学习障碍的病因不明。这些障碍可能不是单一的神经受损造成的，而可能是由于几个大脑区域无法一起协调工作造成的。
人们对阅读障碍病因的知识要比其他学习障碍的病因多一些。结构性和功能性的磁共振扫描研究和正电子发射断层扫描（PET）的研究已经明确了对阅读很重要的几个大脑区域（Shaywitz et al.，2007）（见图12-3）。然而，为什么孩子有异常的脑功能尚不完全清楚，遗传似乎发挥了重要作用。同卵双生子阅读障碍的同病率是71%，异卵双生子阅读障碍的同病率是49%（Castles et al.，1999）。虽然存在一些变异，但双亲中一位患有阅读障碍，那么孩子也患阅读障碍的比率在23%～65%（Scarborough，1990）。有关阅读障碍的生物学基础还有很多尚未了解，但可以明确的是，这种疾病不会仅由单一基因遗传，它很可能是由一些基因共同导致的。
图 12-3 与阅读障碍有关的大脑区域阅读是一个复杂的过程，涉及大脑的很多区域。资料来源：Shaywitz,S.，Overcoming Dyslexia：a new and complete science-based program for reading problems at any level.New York：Alfred A.Knopf，2003，p.34，Copyright©2003 Sally Shaywitz.Reprinted by permission of the publisher.