理性主义者对于人类道德架构提出的假设正受到一种更倾向于直觉主义的观点的挑战。这种直觉主义的观点认为，道德生活的中心是情绪和无意识的直觉，并不是理性；它强调道德反应和与之相伴的个人选择；它强调感知在道德决策过程中扮演的角色比逻辑推理更重要。在这种直觉主义的观点中，主要矛盾并不是理性与激情之间的矛盾。相反，决定性的斗争发生在一级认知水平，即潜意识领域之内。
这种观点最初发源于“我们生来就都带有深层次的自私动机”这一论点——所谓自私动机是指拿我们所能拿的东西、夸大我们的地位、显得比其他人优越、比其他人有权力、满足我们欲望的动机。这些动机扭曲了感知。假想先生并不是有意识地诱使埃丽卡出轨，或是故意干扰她的婚姻。他只不过是将她看成人生探险过程中可以使用的一个物体而已。与之类似，谋杀犯不会去杀害那些被他们认为跟自己一样“完全是人”的人。谋杀犯的潜意识需要先将受害者非人化，改变自己看待他们的方式。
法国记者让·哈茨菲尔德撰写《大砍刀的季节》（Macbete Season）一书时采访了卢旺达种族屠杀的参与者。这些参与者们陷入了一场骚乱。他们开始以极端荒谬的方式来看待他们的邻居。哈茨菲尔德的一个采访对象曾经谋杀了隔壁的图西族邻居：“我匆忙干掉了他，根本没有考虑过这样做的理由。他是我的邻居，他跟我住在同一座山上，而且离得很近。事实上，事情发生后我才意识到这一点：我夺走了一位近邻的生命。我的意思是，在致命的那一瞬间，我并没有在他身上看到那个从前的他。我觉得自己只是袭击了某个对我而言既不亲密也不陌生的人，我觉得那是一个普普通通的人，普普通通的意思就是那种你每天都会遇见的类型。他的特征确实与我认识的那个人很相似，但当时并没有任何东西坚定地提醒我，我跟他已经当了很长一段时间的邻居了。”
这些来自内心深处的冲动将有意识的认知当做玩物。它们不仅在罪行发生时扭曲了一个人的感知，还会在事后编造正当的理由。我们告诉自己，那些被我们的残忍行为伤害的受害人或者那些我们见死不救的受害人是自找的，是环境迫使我们这样做的，这一切都是别人的错。欲望在意识之前就已经塑造了我们的思维架构。
但是，直觉主义者们强调，并非所有的深层次动机都是自私的。我们的祖先都是成功的合作者，他们借助家庭和团队才得以存活。
别的动物和昆虫也具有这一社会性倾向，当我们研究它们时，我们会发现大自然赋予了它们一些特殊技能，这些特殊技能可以帮助它们彼此联合、彼此承诺。20世纪50年代进行的一项研究中，研究人员首先训练老鼠按压杠杆以获取食物。随后实验者调整了装置，使得按杠杆有时能获得食物，另外一些时候则会电击隔壁笼子里的另一只老鼠。一旦正在吃东西的老鼠注意到它们的行为正导致邻居遭受痛苦，它们就会调整自己吃东西的习惯。它们不会让自己陷入绝食状态，但会选择少吃一些，以避免给遭电击的老鼠带来过度的疼痛。弗兰斯·德·瓦尔为相关研究奉献了自己的毕生精力，他描述了这种复杂的移情作用在灵长类动物行为中的表现。黑猩猩会相互安慰，照顾受伤的同伴，而且似乎会一起分享。这并不意味着动物们也具备道德，但它们确实具有形成道德的心理基础。
人类也拥有一套用来帮助人们彼此联合与承诺的情绪机制。当我们违反了社会准则时，我们会脸红并且感到窘迫。当我们的尊严被忽视时，我们会瞬间感到愤慨。人们看到其他人打哈欠时也会打哈欠，而且那些对打哈欠动作更快做出共感反应的人，也更容易做出那些形式更为复杂的共感反应。
亚当·斯密在《道德情操论》（The Theory of Moral Sentiments）中涉及镜像神经元的一段话里很好地阐述了我们面对他人的自然移情作用：“当我们看到一个人的腿或胳膊将要被打的时候，我们会自然地缩回我们的腿或胳膊；而当它们确实挨了打后，我们在某种程度上感觉到自己挨了打，像被打的人一样受到了伤害。”斯密补充说，我们也有一种想要被我们的同胞尊重的愿望，“当大自然塑造人类来适应社会时，她就赋予了人类使同胞高兴的原始欲望，以及对冒犯同胞的本能厌恶。她教会他们为同胞喜欢的事情感到高兴，为同胞不喜欢的事情感到痛苦”。
这些社会性情绪是人类具备的彰显道德的成分，甚至早在我们还非常小的时候就具备了。耶鲁大学教授保罗·布鲁姆等人进行了一项实验：向婴儿展示一幅图像，画面中一个人正努力爬山，另一个人试图帮助他，而第三个人则试图阻挡他。在6个月大时，婴儿就表现得偏爱助人者，不喜欢阻挡者。一些表演还具有第二幕内容：阻挡者受到惩罚或者奖励。在这种情况下，相对于奖励阻挡者，8个月大的婴儿更倾向于惩罚阻挡者。布鲁姆说，这些反应表明，人们从很小的时候就具有基本的正义感了。
没有人教孩子们要求自己受到公正的对待，孩子们会鲜明地反对自己遭受的不公正，并且只要他们能够交流就会开始这样做；没有人教我们钦佩为集体牺牲的人，这种对责任的赞赏是举世皆然的；没有人教我们鄙视某个背叛的朋友或对家庭与部落不忠的人；没有人教孩子分辨“不要伤害”这样的道德准则与“不要在学校嚼口香糖”这样的非道德准则之间的差异。这些偏好同样源于我们的内心深处。正如我们拥有一套与生俱来的情绪机制帮助我们爱与被爱一样，我们也拥有一系列与生俱来的情绪使我们反对违背社会承诺的人，赞同强化社会承诺的人。世界上不存在赞赏人们临阵脱逃的社会。
父母和学校确实会强化这些道德，但正如詹姆斯·威尔逊在他的著作《道德感》（The Moral Sense）中主张的那样，这些教导是建立在预先准备好的基础之上的。正如孩子们天生准备好了学习语言、依恋父母一样，他们也准备好了一套特定的道德成见，它们能被改进、塑造、发展，但永远无法被彻底取代。
像这样的道德判断——赞赏那些忠于事业的人，蔑视那些背叛伴侣的人——是瞬间发生的、情绪化的。它们包含了细微的评估。如果我们看到有人因失去孩子而悲痛万分，我们会涌上同情与怜悯。如果我们看到有人因失去玛莎拉蒂跑车而悲痛万分，我们则会产生蔑视之感。瞬间的同情与复杂的判断完全纠缠在一起。
正如我们在这个故事中经常看到的那样，感知行为是一个复杂的过程。它不仅会采集一个场景的信息，而且几乎会立刻自发衡量它的意义，对它进行评估，并由此产生某种情绪。事实上，今天的许多科学家认为，道德知觉与审美或肉欲知觉非常相似，它们都是从大脑的许多相同区域传出的。
想想看，当你把一种新的食物放进嘴里时会发生什么。你不必刻意判断它是否令人厌恶，你就是知道。当你看到风景时，你不必判断风景是否美丽，你心里就是知道。道德判断的方式在某些方面与之相似。它们是一种快速的直觉评估。荷兰马克斯·普朗克心理语言学研究所的研究者们已经发现，所有可评估的感觉，甚至包括对于安乐死之类复杂问题的感觉，都能在受试者读取信息后的200~250毫秒内被检测到。你不必考虑厌恶、羞愧、尴尬，或者应不应该脸红，它自然就发生了。
事实上，如果我们需要依赖刻意进行的道德推理才能做出最基本的决策，人类社会将会变成一个相当可怕的地方，因为这种理性的携带能力实在太差了。托马斯·杰斐逊在数百年前就预见到了这一点：
“多亏制造我们的造物主没有让我们的道德准则成为科学的话题，否则他就会成为一个可怜的笨蛋。世上存在一个科学家，就存在数千个不是科学家的人。这些人会变成什么样子呢？人类注定是为社会而生的。因此，他的道德是为了这一目标而形成的。他天生具有仅仅与此相关的对错感觉。这种感觉差不多是天性的一部分，正如听、看、触摸所获得的感觉一样，它是道德的真正基础。”
因此，让我们与其他动物分离开来的并不仅仅是理性，还有情绪的高级特性，尤其是社会性道德情绪的高级特性。