公元五世纪的西罗马帝国由于蛮族的入侵而进入衰落期。奥古斯丁逝世后，哲学迅速地衰落了。然而，就是这样一个时期，却大致决定了欧洲未来的发展方向：英吉利的入侵将不列颠变成了英格兰，法兰克的入侵使高卢变成了法兰西，汪达尔的入侵让西班牙变成了他们的名字，爱尔兰人改信了基督教。此外，罗马帝国中央集权的官僚政治被日耳曼王国继承，而罗马本身却陷入危机之中，仅在教会里才感受得到中央集权的威信。
在那个时期，哥特人是入侵罗马帝国的最重要部分。起初，哥特人被东罗马打败，只好把目标转向意大利。在戴克里先时代，他们成了罗马的雇佣兵，学会了一般蛮族原本不会的战略战术。公元410年，哥特人洗劫了罗马城，公元476年彻底消灭了西罗马。
在那个时期，入侵罗马帝国的还有阿提拉率领的匈奴人。公元451年，匈奴人入侵高卢，被哥特人和罗马人联手打败，此后他们转攻意大利。不过，在阿提拉进军罗马之前，阿提拉突然死去了，之后匈奴人便一蹶不振了。
在此期间，教会内部发生了一场有关道成肉身的纷争，主角是亚历山大大主教区利罗和君士坦丁堡大主教聂斯脱里。这场纷争的结果是区利罗被尊为圣徒，而聂斯脱里却被斥为异端。区利罗是个狂热分子，拥护神人一体论，身为大主教他曾数次煽动起屠杀犹太人的运动。区利罗之所以有很大的名声，主要是因为他曾对一位名叫希帕提娅的贵妇人施加私刑。希帕提娅犯的罪过，仅仅是醉心于新柏拉图哲学和研究数学。
聂斯脱里认为，在基督里有人位和神位。因此，他反对称童贞少女为“神的母亲”，他认为童贞少女只是基督的人位母亲，而基督的神位（上帝）没有母亲。大体说来，苏伊士河以东的教会赞同聂斯脱里的主张，苏伊士河以西的教会赞同区利罗的主张。双方决定，在公元431年召开以弗所宗教会议解决分歧。然而，率先到会场的西方主教们反锁了大门，将东方的主教们堵在门外。随后，在区利罗的主持下，他们快速通过了拥护区利罗的决议。这就是聂斯脱里被斥为异端的过程。然而，聂斯脱里不但没有放弃自己的主张，反而形成了在叙利亚和整个东方声势很大的聂斯脱里教派。
区利罗逝世后，以弗所宗教会议陷入了与聂斯脱里相反的另一个被称为一性论的异端，主张基督只有一个本性。但他们的主张遭到了教皇利奥的反对。公元451年，在卡勒西顿召开了以教皇利奥牵头的万国基督教会议。这次会议确立了基督道成肉身的正统教义，明确诅咒一性论，确认基督存在于人性和神性的双重本性之中。
哥特人征服意大利的行为并不代表罗马文明的终止。在狄奥多里克统治时代，意大利和罗马一样，享有和平、民主和短暂的宗教自由。此外，狄奥多里克还任命执政官，延续罗马法律和元老院制度。
公元523年，查士丁尼皇帝宣布禁止阿里乌斯教派。作为阿利乌斯教徒的狄奥多里克为此极为恼怒。他认为，他的大臣也参与了这场阴谋。于是，他们监禁并处决了元老院议员波伊提乌。
在整个中世纪，波伊提乌受到了人们的传诵和赞扬。他在狱中写就的著作《哲学的慰藉》是一部纯柏拉图主义的书。虽然《哲学的慰藉》一书不能证明他是不是基督徒，但却能证明他的异教哲学远比基督教神学影响大。波伊提乌声称只有苏格拉底、柏拉图和亚里士多德才是真正的哲学家，他还声称，他追随上帝是听从了毕达哥拉斯的命令。在伦理观念方面，波伊提乌有很多与斯多葛派吻合的地方。波伊提乌说，不完善就是缺陷，也代表着存在一种完善的原形。
《哲学的慰藉》一书中丝毫没有迷信和病态的迹象，也没有过分强求遥不可及的事物的倾向，呈现的是一种只有纯哲学才有的宁静，这种宁静出自被判死刑的波伊提乌之手是令人赞叹的。
正在教授哲学的波伊提乌古。罗马晚期的政治家、哲学家、作家，曾任东哥特王国的执政官。其哲学糅合了基督教神学、柏拉图主义、新柏拉图主义、亚里士多德等学说
尽管狄奥多里克处死了波伊提乌，但他们始终是朋友。波伊提乌曾经受命为狄奥多里克改革币制，加上他渊博的学识和对公益的热忱，他足以成为当代绝无仅有的人物，即使在其他任何一个时代，他都称得上是一个伟大的人物。
狄奥多里克在下令处死波伊提乌的第二年也死了，一年后查士丁尼即位。在查士丁尼漫长的统治生涯中，他做了许多坏事，也做了一些好事。作为一个极其虔诚的人，查士丁尼在即位后不久就关闭了异教领导下的哲学学校。公元532年，查士丁尼建造了圣索菲亚大教堂，这是一件更值得称赞的功绩。
为了收复西罗马帝国的故土，查士丁尼于公元535年进军意大利，在最初取得了胜利，此后哥特人卷土重来，双方互有胜负，这场战争因此持续了18年之久。在此期间，罗马和意大利遭受的洗劫已经远远超过了蛮族入侵的时期。
起初，查士丁尼的军队受到人们的热烈欢迎，可是当人们发觉了拜占庭行政的腐败和赋税的沉重以后，他们竟然希望哥特人能打回来，赶走查士丁尼的军队。不过，由于查士丁尼信奉正统教义，因此自始至终都得到了罗马教会的坚决支持。
公元568年，意大利遭到伦巴底人的侵犯。这场战争断断续续地持续了200年之久，在这个漫长的战争中，拜占庭逐渐失去了整个意大利。不过，至少拜占庭一直在名义上统治着罗马，教皇对东罗马帝国的皇帝也算恭敬。然而，随着伦巴底人的不断深入，在意大利的领土上，东罗马帝国的皇帝们连名义上的权威也失去了。就在这个时期，意大利文明也毁灭了。