）、再降一等阿思哈尼哈番（汉语意为男爵）、再降一等阿达哈哈番（汉语意为轻车都尉）、再降一等拜他喇布勒哈番（汉语意为骑都尉），最后革去爵位；将其职务，由川陕总督改调杭州将军，再降为闲散章京，最后全部革去。
这一阶段，内外大臣针对年羹尧的弹章雪片一样飞向北京，各个方面的证据也基本落实清楚。雍正帝将这些章奏原封发给年羹尧本人，令他逐条“明白回奏”。对于皇帝的步步紧逼，年羹尧显得应接不暇，甚至不敢相信雍正帝真的会把自己摆到对立面。年羹尧一向有心脏病，在西宁守城时曾经发作，雍正帝以“天王补心丹”相赐，对他的病情十分了解。从北京回到西安后，年羹尧接连遭到皇帝斥责，心情紧张，旧疾复发。他在奏折中自称雍正三年入春以后，自己饮食减少，夜不能寐，二月初吐血三次，渐觉头晕，办事也力不能支，到三月病势稍好，但身体瘦弱。岳钟琪也在奏折中证明年羹尧确实面色苍白、躯体瘦弱，身体状况尚不如在西宁守城时。但雍正帝看到这样的说法，很不买账，认为他是以生病为托词，不肯正面承认自己的过错，遂批以“你的精神再不得短少”“凡有言及你病者，朕皆难信矣，况你再不得病？不用这些作为，君臣彼此徒寒心耳。”
雍正三年四月十八日，年羹尧接到吏部咨文，得知自己被免去川陕总督一职，改调杭州将军。对于这样的结果，年羹尧极难接受，他知道一旦被剥夺兵权，离开川陕大本营，就再也没有和皇帝讨价还价的条件了。于是，他一面按惯例写下谢恩折子，说自己庸碌之资，担任封疆日久，又值重病，昏聩日增，办事经常出错，现在皇帝将他调到杭州将军这个“简缺”上来，是爱护、保全他，他也能有机会调治身体，对此非常感激云云。而与此同时，年羹尧又暗示西安地方官组织了一个规模不小的“保留”活动，想借“民意”给北京施加压力。在一般人看来，这样的做法是个危险的信号，似乎是年羹尧意欲殊死一搏的前兆。
对于年羹尧的说法和做法，做了充分准备的雍正帝应对十分自如。他先在年羹尧的“谢恩”折上长篇累牍大发诛心之论，说：
朕闻得早有谣言云“帝出三江口，嘉湖作战场”之语。朕今用你此任，况你亦奏过浙省观象之论。朕想你若自称帝号，乃天定数也，朕亦难挽；若你自不肯为，有你统朕此数千兵，你断不容三江口令人称帝也。此二语不知你曾否闻得？
再你明白回奏二本，朕览之，实实心寒之极！看此光景，你并不知感悔，上苍在上，朕若负你，天诛地灭；你若负朕，不知上苍如何发落你。你我二人若不时常抬头看，使不得。你这光景是顾你臣节，不管朕之君道。行事总是讽刺文章，口是心非口气，加朕以听谗言、怪功臣。朕亦只顾朕君道，而管不得你臣节也。只得天下后世，朕先占一个“是”字了。不是当要的主意，大悖谬矣！若如此，不过我君臣止于贻笑天下后世，做从前党羽之畅心快事耳。言及此，朕实不能落笔也。可愧！可怪！可怪！
这则朱批的后半段可谓对年羹尧此前一切解释的全面否定，认为他口是心非，即便认错也是暗含讽刺，内心里还是责怪皇帝听信小人谗害功臣之言。并将自己的“君道”与年羹尧的“臣节”彻底对立起来，指天誓日，要先占一个“是”字，彻底将年羹尧证成大奸大罪之人。而前半段更是挑明了年羹尧的最大威胁是“称帝”“造反”，什么调你任杭州将军是让你休身养息、减少公务啊，你编排得倒巧！朕就是听说那里有造反的谣言，偏要派你这个有本事造反、也有本事镇压造反的人去，何去何从，听君自便。
与此同时，皇帝积极布置新的川陕班底，特别是军事班底，除任命已经转换阵营的岳钟琪接任川陕总督外，还将那位比年羹尧更有资历出任大将军的宗室贝勒延信也调到西安城，担任西安将军，统领西北的驻防八旗。当年羹尧发现，奉皇帝之命来到西安向自己逼宫、接替自己担任川陕总督的竟是岳钟琪时，他明白地意识到，自己的川陕军政集团已经被雍正帝彻底瓦解了。
年羹尧离陕之前，与岳钟琪有几次私人对话，被岳钟琪一一上奏给雍正皇帝。如六月十三日，年羹尧对岳钟琪说：“我的事皇上曾有谕旨否？你我相与一场，你须实实告我。”
岳钟琪答曰：“并无。”
年羹尧随后哭泣不止，感叹：“我将来身家性命是不能保了……我的病不好，每夜出汗，饮食减少，身子很弱。”
岳钟琪不过虚言安慰说：“皇上天高地厚之恩，不即加罪，调升将军，从此若能悔罪改过，诸事安静，自然无事了。”
十六日，二人又一次单独会面，年羹尧说：“我们交代之事已毕，我明日起身，又有一件事托你。我的两个儿子，一名年富，一名年斌，河东盐商傅斌，即此二子之名捏的，求你照看。”
岳钟琪回道：“河东盐务现有钦差部堂审理，令郎未必能行盐了。”
年羹尧说：“如不行就罢了。我的事凡可照应者，务求照应。”
岳钟琪回答：“君恩友义，轻重自分。无论事之大小，断不敢隐晦存私，诸事总在圣恩，照应二字不敢如命。”
以这两组对话观之，直到离开西安前，年羹尧对与岳钟琪的私人友谊仍抱有很大幻想，对雍正帝的态度也没有做最坏的打算，而经过这样的对话，他想必是醒悟了不少。同城之内，岳钟琪、延信两把利剑高悬在他的头上，让他不得不俯首听命，黯然离开西安。
因为有了这样的底气，雍正帝对于年羹尧策划的“万民保留大将军”活动嗤之以鼻，甚至大开嘲讽，说：总督的本品是二品，而将军是一品，我这是给你升官啊，你何苦这样恋恋不舍呢？
年羹尧离开西安后，一边应付着那些要他“明白回奏”的责问，一边一路东向，两个月后来到了运河上的重要一站——江苏仪征。按照旨意要求，他应该从仪征乘船，向南前往杭州上任。但年羹尧无论如何不敢相信自己当前的处境，大概也如雍正帝所说的，他像文学作品中常见的主人公那样，感到自己被奸臣陷害，又没有机会到御前剖白倾诉，所以落到这个下场。于是他抱着一线希望滞留仪征不行，上书雍正帝，请求沿运河北上，进京面圣。
显然，年羹尧的这个救命稻草抓得并不明智，反而又给雍正帝抓住了把柄。皇帝当即表示：怎么着？都到了这个份上，你还想着将在外君命有所不受？还舍不得大本营西安？你如今车马楼船、家人上千，停留在运河要津、南北通衢之地，还要北上入京，是何道理？既然给你脸不接着，那好，杭州将军你也不用当了，干脆降为闲散章京，在杭州旗营内听候新任将军安置吧！
雍正三年七月，在皇帝的授意下，内阁、九卿、詹事、科道等官根据现有公开证据，合词奏请将年羹尧诛戮以彰国法。雍正帝称之为“在廷公论”，但对此建议仍然不置可否，而是命内阁下旨询问各省将军、督抚、提督、总兵的意见，要求他们公开具题，表达对年案的态度。九月，雍正帝以年羹尧曾派兵在陕西郃阳镇压盐枭，致死平民八百余人为由，下旨将年羹尧革去全部职衔，锁拿进京，交三法司问罪。年案的舆论准备、证据搜集阶段结束，正式进入司法程序。
九月十六日，雍正帝派出的抓捕年羹尧特使、散秩大臣拉锡从北京出发，走陆路，一日兼行四五个驿站，八天时间就到达了江苏淮安府，随后改用快船，五天四夜抵达杭州。到杭州后，拉锡并未进城，而是让随从秘密找来浙江巡抚福敏与杭州将军鄂弥达，商量在当夜对年羹尧实施密捕，以备不测。一切布置停当后，三人于深夜进入杭州满城，在将军衙门严阵以待。
此时身为旗下闲散章京的年羹尧被安排看守杭州城的东门——太平门。根据《钱塘拾遗·杭州古城墙琐谈》记载，太平门是庆春门的俗称。庆春门从元末明初始称，因为内有太平桥，古又名太平门。庆春门在杭城东面，从庆春门到西湖是庆春路，是贯穿杭城东西的一条繁华大街路，也是杭州上城区与下城区的界路。当夜正赶上年羹尧值夜班，拉锡等派去的差人来到太平门，叫醒已经入睡的年羹尧，诳他说北京有使臣到普陀寺进香，已经到了城内将军衙门住下，让他去见见面。很快，年羹尧就随着差人来到了将军衙门，进入大堂后见是拉锡，大约也猜出个所以然来——这哪里是什么普陀寺进香使者？明明是仇人相见，分外眼红。
拉锡是蒙古人，本来出身地位不高，后来受康熙皇帝之命，探访黄河源头的地理民风，成为清廷内部的青藏地区问题专家，备受重用，雍正初年官至都统。年羹尧用兵青海期间，拉锡是雍正帝身边的核心军事顾问之一。在雍正帝给年羹尧的朱批中，拉锡这个名字，多次和怡亲王允祥、国舅隆科多并列出现。对此，年羹尧极为不满，他甚至公然向雍正帝提出，不要将自己汇报的军事机密透露给拉锡这个曾经造访过青海各部的蒙古人，万一他是罗卜藏丹津的间谍呢？照理说，年羹尧的这个要求实在有些无礼，皇帝就算再信任前线将领，也不妨碍他和自己的军事顾问讨论战事。作为将领，如果连这个也要干涉，甚至无端质疑一个中央高级官员是敌方间谍，未免太过僭越，且是对皇帝本人的不信任。奈何战事期间，雍正帝对这位“恩人”百依百顺，连这样不合情理的要求也欣然采纳，并让年羹尧放心：其实你告诉我的很多事情，我都没有告诉拉锡！如胶似漆时如此，等一翻脸，以雍正帝的惯常做法，自然第一时间就将年羹尧的这些言论向拉锡和盘托出以离间之。此次又命拉锡出任逮捕特使，想其定能不辱使命了。
书归正传。拉锡等人在杭州将军衙门向年羹尧宣读收押他的旨意后，即将年羹尧锁拿并带至其在杭州的住所，连夜抄没家产，逮捕其妻妾子女家奴等人。据拉锡后来的奏折中说，年羹尧在抄家过程中表现得十分强硬，呵斥自己的儿子们：“有什么好怕的？”抄家结束后不但吃嘛嘛香，还与看守官兵谈笑风生，并在拉锡向他询问是否有往来书信时大大咧咧地说：“谁还没有一点私事，书信我都烧了！”拉锡在奏折中评价他是“似蒙冤愤愤、自充好汉”“如强盗、光棍拿赴市曹高歌之人”。拉锡与年羹尧本有宿怨，奏折里添油加醋，将年羹尧形容得十分傲慢，以激皇帝之怒的可能性有之；但就年羹尧本身的脾气禀性，面对他一贯看不上的拉锡的羞辱，强顶一口英雄气，虎死不倒威，也在情理之中。
十一月初五日，年羹尧及其家属被解送到京，关入刑部大牢，“倒年”进入最后阶段。事情发展到这一步，年羹尧及其军政集团对于政权的威胁，已经彻底消失了。接下来的问题是雍正皇帝究竟要将年羹尧如何开销。是议功议贵，吓唬一通让他告老致仕？还是流放边陲、老死囹圄？抑或真的痛下杀手，让他在四十多岁就蛋白质形式消失？
清代法司给犯罪官员拟罪向来有这样的规律：对于中低级官员的一般职务犯罪，比如经济问题、渎职舞弊，等等，能轻判绝不重判。所谓官官相护，给自己留有余地是也。而对于高级官员，特别是权贵重臣所犯的带有政治色彩的、震动天听的罪行，则要从重定拟，越重越好，绝不嫌重。一来省得皇帝怀疑法司对其党同回护；二来就算皇帝有心从宽，也要“恩自上出”，由皇帝特旨从宽。如果法司拟罪本宽，那恩来无由，皇帝就做不成人情了。
年羹尧一案，当然属于后者。整个十一月内，各地文武大臣的题本陆续送到北京，结果当然是众口一词、同声一气：“疏参年羹尧欺妄贪残、大逆不道，请亟正典刑。”皇帝对所有的题本均不置可否，只批以“该部知道”四个字。刑部大小官吏开足马力，通宵赶稿，终于不负众望，给年羹尧安排了九十二款大罪，经议政王大臣会议全体通过，提交到雍正皇帝面前。
正在刑部上下案积如丘、加班加点的时候，一个敏感的小插曲出现了。礼部突然接到上谕，说：
贵妃年氏，秉性柔嘉，持躬淑慎。朕在藩邸时，事朕克尽敬慎，在皇后前小心恭谨，驭下宽厚平和。皇考嘉其贵重，封为亲王侧妃。朕在即位后，贵妃于皇考、皇妣大事悉皆尽心尽礼，实能赞襄内治。妃素病弱，三年以来朕办理机务，宵旰不遑，未及留心商榷诊治，凡方药之事悉付医家，以致耽延日久。目今渐次沉重，朕心深为轸念。贵妃着封为皇贵妃，倘事一出，一切礼仪俱照皇贵妃行。
上谕由内阁拟写，经雍正帝亲笔批改。内阁所拟原文中写的是“著封为皇贵妃，一切礼仪俱照皇贵妃行”。所谓“一切礼仪”可以理解为衣食住行种种仪制，而无所特指。而雍正帝在“一切”二字之前，亲笔增添了“倘事出”三字。所谓“事出”，当然是指年贵妃一经去世的情况，而“一切礼仪”也就变成一切丧葬礼仪。可见此时的年贵妃已经危在旦夕，晋封皇贵妃的举动，对她算是个临终的安慰了。
那么，年贵妃的病重和去世，对于年羹尧案的进展会产生怎样的影响呢？我们下一篇继续探讨。