柏拉图（Plato，约公元前425年—公元前348年）提出了灵魂的三个部分：欲望是灵魂关心、满足物质欲望的部分；身体渴望食物、水、性、感觉；激情的灵魂与情感部分有关，包括爱、恨、勇气、怯懦、恐惧、愤怒等；而灵魂的理性部分寻求知识，它花了大量的时间试图阻止其他两部分的灵魂，并在某些情况下会成功。在《斐多篇》（Phaedo）里，柏拉图以御者的寓言来解释灵魂三部分的关系。灵魂的理性部分是御者，它试图驾驭战车（激情和欲望）。战车由一白一黑两匹马拉着，黑马是灵魂的欲望部分，而白马是灵魂的激情部分。黑马拉着战车试图冲向美食和妓院，而白马拉着战车试图开始做出英勇和仁慈的行为（如从军）。灵魂的理性部分试图通过协商来控制这两者。
心脏和灵魂
对我们来说，大脑很明显是我们身体中进行思考、感觉、做梦、信任以及其他心理活动的那个部分。但是直到最近，人们还没有发现大脑具有的这些功能，所以前人并没有将思维定位在大脑中。古埃及人认为情感、理性和思想的中心场所是心脏。事实上，尽管他们小心翼翼地将其他器官保存在科普特瓶中与木乃伊合葬，但在制作木乃伊时还是会把大脑丢弃。古希腊哲学家柏拉图认为大脑是思想的场所，但他的学生亚里士多德（Aristotle，公元前384年—公元前322年）否定了这一点，而将心脏置于精神活动的中心。
亚里士多德提出了三个不同的灵魂。他相信，从植物到人类，每个有生命的东西都有一个适合其功能的灵魂，并具有适合机体的能力和职责。这些能力可能包括生长（在植物身上）、运动（在动物身上）和抽象推理（在人类身上）。在这点上，亚里士多德的观点接近现代关于大脑和精神的功能的概念。大脑确实调节了自主和非自主的功能（如呼吸和运动），同时也是非体力活动的场所（如沉思、欲望、推理和思考）。亚里士多德和柏拉图不同，他不相信灵魂能够拯救肉体或者独立于身体而存在。
在这一点上，亚里士多德的灵魂更接近现代人的思想，而并不像一种半神秘的精神状态。