武德七年夏，位于长安以北宜君县境内的避暑行宫—仁智宫竣工落成，李渊当即决定去避暑散心。他特意让秦王李世民和齐王李元吉陪同前往，同时命太子李建成留守长安，负责处理日常政务。
六月初，也就是在李渊驾临仁智宫的同时，太子手下的郎将尔朱焕和校尉桥公山，车上装的是一大批崭新的盔甲。二人奉太子之命，准备将盔甲运往庆州（今甘肃庆阳县），交给都督杨文干。尔朱焕一行走到了位于长安与庆州中途的豳州（今陕西彬县），就不再往前走了，并突然向豳州方面举报，声称有重大案情要上告。豳州地方官不敢怠慢，即刻将他们送到了仁智宫。他们向李渊面奏：太子李建成准备与庆州都督杨文干里应外合，趁天子不在京城之机发动兵变！
就在李渊极度震惊并且满腹狐疑的时候，一个叫杜凤举的人从宁州（今甘肃宁县）赶赴仁智宫，也告发了太子。他的指控和尔朱焕、桥公山的说辞如出一辙。
面对接踵而来的控告，李渊再也坐不住了，他立刻找了一个理由，传太子到仁智宫来—无论太子谋反是真是假，李渊都必须在第一时间把他控制住。
接到天子手诏后，东宫立刻乱成了一锅粥，幕僚们开始七嘴八舌地献计。太子舍人徐师谟提议，干脆起兵，趁天子不在把京师占了！詹事主簿赵弘智则提出一个比较理性的建议：太子应该贬损车服、摒弃随从，独自上山向皇帝请罪。李建成思虑再三，听从了后者的建议，随即带着东宫属官前往仁智宫，在距行宫60里时命随从们留下，仅带着十余个侍卫上山面圣。
一见到李渊，李建成立刻作出一副痛心疾首的样子，极力表明自己的清白，而且“叩头谢罪，奋身自掷，几至于绝”。可李渊却一脸怒容，不为所动，一直到李建成表演完了，才命人把他软禁起来。当晚只给了他一碗麦饭充饥，并命殿中监严加看管。
控制了李建成之后，李渊立刻命司农卿宇文颖赴庆州，召杨文干前来面圣，决定把案件查个水落石出。可出乎所有人意料的是，宇文颖此行不但没有召来杨文干，反而激起了他的兵变。
六月二十四日，杨文干兵变爆发。消息传到仁智宫，李渊勃然大怒，同时也感到极度的伤心和失望。因为杨文干的行动等于承认了他与太子串通谋反的事实。联系此前尔朱焕等人的告发，整个事件已经真相大白，似乎没必要再寻找什么证据了，李渊很容易就能得出结论—所有这一切的幕后主使不是别人，正是太子李建成！
二十六日，也就是杨文干起兵的第三天，李渊召见了李世民。李渊首先询问他对当前形势的看法。李世民不假思索地说：“杨文干很快就会被自己的部将所杀，即便不会，派遣一个普通将领也足以将他讨平。”李渊摇了摇头说：“不然。这件事牵连李建成，恐怕响应的人会很多。你应该亲自出征，回来后就立你为太子。至于李建成，则封为蜀王。蜀地狭小，蜀兵脆弱，将来他若能服从你，你就要保全他的性命；若不服从，你要制伏他也易如反掌。”
既然李渊因杨文干兵变而下定了废黜太子、改立秦王的决心，那么整个太子谋反事件最大的获益者就站在我们面前了。换言之，这起事件中嫌疑最大的幕后推手，就是这些年来一心想要夺嫡的秦王李世民！
只是，李世民没有想到，父亲李渊最后并没有废掉李建成。李渊应该是看破了李世民的计谋，只是训斥了李建成一顿，一切照旧。可是，由此一来，李建成和李世民之间的矛盾就变得不可调和了。为了保命，李世民不得不再度抢先出手，于是有了后来的玄武门之变。