前文说到，胤禛与年羹尧有主属之义、郎舅之亲，本应是毋庸置疑的“自己人”，但实际上，二人的关系从建立之初就阴影重重，只是在胤禛即位的一瞬间，达成了天衣无缝的默契，并对整个朝局的稳定起到至关重要的作用。可以想见，对于年羹尧关键时刻的忠诚和干练，即位之初的胤禛还是产生了一种发自内心的感激。那段时间的胤禛高度紧张又十分孤立，对年羹尧，他唯有完全信任这一种选择。毕竟，对胤禛这样一个以“孤臣”自诩的藩王来说，在朝的当事公卿，能让他叫得出名字、说得上履历的都不多，还有些亲故情分、能大致了解的，更是屈指可数。
因此，在进入雍正朝的最初几个月，年羹尧的地位飞速提升，先后以佐理军务有功等原因，在雍正元年二月，加二等阿达哈哈番世职（此为满文，汉名为“轻车都尉”，是世爵世职中的第六等，用于封授有功的异姓大臣，子孙可袭封三次）；一个月以后，又加太保衔；没过几天，再封三等公。短时间内，从官僚阶级上升为贵族阶级，而且是“爵列上公”的大贵族，身份发生质的变化。
清代异姓功臣世爵世职表
除年羹尧本人外，年氏一家在雍正初年都得到特殊的待遇。雍正帝即位当月，就起用赋闲多年的年羹尧长兄年希尧署理广东巡抚，这可是个一等一的大肥缺。在清代，素有“仕途通，放广东”的民谣，广东巡抚的灰色收入，在全国所有巡抚中排位第一。雍正元年正月，雍正帝将皇家的钱袋子——苏州织造兼苏州浒墅关监督李煦革职，把这个差事交给了年羹尧的妹夫胡凤翚，而在此之前，胡凤翚只是个被革了职的七品知县。二月，雍正帝以皇太后的名义册封后妃，除了册立原来的雍亲王嫡妃那拉氏为皇后外，又册封年羹尧的小妹年氏为贵妃，至于雍王府其他生育了子女的侧妃、侍妾，则封为妃或嫔，与年氏拉开差距。除此之外，连年过八旬、已经退休近二十年的年羹尧之父年遐龄也没被浩荡皇恩落下，在元年二月获加尚书虚衔。
年氏一家原本旗下寒门，靠三代人的科举之路逐步成为高级官僚，又因为年羹尧的卓越才干，获得贵族阶层的青眼，开始与旗人贵族甚至皇室联姻。而到了雍正初年，为了将年羹尧从先帝旧臣强行转化为新朝新贵，雍正帝下足了本钱，终于让年氏家族在几个月内烈火烹油、鲜花着锦，变成当时的一等豪门。
除了酬答年羹尧在辅助即位时的功劳，并希望他成为真正的心腹股肱外，还有一个更现实的问题摆在雍正帝面前，让他必须迅速提升年羹尧的地位。那就是，在康熙皇帝去世、十四阿哥胤禵回京奔丧之际，青海的蒙古和硕特部首领罗卜藏丹津蠢蠢欲动，有发动武装叛乱，强行割据青海、控制西藏之意。
蒙古和硕特部在明朝末年迁居青藏地区，其最高首领叫作“顾实汗”。康熙年间，青海的和硕特部归附清廷，并在清廷对准噶尔部的战争中充当友军。所以康熙皇帝一直对他们采取安抚笼络策略，崇封顾实汗的嫡系子孙为亲王，其余部族首领也各有爵位，甚至还将一位地位很高的宗室郡主远嫁给和硕特部的阿拉善郡王。
康熙末年胤禵率领清军入藏后，为抑制蒙古人在藏区的势力，清廷不再恢复顾实汗子孙在西藏的主宰地位，而改以藏人治藏，这引起了青海和硕特部，特别是其当时的最高领袖、亲王罗卜藏丹津的不满。另外，这次战争过后，清廷以和硕特部引导清军入藏有功为名，加封罗卜藏丹津的侄子、亲清派的贵族察罕丹津为亲王，与罗卜藏丹津平起平坐，大有分而治之的意思。这让原本独霸青海的罗卜藏丹津更为恼怒，产生了联合准噶尔部、反叛割据的念头。
对于罗卜藏丹津的这一动向，经营蒙藏地区多年的年羹尧早有察觉，并随时向北京递送消息。因此，对于青藏地区近期仍然难免一战的局面，雍正帝是有心理准备的。而一旦开战，他当然不能将争储落败的十四弟放虎归山，再派回西北领兵。那么，由谁来主持西北局面，才能确保自己即位之后首战告捷呢？想来想去，恐怕还是年羹尧最为可靠。
本来，当时有两个人可以作为继任大将军的后备人选，年羹尧只能排在第二位，排在第一位的是西安将军、贝子延信。延信是肃亲王豪格一系的宗室子弟，可巧，其兄延寿，正是年羹尧的前任门主。延信是康熙末年的一员骁将，康熙五十八年，他作为北路军主将，率军从青海入藏。北路军不但行军路线上的自然环境极为恶劣，且遇到准噶尔部主力军的激烈抵抗，历经百般艰辛，终于进入拉萨，与从云南、四川入藏的岳钟琪等部会师。为此，康熙皇帝盛赞延信“经自古未辟之道，烟瘴恶溪，人迹罕见，身临绝域，歼夷丑类，勇略可嘉”，封为辅国公；雍正即位以后，又晋封贝子。相对于延信的亲蹈险境、身先士卒，年羹尧在入藏战争中，更多时间是处在二线位置，负责调动军需、辅佐胤禵。所以论及战功，延信当在年羹尧之上。
另外，清朝初年，凡重要战争，一向有以皇子、宗室王公领兵的传统，就算宗室中没有大将之才，也多由宗室挂名主帅，起监督作用。雍正将胤禵召回北京奔丧的同时，也遵循了这个传统，将抚远大将军印交给身为宗室的延信护理，而以年羹尧协理。所以，一旦青海有变，无论从身份还是经验、能力的角度考虑，延信均堪胜任。相反，让年羹尧这个文官出身的汉军旗人做些辅助工作、搞搞军需后勤，还算可行，真让他领大将军印、独立统率八旗劲旅和蒙藏各部，这是宗室贵胄、满蒙大臣们很难放心的。
对于这一点，雍正帝心里很是明白，但是这个大将军的位置，他并不愿意交给延信。他后来解释说是由于“延信办理一二事不当，且延信为人敦厚迟钝，心意难周，恐误事机，故令年羹尧掌大将军印”。事实上，更重要的原因是，延信与胤禩、胤禵等人的关系不错，与胤禛本人则毫无关系。其实也不仅是延信，整个宗室集团，都是如此。那么与延信相比，年羹尧毕竟是贵妃之兄，还是要更可信任一些的。于是，他极力提高年羹尧及其家族的地位，给人形成一种“就算他不是宗室、也不是正牌外戚（皇后的亲族才能算是真正的外戚，可以推恩封为公爵），但已经享受了和外戚相当的待遇，决不会因为是‘汉’军旗，而背叛朝廷”的印象。与此同时，雍正帝将延信晋封贝勒，以安稳其心，使其与“抢”了大将军位子的年羹尧能够和睦相处。
到雍正元年五月，青海的形势已经非常严峻，雍正帝明确下旨：
青海台吉，兄弟不睦，倘边境有事，大将军延信驻扎甘州，相隔遥远，朕特将一切事务，俱降旨交年羹尧办理，若有调遣军兵、动用粮饷之处，著防边办饷大臣，及川、陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理，边疆事务，断不可贻误，并传谕大将军延信知之。
这就意味着，虽然此时大将军印还在延信手中，但实际的兵权已经被雍正帝转移给了年羹尧。另外，年羹尧本职是川陕总督，辖四川、陕西、甘肃三省，三省境内文武官员听其调遣，原在情理之中。而在这道上谕内，雍正帝又命包括云贵总督在内的云南文武官员也听命于年羹尧，这无异于将从西北到西南的半壁江山都临时交付与他。时任云贵总督的高其倬与年羹尧本来地位相当，且亦是纳兰性德女婿，与年羹尧有连襟之亲，而年羹尧受命办理四省军务之后，对高其倬颐指气使，行文直呼其名，待若下属，这也成了他后来的一条罪状。
同月内，雍正帝又以延信驻扎甘州、指挥不便为名，免去了他西安将军的职务，改命年羹尧继配夫人的叔叔，毫无军事经验的宗室普照署理西安将军，等于将西安八旗驻防军的指挥权也交给了年羹尧。
雍正元年八月，立意反清的罗卜藏丹津胁迫青海各台吉会盟，强制众人放弃清朝封授的爵号，恢复旧日称号，并引兵攻击那些不肯参加会盟的王公。雍正帝得到报告后，一边命年羹尧等人派兵接应被罗卜藏丹津袭击的亲清派王公，一边命令在西宁的侍郎常寿赴罗卜藏丹津军中宣谕，令其罢兵。而罗卜藏丹津叛心已定，不容分说，就将常寿拘禁起来，然后率兵急攻西宁及其周边地区。十月，雍正帝正式任命年羹尧为抚远大将军，率军赴西宁救援，与罗卜藏丹津开战。
至此，年羹尧总揽四省军务，成为清代历史上第四位汉军旗的“大将军”，而前面三位：孔有德、吴三桂、尚之信，都是清初的藩王。至于下场嘛，孔有德兵败自杀，后两位被平了三藩。
由大将军年羹尧主持的、平定青海和硕特首领罗卜藏丹津叛乱的战争，持续的时间并不长，只有五六个月，但战争过程却十分艰苦。特别是年羹尧初抵西宁之时，西宁周边地区已被罗卜藏丹津的军队占领，附近的藏传佛教寺院，如塔尔寺、郭隆寺等，亦多举僧众、佃农参与叛乱，喇嘛们披甲执械、攻城抢掠，无所不至。其时，年羹尧调来的西安、察哈尔满洲兵，四川、陕西绿营，以及合土司部落兵尚未赶到西宁会合，年羹尧只率随身亲兵，与西宁本城少量兵将坚守孤城，“昼则综核军务，夜则分班守城”，连续十一夜没有睡觉。这样的情势行诸文字、递到北京，让本来就情绪特别丰富、用词十分夸张的雍正皇帝在奏折上连批几个“好心疼”“阿弥陀佛”，慨然许其好汉子、铁丈夫，真社稷之臣、泰山之重！殷切惶恐之情，虽手足至亲未可及也。
随着各路兵马陆续赶到，西宁的局势逐渐好转，清军开始转守为攻，对西宁周边地区的和硕特叛军，特别是藏传佛教寺庙进行清剿。如雍正元年正月，年羹尧命奋威将军岳钟琪等率军五千人，清剿西宁东北部的大寺——郭隆寺。郭隆寺（今佑宁寺）是青海名刹，时称“湟北诸寺院之母”，康熙年间香火鼎盛时，内有武僧万余人，且地势险峻，易守难攻。郭隆寺僧人向来与罗卜藏丹津交好，亦随其反叛，不时向清军进攻。岳钟琪等人奉年羹尧之命，出其不意攻入寺中，先施放枪炮，后放火烧其房屋山寨，使寺中喇嘛折损大半，其逃出者躲进周边的山洞，又被清军围住洞口，点燃草木熏死。随后，岳钟琪以郭隆寺庙宇甚大、恐复为贼巢为由，将郭隆寺一把火烧了个干净。
藏传佛教，向来是清政府统治者扶绥蒙藏地区、构建意识形态共识的重要工具，因此对于黄教寺院和僧众，也多持尊重、保护态度，轻易不肯与之构衅对立。换句话说，如果此役的主帅换作胤禵、延信这样的宗室或是满人贵族，对于郭隆寺等寺庙和内中寺僧的态度，可能就要宽容、保守得多，至少不会放火烧毁全寺、赶尽杀绝。而由于民族和文化认同的隔膜，年、岳等人就完全从军事角度考虑，辣手频出，无所顾忌。至于雍正皇帝，在年羹尧向他奏报战果时，一面用“甚在理”“实可嘉”“大喜畅快”等喜形于色的词汇表达自己作为他们坚强后盾的态度，一面心里也在咚咚打鼓，深知年、岳此举有悖于清政府的基本国策，容易引起蒙古各部的普遍不满。是以在将年羹尧夸成一朵花的同时，也郑重提醒他：“惟杀喇嘛、毁庙、消除蒙古人之念存于心中，应匡正则匡正之。”而对于雍正帝的担忧和告诫，年羹尧自始至终也没有放在心里，霹雳手段一如既往，表现出他在政治上很不成熟的一面，也使其在满蒙上层树敌甚众，是招祸之一端。
清军在解决了西宁周边的叛军后，开始专一对付罗卜藏丹津的主力部队。年羹尧先已调遣部队，一面在四川的理塘、巴塘、黄胜关等地设卡，截断叛军入藏之路；一面屯兵于吐鲁番及噶斯泊，以防罗卜藏丹津西窜伊犁，与准噶尔部沟通。年羹尧本来打算在雍正二年开春后，筹集大军，与罗卜藏丹津主力决战，但他的手下大将岳钟琪年轻气盛，是个霍去病式的人物，立功心切，尤喜乘敌不备，千里奔袭。岳钟琪建议年羹尧，要在春草未生之际，由他带领五千精兵，分三路突袭罗卜藏丹津大营。年羹尧听从了岳钟琪的建议，在雍正二年二月，向罗卜藏丹津发起攻击，在青海湖哈喇河畔，大败罗卜藏丹津主力。罗卜藏丹津败走柴达木沙漠，岳钟琪等人一路追击，擒获其生母及亲信部将多人。据说罗卜藏丹津是换上了女人的打扮才侥幸逃脱，只带着百余从人，远奔伊犁准噶尔部。
这次战役，清军只用了十五天，就深入沙漠，以很小的损失，将罗卜藏丹津的数万兵马击溃。清朝官书称赞其“成功之速，为史册所未有”。