接到陈国瑞、刘铭传相互指责对方的投诉，曾国藩的立场是毫无疑问的，他拿起笔来，在陈国瑞的状纸上批复了几千字，狠狠地批判了陈国瑞这厮的半生功罪，令其改过自新。陈国瑞不忿，继续上告，曾国藩大怒，立即将其奏参，要追究陈国瑞只身逃脱，陷主帅僧格林沁之死的大罪。
朝廷圣谕，脱去陈国瑞黄马褂，撤去帮办军务名号，责其戴罪立功。
陈国瑞这才见识到曾国藩的厉害，敢情这老曾，老虎不发威，假装是病猫，看起来斯斯文文的读书人，一副人不忍欺的善良厚道模样，一旦惹到了他，竟比刘铭传更狠。陈国瑞被收拾得服帖了，再也不敢多吭一声。而僧格林沁的旧班底也全都识趣地配合曾国藩，没人敢再惹是生非。
曾国藩很开心，整合这支杂牌军，最让他头疼的就是僧王的人马，如今全都摆平了，于是曾国藩发号施令，点兵布将。
这一点兵布将，曾国藩立即发现情况不对头，他被最心爱的弟子李鸿章给算计了。
头一个不听话的是刘铭传，曾国藩命其驻扎周口，对撞新捻子。刘铭传接到命令，也不说反抗，只是坚决不执行。他把曾国藩的命令千里迢迢送李鸿章处报告，李鸿章研究过后，推翻了曾国藩的军令并通知老师。
当时曾国藩那个别扭呀，再下令命李鸿章的弟弟李昭庆统率马队。李昭庆接令，立即给哥哥写信。李鸿章收到信，研究分析后推翻，写信给曾国藩，让曾国藩考虑更成熟的方案。
曾国藩气得七窍生烟，这都什么事呀，他李鸿章竟然自居太上皇！可他又不能和弟子李鸿章吵翻，只好再写信给李鸿章，解释诸军令何以如此布置的因由。李鸿章对曾老师奖勉有加，鼓励老师再接再厉，再创新高，把个曾国藩气得哭都哭不出来。
最后曾国藩费尽周折才把李鸿章说服，于是师徒二人达成协议，对于淮军，除了撤掉营官之事需要和李鸿章商量外，其余军务李鸿章就别插手了，要不老师这边的活真没法儿干。
曾、李达成协议，刘铭传也没理由再闹了，只好统兵上马，于四河流域之间，千里平原之上，开始狂追新捻子，寻求决战。可是新捻子疾奔如飞，来去无踪，刘铭传狂追了大半年，不见丝毫效果。
追不上新捻子倒还罢了，新捻子还时常截长补短，狠狠地给曾国藩一个惊喜。
同治四年年底，新捻子突然发了疯般集结起来从河南直扑湖北麻城，麻城驻扎的是湘军成大吉部。及至兵临城下，成大吉部哗变，原来这支部队早被秘密社团哥老会控制了，遂由湘军转型为新捻子，诸捻合流，进逼襄阳。刘铭传闻讯在后面急追，却哪里追得上，行军之中传来坏消息，诸捻大破官军于黄冈，杀总兵梁洪胜。
朝廷闻讯大骇，急命正在家生闷气的曾国荃曾老九速速出山，与哥哥曾国藩共赴国难。曾国藩也写信相劝，曾国荃终于答应出任湖北巡抚，总算是稳定了局势。
此后的战局无聊之至，曾国藩不停地调兵遣将，继续追击新捻子。新捻子则东奔西走，玩起了躲猫猫，拒绝与官军亲密接触。这个游戏一直玩到同治五年五月，也没玩出个名堂。
实际上效果是有的，而且完全按照曾国藩的设计与部署，循序渐进地向前发展。曾国藩之方略，是困新捻子于四河之间，坚壁清野，慢慢缩小新捻子的生存空间，待其疲弱不堪，一鼓而击之。这个办法，一如此前湘军缓慢地挤压天京太平军的生存空间，有一个漫长的时间段，比拼的是坚忍。
这个道理大家都能听懂——但实际上根本没人听得懂，你说缓慢挤压，大家忙不迭地点头，要得要得，就是要缓慢挤压，然后突然问你：“你曾国藩耗费民力财力，折腾了这么长时间，怎么还没把新捻子摆平？”
朝廷的耐性终于耗尽了，这么追来追去的不好玩，遂下谕旨修理曾国藩：
捻匪滋扰日久，蔓延愈广，迄未大受惩创，若不力筹进剿，靡饷劳师，军务将何日蒇事？曾国藩……着即赶紧趱程，星速驰赴陈郡，亲临各营，就近调度，以期呼应较灵。并着督饬湘淮各营，视贼所向，尽力穷击，不得专事防守，任贼纵横。内地贼氛一日不净，则洋人之窥伺当日甚一日，该大臣公忠体国，为朝廷柱石，尤当统筹全局，迅将捻匪竭力剿除，以副委任。
朝廷沉不住气，那是因为朝臣们蠢蠢欲动了。最先出场的是监察御史朱学笃，他妙语连珠，谈笑风生地嘲弄曾国藩，曰：“夫防剿不能偏废，若举能战之兵悉力以防，则又谁与之战？不战而防之，岂有穷期乎！且以难筹之饷，供此不战之兵，其何能济乎？”
把朱学笃的弹劾奏章翻译成白话文，意思就是：曾国藩，大笨蛋，不会打仗白吃饭，朝廷喂你有何用？只知防守不敢战。
朝廷觉得朱学笃说得极是在理，就把朱学笃的奏折批给曾国藩看，请曾国藩认真学习领会。
朱学笃这个弹劾来得正是时候，新捻子在流窜之中，始终在寻找机会打破曾国藩依托四河布防的战略。曾国藩就抓住新捻子这个急于逃窜的心理，考虑将新捻子向周家口挤压。周家口三河交汇，是个兵家绝地，倘新捻子窜到此处，必可一战而歼。但要达成这个目标，就必须先行开浚河工，将沙河和贾鲁河的水灌至周家口，让新捻子渡河不得。
新捻子真的钻进了曾国藩布下的口袋——只不过，时候有点早。当新捻子突然冲过来时，官军这边的河工还未完成，三河流域的水流极浅。这就好比口袋仍然是口袋，只是底部破了个大洞，新捻子呼啸一声，呼啦啦就从破洞中挤了出去。
诸捻突破防线，冲出重围，向着山东辽阔大地纵马疾奔。曾国藩完美的战略布局，至此宣告失败。