洪秀全密令北王韦昌辉、翼王石达开及燕王秦日纲，火速返回天京，参加由他主持的天京大屠杀游戏。首先动手的，是北王韦昌辉。
韦昌辉回到天京后，杨秀清斥责他擅自归来，不许他入城。韦昌辉再三哀告，终于获得杨秀清的允许，入东王府请命。见到杨秀清他扑通一声趴倒，四肢着地，口称万岁。杨秀清大喜，就设宴款待韦昌辉。喝得差不多了，韦昌辉及部属突然拔刀，将杨秀清杀死。
杨秀清的东王府中，与洪秀全的天王府一样，都是女人。杨秀清也曾捉捕许多少年，阉割后想当太监用，但因为不得法，被阉割的少年全都惨死。所以东王府中无一个男性，被韦昌辉指挥部众，把所有的女人杀光。
杨秀清一死，如同捅了马蜂窝，霎时间天京城中展开了大战。围绕着东王府的，全都是杨秀清的亲信嫡系，韦昌辉只有几千人众，根本不是对手，被打得到处躲藏。双方激战到天亮，洪秀全发布诏书，指斥杨秀清是老奸，要求部众经受得住考验，立即放下武器自首。几日内，杨秀清的部众两万多人被拘押。
如何处理这些被拘押的人呢？洪秀全的正妻赖氏是一个狠辣的角色，她贡献了一个好计策，洪秀全大喜，欣然采纳。
洪秀全下诏，东王谋逆是天父告诉他的，而其余党并未参与，因此赦免不问。同时痛斥韦昌辉和秦日纲滥杀无辜，并宣称要对他们当众杖责。
到了杖刑之日，人们蜂拥而来围观，包括五千名杨秀清的部众，各自携带武器。早有人请这五千人卸下兵甲，进入两间大朝房观刑。这五千人缺心眼缺得厉害，果然就交出武器，进入房间。
当时天京城中有些外国人，他们目睹了后续事件的过程：“……等到全部进去之后，外兵即围攻，屠杀，在一座房内者，毫无抵抗，束手待毙。而在其他一房者，则奋斗而死。东王之带甲步兵既芟除净尽，其余党随即被大规模地屠杀。其残酷惨状，无以过之。他们虽见有煌煌圣诏，允许受保护，而男女老幼被斩首者无数。行刑者则为小童（叛军最喜教导小童杀戮，称小童军，最是嗜血残杀），以杀人为嬉戏娱乐事。有好些个受害者高叫冤枉，呼吁上帝。又有些则请求那几个外国人（包括作者裨治文在内的围观者）行刑，以冀速死。在这里，我们只好张开一幕，把那几人的行为遮盖不提，因为他们为安全计，不得不人为亦为也（意思是说，外国人也参与了天京大屠杀）。”
韦昌辉等人正杀得性起，却突然闻听洪秀全发布声明，声称自己善良慈悲，本无意杀杨秀清，更反对滥杀。韦昌辉呆怔半晌才醒过神来，不好，洪秀全这王八蛋，他想撇清自己，把责任全推到他韦昌辉身上。
就在这时候，石达开匆匆返回，与韦昌辉会面，并指责韦昌辉滥杀。韦昌辉当场发怒，石达开情知不妙，立即缒城而逃。韦昌辉则一不做，二不休，把天京城中石达开的妻儿老小，统统杀了个干净，然后派秦日纲率军追杀石达开。秦日纲追至半途，自知不是石达开的对手，不敢前进。
石达开逃回营中，随即发布靖难公告，迅速纠集起一支十万人的强大武装，矛头直指天京。
但韦昌辉却不知道石达开已经逃亡，莫名其妙地认为石达开匿于洪秀全处，就率众前来，要求洪秀全交出石达开。
洪秀全交不出已经逃出城的石达开，更不敢出来见韦昌辉，于是双方就在天王府前展开了热闹非凡的对攻。天王府中全都是女人，但这些女人自幼被掳来，经洪秀全多年的教育，效忠洪秀全的观念已经根深蒂固。天王府中的女兵皆装扮成男子，架起西洋火枪，与韦昌辉相互射击。双方打了好久，不见胜负。女人们就是聪明，就于天王府中打着石达开的战旗，突然大开府门，冲了出来。韦昌辉以为来者是石达开，惊骇之余，顿时溃散。
洪秀全的嫡系立即涌出，赶赴韦昌辉的北王府，先将韦昌辉的家小杀光，而后关上城门，搜索韦昌辉。最终，韦昌辉在乔装想混出城时，被人识破，当场被擒捉。其被送到洪秀全面前之后，洪秀全大喜，命将其用刀切割成零碎的小块，每块方方正正，二寸高，二寸宽，长也是二寸。所有的肉块悬于城中的栅栏上，上写：“北奸肉，只准看，不准取。”
有分教，可怜老兄弟，贫寒苦相依，一道打天下，只为抢龙椅。龙椅就一只，有我就没你。残杀实必然，权力有规律。这就是太平军的游戏规则，所谓的政治阵营，不过是为杀戮而营造的借口。对于他们来说，杀戮才是重要的，至于杀谁并不重要，所以他们才会对政敌如此残暴——被屠杀的太平军，就随随便便被扔进了长江里，连埋都懒得埋。
韦昌辉的人头，被送到了石达开军营，石达开验明之后，这才返回天京。这时的太平军阵营，已经自己把自己杀了个干净。石达开是太平军中硕果仅存的老兄弟了，而且他素有清誉，又负人望，在江西战场上又把个曾国藩打得灰头土脸。太平军公推他提理政务，石达开自己也是当仁不让。
但是洪秀全可不这样想，他被杨秀清玩惨了，而石达开是知道这个游戏秘密的最后一个人。如果让石达开掌握权力，他必然是下一个杨秀清——权力对人的腐蚀作用，洪秀全是亲身感受过的。他相信的是权力的规律，有多大权力，就有多大的腐化，任何人也逃不过这一宿命。
所以，洪秀全弃石达开而不用，而是重用了自己的大哥洪仁发和二哥洪仁达。石达开见此情形，知道自己再留在天京城中肯定不会活得太长，遂出京远去。随石达开逃出天京城者，有六七万人。
出京之后，石达开心灰意冷，劝兄弟们解散，别再闹下去了——但朝廷有个政策，绝不宽恕太平军中的老贼，也就是所谓两广起事的老兄弟，擒之必杀。为生存计，石达开身边的人只能抱团不散，这就意味着咸丰帝错过了一次彻底平定内乱的好机会。