明崇祯十七年(1644年)三月，李自成攻陷北京，陪都南京府部官员开始商议由谁来监理国家政事。五月十五日，督师风阳总兵马士英联合江北四总兵刘泽清、刘良佐、黄得功和高杰拥立朱由崧称帝南京，是为南明政权或称弘光政权。
当时，南明诸将以镇守荆楚的左良玉实力最强。南明弘光二年(1645年)，左良玉以“清君侧”的名义，发兵沿江东下九江，南明内战开打。在清军南侵，左良玉又顺江内犯的形势下，弘光帝召对群臣商讨对策。刑部侍郎姚思孝、御史乔可聘、成友谦说：“左良玉稍缓，北尤急，乞无撤江北兵马，固守淮、扬，控扼颖、寿。”弘光帝虽荒淫昏庸，却也讲出一句明白话：“左良玉应该不是真想反叛，还是以兵坚守淮扬抵挡清兵。”而马士英闻言喝道：“北兵至，犹可议和。左良玉至，我君臣死无葬身之地。宁可君臣同死于清，不可死于左良玉手。”他随后命令“有议守淮者斩”。
朝议之后，马士英下令明军皆从江淮沿线回撤，死保南京不被左军攻破。江淮门户空虚，任由清军跃马直前。不久，左良玉病死军中，但是清军已经突破虚弱的长江防线，兵临南京城下。朱由崧逃往芜湖，后被擒杀。马士英奔浙江而去，京城文武官员数百名，军士23万开门投降。不久之后，左良玉的儿子左梦庚也率军降清，南明的第一个王朝就此覆灭了。
在上述博弈中，马士英的选择有四：先攘外打清朝；先安内打左良玉；联合左良玉打清朝；联合清朝打左良玉。
在这四种策略中，先搞外，那么就首先会受到清朝的攻击。而此时另一对手左良玉就有两种选择，攻打马士英或者按兵不动。选择攻打马士英的现实收益值最大，因为很容易就可以把马士英给打败；如果等到马士英或者是清朝打败了对方，那么左良玉再去打的话，就有可能要冒很大的风险了，收益值很有可能就为负了。因此，按兵不动是左良玉的劣势策略。按照博弈论的理性人的假设，左良玉肯定会选择优势策略，也就是打马士英。那么，马士英就会两面受敌，很容易给打败，所以先攘外就成了马士英的劣势策略。
而如果马士英先打左良玉，安定内部，那么清朝就又获得了主动权，它去打马士英的话又变得很容易了。但清朝是马士英和左良玉共同的敌人，它打马士英时就必然要打左良玉，所以此时是马士英和左良玉双方都同时受损，收益值都得负，但比两面受敌要好得多。
如果联合左良玉打清朝，马士英和左良玉双方都获益，收益值都为正，合作是双方的优势策略。如果联合清朝打左良玉，马士英得正，左良玉就为负了，因为左良玉被打败的风险增加，这是马士英的严格优势策略。但是，这种策略对左良玉也成立，结果就是马士英和左良玉都采取这种严格优势策略，双方客观上都跟清朝联合，结果双方都受到损失。
个人理性与群体理性的矛盾，在这里暴露无遗。
囚徒困境博弈的一个前提是博弈参与双方都是完全理性的。理性的概念来源于经济学中的理性人假设。所谓理性人，也就是一个只要求效用，也就是自身的利益最大化的人。效用是一个心理学上的词语，它描述的是一个人从某事、某种活动或某种商品的消费中所获得的自身的满足程度，而博弈论就是指导人们实现效用最大化的手段。
传统经济学的鼻祖亚当•斯密在其传世经典《国民财富的性质和原因的研究》中这样描述市场机制：“当个人在追求他自己的私利时，市场的看不见的手会导致最佳经济后果。”这就是说，每个人的自利行为在“看不见的手”的指引下，追求自身利益最大化的同时也促进了社会公共利益的增长。也即自利会带来互利。
这种以个体利益最大为目标的理性被称为“个体理性”，而有完美的分析判断能力和不会犯选择行为的错误被称为“完全理性”。完全理性包括追求最大利益的理性意识、分析推理能力、识别判断能力、记忆能力和准确行为能力等多方面的完美表现，其中任何一方面不完美就不属于完全理性。
传统经济学秉承了亚当•斯密的思想，认为：人的经济行为的根本动机是自利，每个人都有权追求自己的利益，没有私利社会就不会进步，社会的财富是建立在对每个人自利权利的保护上的。因此经济学不必担心人们参与竞争的动力，只需关注如何让每个求利者能够自由参与尽可能展开公平竞争的市场机制。只要市场机制公正，自然会增进社会福利。
然而，囚徒困境模型动摇了传统经济学的理论基础，带来经济学的重大革命。模型中的囚徒是完全理性的，因而也是完全自利的，因此绝对不会出现一个囚徒选择“坦白”，而另一个囚徒选择“抵赖”的局面；也不会出现同时“抵赖”的结果。这后两种结果的无法实现，恰恰说明个人理性不能通过市场导致社会福利的最优。每一个参与者可以相信市场所提供的一切条件，但无法确信其他参与者是否能与自己一样遵守市场规则。
囚徒困境揭示了个体理性的选择与群体理性选择之间的矛盾，从个体利益出发的行为往往不能实现团体的最大利益；同时也揭示了市场理性本身的内在矛盾，从个体理性出发的行为最终也不一定能真正实现个体的最大利益，甚至会得到相当差的结果。
从囚徒困境及其变形模型中，我们可以证明：在人们相互交往的过程中，每个行为主体的利己主义决策结果，可能是有效率的，也可能是无效率的，但多次重复这种决策肯定是低效率的。
趋利避害是社会人的本能，大至国家兴亡，小至兄弟分家，都无法避开这种本能。“兄弟阋于墙”与“外御其侮”矛盾，是所有联盟参加者所面临的共同困境。从个人理性的角度来说，因利而合、因利而分直到因利而斗，都是不难理解的。